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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l6m | |||||||||
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タイトル | Structure of Caulobacter crescentus VapBC1 (VapB1deltaC:VapC1 form) | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / PIN domain / toxin-antitoxin / ribonuclease / DNA-binding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Caulobacter crescentus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Bendtsen, K.L. / Xu, K. / Luckmann, M. / Brodersen, D.E. | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Toxin inhibition in C. crescentus VapBC1 is mediated by a flexible pseudo-palindromic protein motif and modulated by DNA binding. 著者: Bendtsen, K.L. / Xu, K. / Luckmann, M. / Winther, K.S. / Shah, S.A. / Pedersen, C.N.S. / Brodersen, D.E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l6m.cif.gz | 480.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5l6m.ent.gz | 402 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8656.722 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_0032 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AC34 #2: タンパク質 | 分子量: 14148.200 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: vapC, CC_0031 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9AC35, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 4.0, 12% (w/v) PEG 3350, 5 mM MgCl2, 5 mM beta-mercaptoethanol, 25% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→46.6 Å / Num. obs: 85224 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 1.152 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5K8J 解像度: 1.9→46.6 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.68
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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