PDB-5l81: Crystal structure of the PH domain of murine kindlin-3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l81

タイトル

Crystal structure of the PH domain of murine kindlin-3

要素

Fermitin family homolog 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Pleckstrin homology domain / Membrane binding / Integrin activation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Platelet degranulation / integrin activation / podosome / anchoring junction / leukocyte cell-cell adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / platelet aggregation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R.J.C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Structure and lipid-binding properties of the kindlin-3 pleckstrin homology domain.
著者: Ni, T. / Kalli, A.C. / Naughton, F.B. / Yates, L.A. / Naneh, O. / Kozorog, M. / Anderluh, G. / Sansom, M.S. / Gilbert, R.J.

履歴

登録	2016年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Advisory / Author supporting evidence カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l81.cif.gz	124.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l81.ent.gz	98.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l81_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l81_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	5l81_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	5l81_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l81	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bbkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1jsg-d 3d8f-2 1tuw-d 3mce-1 5njk-6 3l9k-2 2rrb-d 3uj3-d 3l9k-4 2cns-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (7) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fermitin family homolog 3

B: Fermitin family homolog 3

ヘテロ分子

33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fermitin family homolog 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fermitin family homolog 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.040, 36.190, 52.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Fermitin family homolog 3 / Kindlin-3 / Unc-112-related protein 2 分子量: 16894.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fermt3, Kind3, Urp2 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q8K1B8
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 4M sodium nitrate, 0.1M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→31.73 Å / Num. obs: 12441 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 13.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bbk

