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- PDB-5l9c: Crystal structure of an endoglucanase from Penicillium verruculos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l9c
タイトルCrystal structure of an endoglucanase from Penicillium verruculosum in complex with cellobiose
要素endoglucanase
キーワードHYDROLASE / endohydrolysis / cellulose
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / cellulase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / cellulase
類似検索 - 構成要素
生物種Talaromyces verruculosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Nemashkalov, V. / Vakhrusheva, A. / Tishchenko, S. / Gabdulkhakov, A. / Kravchenko, O. / Gusakov, A. / Sinisyn, A.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
ロシア
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an endoglucanase from Penicillium verruculosum in complex with cellobiose
著者: Nemashkalov, V. / Vakhrusheva, A. / Tishchenko, S. / Gabdulkhakov, A. / Kravchenko, O. / Gusakov, A. / Sinisyn, A.
履歴
登録2016年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endoglucanase
B: endoglucanase
C: endoglucanase
D: endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,03717
ポリマ－138,5834
非ポリマー4,45413
水28,4461579
1
A: endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7554
ポリマ－34,6461
非ポリマー1,1093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7554
ポリマ－34,6461
非ポリマー1,1093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7735
ポリマ－34,6461
非ポリマー1,1274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7554
ポリマ－34,6461
非ポリマー1,1093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.330, 73.230, 91.150
Angle α, β, γ (deg.)87.23, 94.17, 100.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
endoglucanase


分子量: 34645.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces verruculosus (菌類) / 発現宿主: Talaromyces verruculosus (菌類) / 参照: UniProt: A0A1U7Q1U3*PLUS
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% polyethylene glycole 6000, 50 mM bis-tris propane pH 7.0, 7% 2 methyl-2,4,-pentanediol, 5% 2 methyl-2 propanal, 6% PEG 5000, cellobiose

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→48.4 Å / Num. obs: 107169 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 1.83 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.78→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.498

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I6S

5i6s


解像度: 1.85→48.398 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 5057 5 %
Rwork0.2264 --
obs0.2288 101178 94.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9460 0 296 1579 11335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65913755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7923499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041745
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.8710.32921540.27732957X-RAY DIFFRACTION86
1.871-1.8930.35291650.28673138X-RAY DIFFRACTION94
1.893-1.91610.34341680.28193186X-RAY DIFFRACTION94
1.9161-1.94040.34891660.27473140X-RAY DIFFRACTION94
1.9404-1.96590.32681700.27063239X-RAY DIFFRACTION95
1.9659-1.99280.32841680.2633198X-RAY DIFFRACTION95
1.9928-2.02130.35861690.25923208X-RAY DIFFRACTION95
2.0213-2.05150.29641680.25673177X-RAY DIFFRACTION94
2.0515-2.08350.29241660.25283157X-RAY DIFFRACTION94
2.0835-2.11770.32561690.24753207X-RAY DIFFRACTION94
2.1177-2.15420.27531680.25193195X-RAY DIFFRACTION95
2.1542-2.19340.30981640.2483124X-RAY DIFFRACTION94
2.1934-2.23560.3311720.24873270X-RAY DIFFRACTION95
2.2356-2.28120.30771670.24963179X-RAY DIFFRACTION95
2.2812-2.33080.31691680.2433195X-RAY DIFFRACTION95
2.3308-2.3850.29211690.2393212X-RAY DIFFRACTION95
2.385-2.44470.30671720.24463258X-RAY DIFFRACTION96
2.4447-2.51080.29151690.23093217X-RAY DIFFRACTION96
2.5108-2.58460.29311710.23543256X-RAY DIFFRACTION96
2.5846-2.66810.29261690.23043203X-RAY DIFFRACTION95
2.6681-2.76340.28891720.23173260X-RAY DIFFRACTION96
2.7634-2.8740.25911690.22343220X-RAY DIFFRACTION96
2.874-3.00480.2681700.22853233X-RAY DIFFRACTION96
3.0048-3.16320.25931720.21373257X-RAY DIFFRACTION96
3.1632-3.36140.24431680.21243221X-RAY DIFFRACTION96
3.3614-3.62080.24671710.19883249X-RAY DIFFRACTION96
3.6208-3.9850.21321720.18023259X-RAY DIFFRACTION96
3.985-4.56130.17371720.16663257X-RAY DIFFRACTION96
4.5613-5.74530.2321670.19633174X-RAY DIFFRACTION95
5.7453-48.41450.22051720.21543275X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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