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- PDB-5lb7: Complex structure between p60N/p80C katanin and a peptide derived... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lb7
タイトルComplex structure between p60N/p80C katanin and a peptide derived from ASPM
要素
  • Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein homolog
  • Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
  • Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
キーワードHYDROLASE / katanin / ASPM / severing enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of asymmetric cell division / forebrain neuroblast division / ATPase regulator activity / microtubule minus-end / meiotic spindle assembly / katanin complex / spindle localization / microtubule-severing ATPase / maintenance of centrosome location / microtubule severing ATPase activity ...negative regulation of asymmetric cell division / forebrain neuroblast division / ATPase regulator activity / microtubule minus-end / meiotic spindle assembly / katanin complex / spindle localization / microtubule-severing ATPase / maintenance of centrosome location / microtubule severing ATPase activity / mitotic chromosome movement towards spindle pole / microtubule severing / asymmetric cell division / positive regulation of microtubule depolymerization / regulation of meiotic cell cycle / neuronal stem cell population maintenance / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule bundle formation / meiotic spindle / microtubule depolymerization / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / oogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / dynein complex binding / mitotic spindle pole / developmental growth / negative regulation of neuron differentiation / neuroblast proliferation / cytoplasmic microtubule organization / lipid droplet / isomerase activity / neuron migration / brain development / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / spindle pole / spindle / male gonad development / microtubule cytoskeleton / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein localization / negative regulation of neuron projection development / midbody / growth cone / microtubule binding / spermatogenesis / microtubule / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane / cell division / axon / centrosome / neuronal cell body / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein, ASH domain / : / Abnormal spindle-like microcephaly-assoc'd, ASPM-SPD-2-Hydin / Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p80 subunit, C-terminal / con80 domain of Katanin / : / : / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 ...Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein, ASH domain / : / Abnormal spindle-like microcephaly-assoc'd, ASPM-SPD-2-Hydin / Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p80 subunit, C-terminal / con80 domain of Katanin / : / : / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / IQ calmodulin-binding motif / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / IQ motif profile. / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein homolog / Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rezabkova, L. / Capitani, G. / Kammerer, R.A. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: Nat. Cell Biol. / 年: 2017
タイトル: Microtubule minus-end regulation at spindle poles by an ASPM-katanin complex.
著者: Jiang, K. / Rezabkova, L. / Hua, S. / Liu, Q. / Capitani, G. / Maarten Altelaar, A.F. / Heck, A.J.R. / Kammerer, R.A. / Steinmetz, M.O. / Akhmanova, A.
履歴
登録2016年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
B: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
C: Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8933
ポリマ－33,8933
非ポリマー00
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.090, 145.120, 37.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p80 subunit B1 / p80 katanin


分子量: 23351.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Katnb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BG40
#2: タンパク質 Katanin p60 ATPase-containing subunit A1 / Katanin p60 subunit A1 / Lipotransin / p60 katanin


分子量: 9534.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Katna1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WV86, EC: 3.6.4.3
#3: タンパク質・ペプチド Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein homolog / Calmodulin-binding protein Sha1 / Calmodulin-binding protein 1 / Spindle and hydroxyurea checkpoint ...Calmodulin-binding protein Sha1 / Calmodulin-binding protein 1 / Spindle and hydroxyurea checkpoint abnormal protein


分子量: 1007.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8CJ27
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M BisTris propane, 0.2 M NaNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 45112 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 24.6 % / Net I/σ(I): 19.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2420: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.5→43.868 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 903 2 %
Rwork0.1831 --
obs0.1839 45112 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 0 219 2195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5242741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.924767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4999-1.59390.39191300.31816377X-RAY DIFFRACTION86
1.5939-1.71690.28571530.22267472X-RAY DIFFRACTION100
1.7169-1.88970.26621520.19397463X-RAY DIFFRACTION100
1.8897-2.16320.21111530.14847487X-RAY DIFFRACTION100
2.1632-2.72530.20791550.17387579X-RAY DIFFRACTION100
2.7253-43.88640.21221600.18457831X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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