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- PDB-5l9i: Crystal structure of the periplasmic binding protein MotA in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l9i
タイトルCrystal structure of the periplasmic binding protein MotA in complex with DFG from A. tumefaciens B6
要素periplasmic binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Periplasmic binding protein
機能・相同性Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Deoxyfructosylglutamine / :
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens str. B6 (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Marty, L. / Morera, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-12-BSV8-0003-01 フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
著者: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Dessaux, Y. / Faure, D. / Morera, S.
履歴
登録2016年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: periplasmic binding protein
B: periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,33916
ポリマ－76,9122
非ポリマー1,42814
水5,188288
1
A: periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1378
ポリマ－38,4561
非ポリマー6817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2038
ポリマ－38,4561
非ポリマー7477
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.390, 71.390, 134.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 periplasmic binding protein


分子量: 38455.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. B6 (植物への病原性)
遺伝子: ASB65_13110 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A109C781

-
非ポリマー , 5種, 302分子

#2: 化合物 ChemComp-SNW / Deoxyfructosylglutamine / santhopine / N2-(1-デオキシ-β-D-フルクトピラノ-ス-1-イル)グルタミン


分子量: 308.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N2O8
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 24% PEG 4K, 0.1 M MES, 0.2 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 52621 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.48 % / Biso Wilson estimate: 44.47 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / Rsym value: 0.888

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L9G

5l9g


解像度: 1.9→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.125
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 2629 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 52588 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8693 Å20 Å20 Å2
2--1.8693 Å20 Å2
3----3.7387 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5007 0 90 288 5385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015216HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17076HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1741SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes746HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5216HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion672SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6145SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 194 4.99 %
Rwork0.249 3692 -
all0.249 3886 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8202-0.62410.97940.9068-0.66922.04360.34750.6276-0.4398-0.0891-0.1740.11380.15010.362-0.1735-0.49740.0801-0.0525-0.3413-0.119-0.426615.137848.5118-0.1823
20.57570.13850.13622.327-0.44052.40640.0431-0.01180.07090.31120.16930.4438-0.2615-0.15-0.2125-0.47310.04860.1079-0.5170.0432-0.368246.602783.5112-12.7351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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