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- PDB-5l6t: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II IN COMPLEX WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l6t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II IN COMPLEX WITH A QUINOLINE OLIGOAMIDE FOLDAMER
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLyase/Inhibitor / PROTEIN-FOLDAMER COMPLEX / PROTEIN FOLDAMER INTERACTIONS / MODIFIED INHIBITOR / ANCHORED FOLDAMER / HCAII DIMERISATION / QUINOLINE OLIGOAMIDE FOLDAMER / BENZENE SULFONAMIDE MODIFIED INHIBITOR / LYASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6H0 / Chem-QCL / Chem-QUK / Chem-QVE / 8-azanyl-4-oxidanyl-quinoline-2-carboxylic acid / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Vallade, M. / Langlois d'Estaintot, B. / Granier, T. / Huc, I.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II IN COMPLEX WITH A QUINOLINE OLIGOAMIDE FOLDAMER
著者: Vallade, M. / Fischer, L. / Langlois d'Estaintot, B. / Granier, T. / Huc, I.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,73931
ポリマ－58,5782
非ポリマー4,16029
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-331 kcal/mol
Surface area22180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.490, 83.810, 79.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 259 / Label seq-ID: 4 - 259

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pet11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 8種, 206分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-6H0 / ~{N}-[[3-(4-formamidobutoxy)phenyl]methyl]-4-sulfamoyl-benzamide


分子量: 405.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N3O5S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-QVS / 8-azanyl-4-oxidanyl-quinoline-2-carboxylic acid


分子量: 204.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8N2O3
#6: 化合物 ChemComp-QUK / 8-azanyl-4-(3-azanylpropoxy)quinoline-2-carboxylic acid / 8-アミノ-4-(3-アミノプロポキシ)-2-キノリンカルボン酸


分子量: 261.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15N3O3
#7: 化合物 ChemComp-QVE / 8-azanyl-4-(2-hydroxy-2-oxoethyloxy)quinoline-2-carboxylic acid


分子量: 262.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10N2O5
#8: 化合物 ChemComp-QCL / 8-azanyl-4-(2-ethylbutoxy)quinoline-2-carbaldehyde


分子量: 272.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N2O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: ZnOAc 0.2M NaCac 0.1 M PEG 8000 pH 7.1 NaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月18日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez (KB) mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.212→78.642 Å / Num. obs: 15030 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 33.223 Å2 / Rsym value: 0.138 / Net I/av σ(I): 4.161 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.65-2.792.50.4121.8192.3
2.79-2.962.50.32.4192
2.96-3.172.50.223.1191.7
3.17-3.422.50.1694190.9
3.42-3.752.50.134.9190.8
3.75-4.192.50.115.4190.2
4.19-4.842.50.1095.1187.2
4.84-5.932.50.1095.3185.1
5.93-8.382.50.0787.1181
8.38-83.812.50.0737185.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER6.5.015位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2KS3

2ks3
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.65→78.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.435
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2782 750 5 %RANDOM
Rwork0.2204 ---
obs0.2233 14263 88.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.91 Å2 / Biso mean: 40.455 Å2 / Biso min: 12.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.01 Å20 Å21.52 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→78.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4011 0 237 177 4425
Biso mean--35.43 31.13 -
残基数----509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.024415
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9915967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.9563.0089143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5485507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95824.503191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75515654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8131514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0214943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.021028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.361.5942048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3571.5952040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6232.3912542
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 29208 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 60 -
Rwork0.281 1087 -
all-1147 -
obs--93.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2117-0.06840.66872.5646-0.07223.8870.0085-0.0250.0594-0.1153-0.07430.11310.111-0.11810.06570.2123-0.0281-0.07510.01270.00510.032841.33213.07432.388
23.5427-0.46340.79553.49470.45444.31830.0269-0.23420.04680.1948-0.17030.35640.2723-0.19490.14340.2531-0.0199-0.04270.1760.01520.072554.25721.50468.811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 260
2X-RAY DIFFRACTION1A300 - 301
3X-RAY DIFFRACTION1B302 - 305
4X-RAY DIFFRACTION1C1 - 4
5X-RAY DIFFRACTION1C6
6X-RAY DIFFRACTION1C8
7X-RAY DIFFRACTION2B4 - 259
8X-RAY DIFFRACTION2C5
9X-RAY DIFFRACTION2C9
10X-RAY DIFFRACTION2C11 - 12
11X-RAY DIFFRACTION2B300 - 301
12X-RAY DIFFRACTION2A302 - 305

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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