PDB-5lcm: STRUCTURE OF the RAD14 DNA-binding domain IN COMPLEX WITH N2-acet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lcm

タイトル

STRUCTURE OF the RAD14 DNA-binding domain IN COMPLEX WITH N2-acetylaminonaphtyl- GUANINE CONTAINING DNA

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*(AAN)P*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
DNA repair protein RAD14

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Nucleotide excision repair DNA damage recognition

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / UV-damage excision repair / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schneider, S. / Ebert, C. / Simon, N. / Carell, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into the Recognition of N(2) -Aryl- and C8-Aryl DNA Lesions by the Repair Protein XPA/Rad14.
著者: Ebert, C. / Simon, N. / Schneider, S. / Carell, T.

履歴

登録	2016年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lcm.cif.gz	171.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lcm.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lcm_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lcm_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	5lcm_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	5lcm_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lcm	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA repair protein RAD14

B: DNA repair protein RAD14

C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*(AAN)P*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')

D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*G)-3')

ヘテロ分子

37.9 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.041, 53.041, 131.345
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	DNA repair protein RAD14 分子量: 14224.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: RAD14, YMR201C, YM8325.02C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P28519
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPTPCPTPAPCP(AAN)PTPCPAPTPCPA)-3') 分子量: 4672.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(GPTPGPAPTPGPAPCPGPTPAPGPAPG)-3') 分子量: 4674.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2M Ammonium nitrate 40% (v/v) 2-methyl-1,3,-propanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9726 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.2 Å / Num. obs: 28349 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0151	精密化
XDS		データ削減
XDS		データ削減
REFMAC	5.8.0151	位相決定

