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- PDB-5lcl: STRUCTURE OF the RAD14 DNA-binding domain IN COMPLEX WITH C8-amin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lcl
タイトルSTRUCTURE OF the RAD14 DNA-binding domain IN COMPLEX WITH C8-aminofluorene- GUANINE CONTAINING DNA
要素
  • (DNA repair protein ...) x 2
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
  • GCTCTAC(8AF)TCATCA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nucleotide excision repair DNA damage recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / UV-damage excision repair / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. / XPA domain superfamily / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein RAD14
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Saccharomyces (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schneider, S. / Carell, T. / Ebert, C. / Simon, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into the Recognition of N(2) -Aryl- and C8-Aryl DNA Lesions by the Repair Protein XPA/Rad14.
著者: Ebert, C. / Simon, N. / Schneider, S. / Carell, T.
履歴
登録2016年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD14
B: DNA repair protein RAD14
C: GCTCTAC(8AF)TCATCA
D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8146
ポリマ－66,6834
非ポリマー1312
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.205, 53.205, 130.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 188 - 299

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
1AA1 - 112
2BB188 - 299

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-7.0E-6, -0.999991, 0.00417), (-1, 9.0E-6, 0.000486), (-0.000486, -0.00417, -0.999991)79.83881, 79.81107, -66.62171

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要素

-
DNA repair protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA repair protein RAD14


分子量: 14224.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: RAD14, YMR201C, YM8325.02C / プラスミド: pIBA35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P28519
#2: タンパク質 DNA repair protein RAD14


分子量: 43116.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: RAD14, YMR201C, YM8325.02C / プラスミド: pIBA35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P28519

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 GCTCTAC(8AF)TCATCA


分子量: 4668.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces (菌類)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4674.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces (菌類)

-
非ポリマー , 2種, 51分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.22M ammonium nitrate 38% 2-methyl-1,3,-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.3 Å / Num. obs: 18314 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSVERSION Oct 15, 2015データ削減
XDSVERSION Oct 15, 2015データスケーリング
REFMAC5.8.0151位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G32

5g32


解像度: 2.2→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 17.418 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.241 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25555 895 4.9 %RANDOM
Rwork0.21651 ---
obs0.2184 17418 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.035 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1861 579 2 49 2491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0163226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0291.6624597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.61535627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9235229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95124.393107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2715347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3291513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1052.296910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0862.293909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8123.4281135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8153.4331136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8382.0962316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8382.0962315
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3683.1123461
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.47421.5533860
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.46121.4923852
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1779 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.350.5
medium thermal1.292
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 62 -
Rwork0.301 1168 -
obs--92.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09371.7752-3.26353.5846-4.363411.2403-0.04540.215-0.1926-0.21840.1741-0.05740.34070.117-0.12870.07280.02650.00750.0805-0.02530.086849.831650.9892-66.1831
25.90921.939-0.28428.3541-6.09064.81890.2044-0.0117-0.00490.2949-0.11120.0767-0.10480.1052-0.09320.10270.01140.0180.0469-0.00450.034847.732654.7232-63.4515
34.74740.3417-2.62182.24910.33423.58390.13250.15180.08530.0239-0.14240.0996-0.0513-0.42660.00990.04880.0059-0.01090.067800.033935.58956.6331-51.8493
43.8040.7463.1782.96871.54716.37560.02230.05490.16530.0494-0.05770.02080.1295-0.07360.03530.02120.01040.01850.01610.02160.033840.818554.8795-48.2784
53.4461-1.37531.655610.7765.56188.7599-0.10850.28110.43170.0494-0.13840.8055-0.8026-0.56570.24680.19430.03450.03250.36520.11550.344521.667161.2618-53.8942
613.1142.7043-0.62760.5778-0.1170.03780.0797-0.40840.0768-0.0529-0.0569-0.0195-0.05070.0326-0.02280.39920.0039-0.00460.2535-0.02210.242716.255571.0174-44.7049
75.27771.4332-3.24312.9987-3.1629.65170.2089-0.2204-0.20570.26790.0015-0.10310.06050.3054-0.21040.05640.015-0.020.02980.00280.078428.812430.0156-0.6139
89.59823.0872-5.20785.0602-1.32896.3314-0.00970.262-0.0848-0.16290.20360.03370.218-0.0159-0.19380.07740.0230.01650.04390.01550.046625.044231.995-3.1998
92.122-0.1931-0.2184.3353-2.19352.6302-0.0882-0.03520.10340.14540.09920.1715-0.4076-0.0908-0.0110.10260.0181-0.00080.02730.00210.047422.315144.3142-14.6622
102.98561.46011.95554.21143.7725.9886-0.1119-0.0105-0.00510.01140.07340.2007-0.25860.02960.03860.0390.01010.02160.01770.01930.029424.923738.9688-18.521
1111.9712-3.51252.70797.5024-0.37197.33710.15240.43190.38520.3751-0.14980.432-0.2959-0.4648-0.00260.36650.01980.07890.1845-0.01070.315719.550257.7576-12.6492
123.7403-4.4347-6.24125.44917.331410.44540.127-0.1502-0.0102-0.1815-0.06690.179-0.24140.3325-0.060.3083-0.0228-0.04520.4469-0.03690.39689.129762.6987-24.0687
134.0506-3.51460.57374.44810.78621.2669-0.4632-0.3595-0.50520.37580.0541.04390.0134-0.20510.40920.19930.07060.07640.1198-0.05110.333330.847359.0737-34.2233
1410.4244-2.14885.96121.1299-2.48235.75310.33890.52930.1817-0.22270.06990.30240.4655-0.1219-0.40880.20940.0025-0.04770.2403-0.08320.383515.588544.9629-34.8881
152.3237-4.27251.04539.1458-0.78911.48480.37690.21880.3022-0.8964-0.3992-0.57390.11910.17680.02230.20350.0121-0.11120.20840.05150.28420.750749.0431-32.5298
162.34880.2711-3.2928.50710.14394.65870.0808-0.40760.33920.48510.3604-0.0442-0.12930.5881-0.44120.26990.0522-0.0550.178-0.06850.26834.861464.217-31.9333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A188 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2A209 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3A219 - 247
4X-RAY DIFFRACTION4A248 - 278
5X-RAY DIFFRACTION5A279 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6A296 - 300
7X-RAY DIFFRACTION7B188 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8B209 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9B219 - 245
10X-RAY DIFFRACTION10B248 - 278
11X-RAY DIFFRACTION11B279 - 295
12X-RAY DIFFRACTION12B296 - 301
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 9
14X-RAY DIFFRACTION14C10 - 14
15X-RAY DIFFRACTION15D1 - 9
16X-RAY DIFFRACTION16D10 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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