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- PDB-5l7n: Plexin A1 extracellular fragment, domains 7-10 (IPT3-IPT6) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l7n
タイトルPlexin A1 extracellular fragment, domains 7-10 (IPT3-IPT6)
要素Plexin-A1
キーワードSIGNALING PROTEIN / IPT domain / receptor / axon guidance
機能・相同性
機能・相同性情報


olfactory nerve formation / Other semaphorin interactions / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / neuron projection guidance / RHOD GTPase cycle / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / RND1 GTPase cycle / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion ...olfactory nerve formation / Other semaphorin interactions / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / neuron projection guidance / RHOD GTPase cycle / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / RND1 GTPase cycle / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / regulation of smooth muscle cell migration / neuron projection extension / semaphorin-plexin signaling pathway / synapse / glutamatergic synapse / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Plexin-A1, Sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain ...Plexin-A1, Sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Plexin-A1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kong, Y. / Janssen, B.J.C. / Malinauskas, T. / Vangoor, V.R. / Coles, C.H. / Kaufmann, R. / Ni, T. / Gilbert, R.J.C. / Padilla-Parra, S. / Pasterkamp, R.J. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKA10976 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G9900061 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Plexin Activation and Regulation.
著者: Kong, Y. / Janssen, B.J. / Malinauskas, T. / Vangoor, V.R. / Coles, C.H. / Kaufmann, R. / Ni, T. / Gilbert, R.J. / Padilla-Parra, S. / Pasterkamp, R.J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.name ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7616
ポリマ－42,9291
非ポリマー8325
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.880, 82.510, 125.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1521-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Plexin-A1 / Plexin-1


分子量: 42928.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxna1, Kiaa4053 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P70206
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol 3,350, 100mM BIS-TRIS pH 5.5 and 200mM potassium sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→62.8 Å / Num. obs: 20394 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2283: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→62.8 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 1032 5.07 %
Rwork0.2296 --
obs0.2317 20361 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→62.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2638 0 53 130 2821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5193752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8741678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.31610.40211370.34342718X-RAY DIFFRACTION99
2.3161-2.46120.33571520.27112721X-RAY DIFFRACTION100
2.4612-2.65120.31421440.25932732X-RAY DIFFRACTION100
2.6512-2.9180.36421630.26092722X-RAY DIFFRACTION100
2.918-3.34020.31771410.24212764X-RAY DIFFRACTION100
3.3402-4.20820.23981480.20572779X-RAY DIFFRACTION100
4.2082-62.82560.20431470.19962893X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7743-1.5786-0.49365.68341.09354.2252-0.13420.138-0.4432-0.12150.0650.08740.76710.35210.0810.46840.0464-0.04910.27730.03020.297730.3325-23.8216-12.0202
21.5426-1.650.85146.0773-3.52763.7465-0.04220.0143-0.05460.02620.13960.26670.09210.0776-0.11210.2826-0.0258-0.02970.30310.01070.281324.7799-2.429-18.7286
34.546-0.6474-4.09760.87691.07825.02650.10790.07540.123-0.05240.03640.0136-0.1438-0.1649-0.14950.37740.0023-0.09090.27360.03010.234734.145420.1874-44.8883
44.04794.6393-0.73136.50670.20763.94810.2905-0.38010.6570.0170.2958-1.2092-0.79240.712-0.22010.5485-0.10560.04190.3959-0.22230.792453.554333.8572-46.7681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 861 through 934 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 935 through 1046 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1047 through 1145 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1146 through 1227 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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