精密化

解像度: 1.9→49.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 11.824 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26868	1370	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23113	-	-	-
obs	0.23296	26983	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→49.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1892	578	2	112	2584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.016	3263
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.184	1.666	4643
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.605	3	5788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.89	5	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.277	24.404	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.237	15	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.016	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	2883
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.959	1.641	922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.958	1.641	921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.395	2.456	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.395	2.457	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.996	1.737	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.996	1.737	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.619	2.579	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.752	16.993	4118
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.716	16.829	4099
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	110	-
R_work	0.376	1981	-
obs	-	-	99.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9461	1.8209	-3.1576	2.6335	-3.8187	9.8801	-0.0316	0.1923	-0.2167	-0.1944	0.0737	0.0697	0.5067	0.0756	-0.0421	0.1446	0.01	0.0009	0.0654	-0.021	0.0488	48.3829	49.9577	-66.0174
2	9.0433	-1.1213	-6.0621	0.4118	1.9853	9.6484	0.3841	0.376	0.3101	-0.0858	-0.0043	-0.0764	-0.4531	-0.0517	-0.3799	0.1502	0.0017	0.0342	0.0924	0.0301	0.0262	44.5878	57.9031	-64.7312
3	11.6437	0.5514	1.2394	2.9586	1.2334	1.8228	0.282	0.1298	0.4769	0.0418	-0.1475	0.2576	-0.1256	-0.3549	-0.1345	0.1038	0.0268	0.0397	0.0909	0.066	0.1036	34.4338	58.6983	-48.9801
4	10.617	-1.1074	-7.8793	3.8517	-0.5597	8.1528	-0.1183	-0.2064	-0.4869	0.2632	-0.0623	0.1025	0.4642	-0.0267	0.1807	0.1522	-0.0311	-0.0303	0.0992	0.0347	0.0384	34.6885	47.9474	-47.4871
5	6.5221	-0.6369	4.1616	3.9139	1.5274	10.1586	0.1025	-0.0666	0.2517	0.1279	0.0722	-0.2417	0.0954	-0.0127	-0.1747	0.0623	0.0031	0.0057	0.0717	0.015	0.0373	47.1656	56.5955	-41.6056
6	10.6119	0.8404	1.5543	0.7395	-0.5625	4.6046	0.076	0.2066	0.163	-0.1852	-0.0029	0.1724	-0.0468	-0.3908	-0.0731	0.1106	0.0437	-0.0325	0.0934	0.0086	0.0547	34.5274	54.1804	-55.5937
7	4.0596	-0.8931	2.406	12.5302	4.0173	9.1963	0.0344	0.8381	0.9479	-0.6443	-0.2289	0.2458	-0.6231	-0.6103	0.1945	0.1242	0.0718	-0.0224	0.4732	0.1801	0.4461	22.224	59.0533	-54.9393
8	1.2723	2.8518	-0.4697	11.134	5.493	9.2895	0.1105	-0.1926	0.1016	0.0337	-0.4148	0.4205	-0.5372	-0.0371	0.3044	0.4445	0.1997	-0.0323	0.5656	0.0227	0.6484	19.3157	68.3499	-43.2098
9	1.8214	1.2023	-3.8702	2.117	-4.0009	11.1184	0.1496	-0.1291	0.0887	0.1206	-0.057	-0.1819	0.0139	0.4675	-0.0926	0.1126	0.0259	-0.0492	0.1622	-0.0062	0.0793	29.6028	31.1549	-1.0469
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15	1.7973	1.5899	0.3068	10.551	-0.5762	3.5139	-0.0007	-0.2396	0.3933	0.3138	0.1257	0.0779	-0.5222	0.037	-0.125	0.136	0.0186	0.0402	0.1024	-0.0496	0.1172	25.7736	48.3524	-11.9248
16	7.3532	-1.6732	8.3379	2.0883	-3.3086	13.3093	-0.2815	-0.3639	0.6589	0.0368	-0.0017	0.4414	-0.125	-0.9725	0.2832	0.3695	0.0851	0.0805	0.2642	-0.0663	0.4705	14.1638	58.9316	-17.5635
17	3.5382	-2.1866	4.6826	2.567	-0.6469	10.405	-0.1713	-0.3671	-0.2494	0.118	0.3295	0.3183	-0.1297	-0.2163	-0.1582	0.0935	0.0117	0.0309	0.1552	0.0244	0.2183	39.7584	60.995	-40.992
18	10.8213	0.3054	-1.2564	1.9509	-1.2736	1.9943	-0.7053	-0.5627	-0.7447	0.0029	0.2189	0.3126	-0.0575	-0.2638	0.4864	0.2394	-0.0304	0.0087	0.2741	-0.031	0.4678	25.5342	56.2162	-29.9346
19	11.9993	-2.707	-0.7779	4.1994	-4.0804	5.1704	0.8974	0.4802	-0.5171	-0.4514	-0.4554	0.5575	0.2266	0.1571	-0.442	0.3797	0.0532	-0.0902	0.4029	-0.1935	0.4544	16.1437	44.0139	-35.2021
20	1.8417	-2.3823	1.432	3.4456	-1.0134	3.1393	0.2153	0.2329	0.1788	-0.369	-0.2255	-0.2347	0.0064	0.375	0.0102	0.1753	-0.0508	-0.0054	0.1547	0.0278	0.2183	20.4919	42.2518	-29.7276
21	1.0878	0.3049	-0.6735	0.0883	-0.1903	0.4188	0.0081	0.2059	0.0958	-0.0148	0.0379	0.0338	0.0085	-0.1146	-0.046	0.326	0.0181	-0.0174	0.2409	0.0352	0.2981	24.0443	59.2041	-38.2013
22	7.2498	-5.6506	-4.5685	4.7487	4.8221	7.8605	-0.8636	-0.6871	0.4997	0.521	0.4747	-0.1229	-0.3511	0.2293	0.3889	0.5175	-0.0305	0.0756	0.4717	-0.1164	0.4455	37.5844	62.9531	-30.9333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	188 - 210
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	211 - 225
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	226 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	239 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	252 - 266
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	267 - 278
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	279 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	293 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	188 - 210
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	211 - 225
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	226 - 238
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	239 - 247
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	248 - 254
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	255 - 266
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	267 - 283
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	284 - 303
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	1 - 4
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	5 - 9
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	10 - 14
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	1 - 6
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	7 - 10
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	11 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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