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- PDB-5l9v: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2-R281C/P317C) cross-linked to HIF-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l9v
タイトルHIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2-R281C/P317C) cross-linked to HIF-1alpha NODD-L397C/D412C and N-oxalylglycine (NOG) (complex-1)
要素
  • Egl nine homolog 1
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / elastin metabolic process / glandular epithelial cell maturation / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / elastin metabolic process / glandular epithelial cell maturation / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / regulation of transforming growth factor beta2 production / peptidyl-proline dioxygenase activity / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / cardiac ventricle morphogenesis / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / hemoglobin biosynthetic process / positive regulation of hormone biosynthetic process / mesenchymal cell apoptotic process / regulation protein catabolic process at postsynapse / positive regulation of mitophagy / retina vasculature development in camera-type eye / Cellular response to hypoxia / intestinal epithelial cell maturation / negative regulation of growth / regulation of protein neddylation / collagen metabolic process / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / negative regulation of bone mineralization / B-1 B cell homeostasis / vascular endothelial growth factor production / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / transcription regulator activator activity / dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / heart trabecula formation / regulation of modification of postsynaptic structure / lactate metabolic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of thymocyte apoptotic process / L-ascorbic acid binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / motile cilium / positive regulation of signaling receptor activity / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of TOR signaling / response to iron ion / response to muscle activity / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / regulation of glycolytic process / embryonic hemopoiesis / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / PTK6 promotes HIF1A stabilization / regulation of aerobic respiration / digestive tract morphogenesis / response to nitric oxide / muscle cell cellular homeostasis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / axonal transport of mitochondrion / positive regulation of epithelial cell migration / bone mineralization / heart looping / outflow tract morphogenesis / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / neuroblast proliferation / TOR signaling / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / embryonic placenta development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / cellular response to interleukin-1 / regulation of angiogenesis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chondrocyte differentiation / positive regulation of chemokine production / axon cytoplasm / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / positive regulation of glycolytic process / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / response to reactive oxygen species / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / euchromatin / visual learning / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / PAS fold-3 / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / PAS fold-3 / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / PAS fold / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / Hypoxia-inducible factor 1-alpha / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.829 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for oxygen degradation domain selectivity of the HIF prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Leung, I.K. / Tian, Y.M. / Abboud, M.I. / Ge, W. / Domene, C. / Cantrelle, F.X. / Landrieu, I. / Hardy, A.P. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural basis for binding of hypoxia-inducible factor to the oxygen-sensing prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / McDonough, M.A. / Mecinovic, J. / Loenarz, C. / Flashman, E. / Hewitson, K.S. / Domene, C. / Schofield, C.J.
履歴
登録2016年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
B: Egl nine homolog 1
C: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
D: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0568
ポリマ－59,6524
非ポリマー4044
水4,035224
1
A: Egl nine homolog 1
C: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0284
ポリマ－29,8262
非ポリマー2022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
2
B: Egl nine homolog 1
D: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0284
ポリマ－29,8262
非ポリマー2022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.807, 73.088, 70.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 27930.738 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, UNP RESIDUES 181-426 / 変異: C201A, R281C, P317C, R398A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド Hypoxia-inducible factor 1-alpha / HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1 / Class E basic ...HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1 / Class E basic helix-loop-helix protein 78 / bHLHe78 / Member of PAS protein 1 / PAS domain-containing protein 8


分子量: 1895.203 Da / 分子数: 2
断片: N-TERMINAL OXYGEN DEPENDENT DEGRADATION DOMAIN (NODD), UNP RESIDUES 395-413
変異: L397C, D412C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16665
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium chloride, 20 % w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.829→43.798 Å / Num. obs: 38965 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 11.3375
反射 シェル解像度: 1.829→1.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000706Eデータ削減
HKL-2000706Eデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HQR

3hqr


解像度: 1.829→43.798 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1904 1960 5.03 %
Rwork0.1694 --
obs0.1705 38938 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.7256 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.31 Å20 Å2-0.16 Å2
2--18.62 Å20 Å2
3----10.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.829→43.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3563 0 22 224 3809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7115059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8772219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8294-1.87520.31941300.28692455X-RAY DIFFRACTION93
1.8752-1.92590.2671360.26692670X-RAY DIFFRACTION100
1.9259-1.98250.23541270.24812674X-RAY DIFFRACTION100
1.9825-2.04650.26141380.21392616X-RAY DIFFRACTION100
2.0465-2.11970.22731250.19652678X-RAY DIFFRACTION100
2.1197-2.20450.22161620.18292650X-RAY DIFFRACTION100
2.2045-2.30490.21791210.17732669X-RAY DIFFRACTION100
2.3049-2.42640.19461350.17662670X-RAY DIFFRACTION100
2.4264-2.57840.19621690.17242613X-RAY DIFFRACTION100
2.5784-2.77740.18871680.17412602X-RAY DIFFRACTION100
2.7774-3.05690.18921280.15772692X-RAY DIFFRACTION100
3.0569-3.49910.17181420.16212635X-RAY DIFFRACTION99
3.4991-4.40780.16151270.1392678X-RAY DIFFRACTION99
4.4078-43.81040.16231520.14842676X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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