PDB-5l6z: Crystal structure of D62A mutant of Thermotoga maritima TmPEP1050...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l6z

タイトル

Crystal structure of D62A mutant of Thermotoga maritima TmPEP1050 aminopeptidase

要素

leucylaminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / leucylaminopeptidase / M42 family / tetrahedral structure

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Dutoit, R. / Van Elder, D. / Bauvois, C.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: M42 aminopeptidase catalytic site: the structural and functional role of a strictly conserved aspartate residue
著者: Dutoit, R. / Brandt, N. / Van Gompel, T. / Van Elder, D. / Van Dyck, J. / Sobott, F. / Droogmans, L.

履歴

登録	2016年6月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年2月24日	Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author Item: _atom_site.occupancy / _citation.country ..._atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l6z.cif.gz	160 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l6z.ent.gz	123.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p6yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ne7-d 5ne9-d 5ne6-d 1qhg-d 2oo0-d 2h8r-d 5zme-d 4p0s-3 4p0r-2 3b3f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: leucylaminopeptidase

B: leucylaminopeptidase

ヘテロ分子

72.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.180, 113.960, 267.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-436- HOH
2	1	B-553- HOH
3	1	B-703- HOH

#1: タンパク質	leucylaminopeptidase / Endoglucanase M 分子量: 36066.285 Da / 分子数: 2 / 変異: D62A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1050, Tmari_1054 / プラスミド: pCEC85 / 詳細 (発現宿主): pBAD-TOPO + TM_1050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: Q9X0E0, UniProt: R4P256*PLUS, cellulase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.1M sodium acetate, 5% PEG3350 (v/v) pH5.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9797 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.49→48.04 Å / Num. obs: 103936 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.48

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.49-1.53		0.493	3.51	1	77.3
1.53-1.57		0.425	4.67	1	100
1.57-1.62		0.361	5.61	1	100
1.62-1.67		0.318	6.54	1	100
1.67-1.72		0.274	7.72	1	100
1.72-1.78		0.234	9.16	1	100
1.78-1.85		0.196	11.32	1	100
1.85-1.92		0.163	13.7	1	100
1.92-2.01		0.135	16.03	1	99.8
2.01-2.11		0.117	18.1	1	100
2.11-2.22		0.104	19.69	1	99.9
2.22-2.36		0.099	20.79	1	100
2.36-2.52		0.092	21.49	1	100
2.52-2.72		0.085	22.56	1	99.8
2.72-2.98		0.077	24.25	1	99.9
2.98-3.33		0.069	25.42	1	99.8
3.33-3.85		0.063	26.57	1	99.9
3.85-4.71		0.055	27.89	1	99.9
4.71-6.66		0.046	27.68	1	100
	6.66	0.037	25.52	1	97

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.58 Å	48 Å
Translation	4.58 Å	48 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.10.1-2155-000	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P6Y

4p6y

解像度: 1.501→48 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2152	5159	5 %
R_work	0.1833	-	-
obs	0.1849	103177	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.66 Å² / B_iso mean: 20.1971 Å² / B_iso min: 4.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.501→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4678	0	28	820	5526
B_iso mean	-	-	31.85	33.24	-
残基数	-	-	-	-	623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5099
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	6946
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	791
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	929
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.04	3107

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.501-1.5181	0.2524	164	0.2356	3121	3285	95
1.5181-1.5359	0.2428	168	0.2283	3174	3342	100
1.5359-1.5547	0.2775	173	0.2227	3291	3464	100
1.5547-1.5743	0.2525	168	0.2204	3194	3362	100
1.5743-1.5951	0.255	170	0.2157	3240	3410	100
1.5951-1.6169	0.276	171	0.2159	3237	3408	100
1.6169-1.64	0.2684	172	0.2088	3280	3452	100
1.64-1.6645	0.2325	168	0.2116	3182	3350	100
1.6645-1.6905	0.2592	174	0.2098	3317	3491	100
1.6905-1.7182	0.2718	168	0.2161	3176	3344	100
1.7182-1.7478	0.2259	172	0.2194	3270	3442	100
1.7478-1.7796	0.2695	172	0.2089	3261	3433	100
1.7796-1.8139	0.244	170	0.2054	3248	3418	100
1.8139-1.8509	0.2603	172	0.2087	3253	3425	100
1.8509-1.8911	0.2408	171	0.2034	3271	3442	100
1.8911-1.9351	0.2339	171	0.2026	3249	3420	100
1.9351-1.9835	0.2459	170	0.1958	3231	3401	100
1.9835-2.0371	0.2191	172	0.2015	3273	3445	100
2.0371-2.0971	0.2672	173	0.2003	3276	3449	100
2.0971-2.1648	0.1933	170	0.1931	3242	3412	100
2.1648-2.2421	0.2103	174	0.183	3294	3468	100
2.2421-2.3319	0.2097	172	0.1821	3282	3454	100
2.3319-2.438	0.1982	173	0.1864	3285	3458	100
2.438-2.5666	0.2201	172	0.1811	3260	3432	100
2.5666-2.7274	0.2256	173	0.1811	3299	3472	100
2.7274-2.9379	0.2142	175	0.1752	3312	3487	100
2.9379-3.2335	0.1854	175	0.164	3326	3501	100
3.2335-3.7013	0.1933	174	0.1507	3310	3484	100
3.7013-4.6626	0.1599	179	0.1363	3404	3583	100
4.6626-48.0243	0.1871	183	0.1747	3460	3643	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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