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- PDB-5l7l: Crystal Structure of Elp3 from Dehalococcoides mccartyi (390-407 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l7l
タイトルCrystal Structure of Elp3 from Dehalococcoides mccartyi (390-407 GSGSG)
要素ELP3 family, ELP3 family
キーワードTRANSLATION / Elongator / tRNA modification / Elp3
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA uridine(34) acetyltransferase activity / tRNA carboxymethyluridine synthase / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / tRNA acetylation / tRNA wobble uridine modification / S-adenosyl-L-methionine binding / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Radical SAM, C-terminal extension / Elongator complex protein 3-like / ELP3/YhcC / Radical_SAM C-terminal domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Acetyltransferase (GNAT) family / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / tRNA uridine(34) acetyltransferase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Dehalococcoides mccartyi BTF08 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.593 Å
データ登録者Glatt, S. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for tRNA modification by Elp3 from Dehalococcoides mccartyi.
著者: Glatt, S. / Zabel, R. / Kolaj-Robin, O. / Onuma, O.F. / Baudin, F. / Graziadei, A. / Taverniti, V. / Lin, T.Y. / Baymann, F. / Seraphin, B. / Breunig, K.D. / Muller, C.W.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年9月21日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELP3 family, ELP3 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8843
ポリマ－49,6421
非ポリマー2412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.760, 161.410, 93.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

FES

21A-502-

FES

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要素

#1: タンパク質 ELP3 family, ELP3 family


分子量: 49642.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dehalococcoides mccartyi BTF08 (バクテリア)
遺伝子: btf_573 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1Q3U6, UniProt: A0A1C7D1B7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES pH 6.3 and 4% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 17592 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.06 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 2.974 / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / CC1/2: 0.364 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: trunctaed 5L7J

5l7j


解像度: 2.593→46.61 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 880 5.01 %
Rwork0.1818 --
obs0.1836 17582 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.593→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 5 0 3081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6844256
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6241183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5934-2.75590.36671430.31412704X-RAY DIFFRACTION97
2.7559-2.96860.34451440.28912740X-RAY DIFFRACTION100
2.9686-3.26730.35171450.23162753X-RAY DIFFRACTION100
3.2673-3.73990.22891460.1782778X-RAY DIFFRACTION100
3.7399-4.71120.1761480.15552811X-RAY DIFFRACTION100
4.7112-46.61750.1871540.16562916X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54730.4275-0.73816.9738-1.40113.27540.0737-0.14920.18170.21530.07820.0057-0.13850.0871-0.14650.5648-0.02240.01590.4744-0.03660.4319-29.3836-22.561713.0053
28.132-2.20740.7643.42790.03063.55650.36751.14610.3588-0.8565-0.3890.0178-0.4895-0.04740.02730.94950.03580.09720.67890.09170.6291-26.571-17.3878-8.4095
34.6272-1.174-1.32595.95620.97338.5153-0.0076-0.1841-0.1256-0.02850.1504-0.84030.15170.9108-0.11790.46910.07370.03060.73690.02860.7989-7.2876-32.90563.1115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 151 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 152 through 313 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 314 through 446 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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