4bbk

解像度: 2.23→31.73 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	617	4.96 %
R_work	0.2193	-	-
obs	0.2221	12441	96.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→31.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2123	0	1	13	2137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2165
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	2925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.219	1834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.23-2.4543	0.3574	153	0.3038	2805	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4543-2.8093	0.3401	146	0.2857	2954	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8093-3.5387	0.3265	160	0.2621	2988	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5387-31.738	0.2335	158	0.1838	3077	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8717	0.4578	0.1292	8.3251	4.8063	5.1034	0.0126	0.2153	0.256	-0.555	-0.9118	0.4092	2.1446	0.4916	0.0483	1.0565	-0.2093	0.1502	0.9053	-0.0607	1.0844	142.3992	-37.2938	-75.7365
2	8.2884	1.4277	5.1683	5.4838	3.1415	8.926	-1.6156	1.7744	0.4072	-1.2684	0.8572	1.1884	-0.644	-1.2101	0.2277	0.7388	-0.3128	0.086	0.6153	0.0544	0.5872	145.5556	-19.7874	-61.9123
3	3.102	3.5412	-0.8497	8.2681	4.7739	8.7051	-0.1162	-0.9019	0.0806	0.5117	-0.0604	-1.4443	-1.0995	0.4059	-0.1717	0.8835	0.0383	0.1065	0.5188	-0.0473	0.801	158.6657	-13.0238	-54.9763
4	4.6262	0.8571	0.2358	9.0235	2.3833	7.4785	-0.8103	1.6158	-0.0177	-1.3848	0.3313	-0.3942	0.2689	-0.5784	0.0605	0.6634	-0.194	0.031	0.7616	0.0025	0.5965	149.7573	-21.8338	-64.9084
5	6.8264	1.4577	-0.0234	7.8528	-1.0661	6.8357	-0.6429	2.2758	0.1723	-2.0065	1.6018	0.5206	0.4934	-0.3252	0.336	1.0211	-0.4422	0.1805	1.1095	0.1614	0.6485	153.6652	-21.6173	-67.4509
6	3.5722	-0.4145	-1.7005	2.2215	0.0271	7.5161	-0.4248	-1.1855	0.5895	0.3141	0.4368	-0.0459	0.174	0.1335	0.071	0.5762	-0.0348	0.2084	0.3804	-0.0786	0.7995	148.4432	-23.8928	-49.4895
7	2.1396	-0.9259	-0.2514	9.4198	-0.0398	5.7192	0.1568	-0.0418	-0.6178	0.6464	-0.0635	0.2052	0.3419	0.0113	0.1718	0.7333	-0.0537	0.0963	0.289	-0.0248	0.9263	153.941	-21.5899	-54.6384
8	8.2383	3.0108	0.8408	3.0346	-0.9136	5.3397	-0.5531	0.6089	-0.8865	-0.2043	0.5393	0.5767	1.0927	-0.3169	0.0026	0.723	-0.2262	0.2358	0.5117	-0.0572	0.7736	144.3221	-32.604	-57.9683
9	5.95	1.2552	-0.533	7.7553	0.4507	4.2165	-0.1647	0.6452	0.9485	-0.2729	1.2004	0.9854	-0.0626	-0.192	0.4867	0.5595	-0.1462	0.3592	0.6136	-0.0173	0.7858	136.428	-31.6756	-50.5162
10	8.5898	-4.9739	-6.0363	8.7557	5.655	6.8856	-0.2329	-0.721	-0.1227	1.3558	-0.5711	-0.8345	1.2322	-0.127	0.273	0.8057	0.094	0.0404	1.0743	0.1288	0.6343	149.3283	-37.8039	-28.4951
11	3.4227	-1.9789	-0.6323	1.2718	-0.1641	2.4427	0.0475	0.1783	-0.7045	0.9754	0.991	0.8404	-0.685	-0.7521	2.825	0.2939	0.9912	1.0114	0.5748	-0.2156	0.8203	165.5305	-44.5273	-40.2414
12	4.7241	1.6315	2.324	1.7752	0.9033	8.6519	0.2924	-1.8247	-1.2908	1.7546	-0.7978	0.1999	1.0853	-0.6498	0.3765	1.0215	0.0117	0.0863	0.9872	0.2509	0.7061	155.0616	-37.9835	-29.3569
13	3.8544	1.586	2.2408	7.2438	3.7749	2.5297	1.1203	-3.4888	-1.641	2.9432	-0.5692	-2.1696	0.2327	-1.2122	-0.0893	1.2492	0.0215	-0.1827	1.7212	0.4065	1.2233	159.6954	-42.2696	-22.6302
14	9.0815	1.7644	-0.1152	4.8687	2.5749	8.7116	-0.1374	-0.441	-0.735	-1.0509	-0.5557	-0.8774	0.1436	0.2904	0.2344	0.6388	0.0895	0.1443	0.5096	0.1185	0.5623	152.9345	-35.2222	-41.658
15	3.5321	-0.7932	-1.8257	9.3289	3.4044	3.2936	0.2276	1.0855	-0.6247	0.18	0.0666	-2.4719	1.0832	2.0819	0.4463	1.0013	0.3211	-0.3607	1.0342	0.3383	1.4779	164.2168	-26.3023	-41.5856
16	8.1051	0.4972	2.1662	6.647	0.1549	6.4178	-0.0397	0.0881	-0.5125	0.8637	0.0456	0.4981	0.9056	-0.0805	0.4476	0.7967	0.1044	0.1925	0.4945	0.0616	0.5529	148.8599	-36.695	-38.637
17	3.4807	-0.0209	0.4927	4.8939	-1.1205	5.8384	0.3713	-0.8499	0.355	-0.1206	-0.1324	0.6974	0.7828	0.0525	1.2453	0.6563	-0.0725	0.6172	0.7982	-0.2027	0.3766	139.1071	-33.6059	-39.7502

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 345 through 350 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 351 through 359 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 360 through 369 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 370 through 384 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 385 through 403 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 404 through 424 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 425 through 437 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 438 through 461 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 462 through 477 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 345 through 360 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 361 through 369 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 370 through 384 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 385 through 395 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 396 through 422 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 423 through 428 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 429 through 453 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 454 through 478 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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