PDB-5l9l: Crystal structure of the PBP MotA from A. tumefaciens B6 in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l9l

タイトル

Crystal structure of the PBP MotA from A. tumefaciens B6 in complex with glucopine

要素

periplasmic binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein

機能・相同性

Glucopine / :

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. B6 (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Marty, L. / Morera, S.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
著者: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Dessaux, Y. / Faure, D. / Morera, S.

履歴

登録	2016年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l9l.cif.gz	272 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l9l.ent.gz	218.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l9l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l9gSC 5l9iC 5l9oC 5l9pC 5l9sC 5lomC 6hqhC 5lg9 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l9g-1 6tg2-4 6tg3-3 6tg3-2 6tg2-3 6tg2-2 6tg2-1 2v2v-1 4rss-d 6o9d-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: periplasmic binding protein

B: periplasmic binding protein

ヘテロ分子

78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: periplasmic binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: periplasmic binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.820, 70.820, 133.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	periplasmic binding protein 分子量: 38455.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. B6 (植物への病原性) 遺伝子: ASB65_13110 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A109C781
#2: 化合物	ChemComp-GOP / Glucopine 分子量: 310.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₂N₂O₈
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 4K, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 60610 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.45 % / B_iso Wilson estimate: 36.2 Å² / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 8.61
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_sym value: 0.721

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L9G

5l9g

解像度: 1.8→18.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9329 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2406	3022	5 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.2067	60437	99.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9896 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.9896 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.9792 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.304 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→18.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4961	0	105	429	5495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	5168	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	6998	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1710	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		140	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		737	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5128	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.99
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.88
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		676	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6508	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	222	4.99 %
R_work	0.2347	4225	-
all	0.2369	4447	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4763	-0.0939	-0.1342	1.734	-0.0649	1.8412	-0.0046	-0.0045	-0.0653	-0.1791	0.0581	0.2834	0.0686	-0.0122	-0.0535	-0.1584	-0.0135	-0.0628	-0.1896	0.0105	-0.0589	81.4407	22.9933	-1.2101
2	0.684	-0.3319	0.1847	1.5637	-0.0906	1.4782	-0.1234	-0.0729	-0.0646	0.3238	0.1583	0.2061	-0.0726	-0.0239	-0.035	-0.0886	0.0309	0.0729	-0.1874	0.0259	-0.1422	83.2286	50.5051	20.7211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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