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- PDB-5lc9: Structure of Polyphosphate Kinase from Meiothermus ruber Apo-form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lc9
タイトルStructure of Polyphosphate Kinase from Meiothermus ruber Apo-form
要素Polyphosphate:AMP phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / Polyphosphate Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / polyphosphate metabolic process / kinase activity
類似検索 - 分子機能
Polyphosphate:nucleotide phosphotransferase, PPK2 / Polyphosphate phosphotransferase / Polyphosphate kinase-2-related / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Polyphosphate:AMP phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Meiothermus ruber H328 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Kemper, F. / Einsle, O. / Gerhardt, S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Substrate recognition and mechanism revealed by ligand-bound polyphosphate kinase 2 structures.
著者: Parnell, A.E. / Mordhorst, S. / Kemper, F. / Giurrandino, M. / Prince, J.P. / Schwarzer, N.J. / Hofer, A. / Wohlwend, D. / Jessen, H.J. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Oyston, P.C.F. / Andexer, J.N. / Roach, P.L.
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyphosphate:AMP phosphotransferase
B: Polyphosphate:AMP phosphotransferase
C: Polyphosphate:AMP phosphotransferase
D: Polyphosphate:AMP phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,87712
ポリマ－135,1134
非ポリマー7648
水13,727762
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11210 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area43890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.783, 164.783, 94.983
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Polyphosphate:AMP phosphotransferase


分子量: 33778.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meiothermus ruber H328 (バクテリア)
遺伝子: MrH_2468 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S7ASE9
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM TRIS/HCL pH 8.5 27%(w/v) PEG 3350 200mM Lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月19日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.903→116.52 Å / Num. obs: 100534 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 52.7 % / Biso Wilson estimate: 27.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Rsym value: 0.247 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.903→2.01 Å / 冗長度: 46.7 % / Rmerge(I) obs: 2.931 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RHF

3rhf


解像度: 1.903→116.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9447 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9275 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.111
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1925 5064 4.95 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.1731 100534 99.51 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4512 Å20 Å20 Å2
2---4.4512 Å20 Å2
3---8.9023 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.214 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.903→116.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8687 0 40 762 9489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018935HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9112098HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3268SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes260HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1293HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8935HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.69
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1049SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10784SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.95 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 349 4.95 %
Rwork0.2122 6697 -
obs--93.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5349-0.09290.10450.6086-0.72032.4559-0.0293-0.0748-0.04760.0773-0.0351-0.03290.00620.1280.0644-0.02610.0321-0.0166-0.06610.0241-0.095956.5785-10.193226.5622
20.4950.0327-0.04920.9903-0.63781.3101-0.04410.08190.03480.132-0.0063-0.054-0.21450.10540.0504-0.0289-0.0059-0.0088-0.0330.0189-0.082156.791710.1064-6.1557
31.1519-0.0034-0.11890.74240.33791.2007-0.00810.3489-0.0601-0.0108-0.03430.04910.1155-0.14620.0424-0.11340.0199-0.02280.0461-0.0177-0.097327.3137-6.029-9.1354
41.44290.0840.62020.62090.0252.2211-0.1167-0.41130.13190.1494-0.0280.109-0.2221-0.30110.1448-0.08290.05050.0192-0.0021-0.0484-0.135725.59613.719828.137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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