PDB-5l6m: Structure of Caulobacter crescentus VapBC1 (VapB1deltaC:VapC1 form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l6m

タイトル

Structure of Caulobacter crescentus VapBC1 (VapB1deltaC:VapC1 form)

要素

Ribonuclease VapC
VapB family protein

キーワード

HYDROLASE / PIN domain / toxin-antitoxin / ribonuclease / DNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA nuclease activity / toxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Caulobacter crescentus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bendtsen, K.L. / Xu, K. / Luckmann, M. / Brodersen, D.E.

資金援助

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Toxin inhibition in C. crescentus VapBC1 is mediated by a flexible pseudo-palindromic protein motif and modulated by DNA binding.
著者: Bendtsen, K.L. / Xu, K. / Luckmann, M. / Winther, K.S. / Shah, S.A. / Pedersen, C.N.S. / Brodersen, D.E.

履歴

登録	2016年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l6m.cif.gz	480.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l6m.ent.gz	402 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5l6m_validation.pdf.gz	548.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l6m_full_validation.pdf.gz	567.2 KB	表示
XML形式データ	5l6m_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	5l6m_validation.cif.gz	70.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5k8jSC 5l6lC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4a6u-d 2is3-d 3e7d-d 4pgf-d 2e0c-d 6hnu-d 3wv4-d 5axc-d 6hx9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VapB family protein

B: Ribonuclease VapC

C: Ribonuclease VapC

D: VapB family protein

E: VapB family protein

F: Ribonuclease VapC

G: Ribonuclease VapC

H: VapB family protein

I: VapB family protein

J: Ribonuclease VapC

K: Ribonuclease VapC

L: VapB family protein

ヘテロ分子

137 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VapB family protein

B: Ribonuclease VapC

C: Ribonuclease VapC

D: VapB family protein

E: VapB family protein

F: Ribonuclease VapC

G: Ribonuclease VapC

H: VapB family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.6 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: VapB family protein

J: Ribonuclease VapC

K: Ribonuclease VapC

L: VapB family protein

ヘテロ分子

I: VapB family protein

J: Ribonuclease VapC

K: Ribonuclease VapC

L: VapB family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.400, 63.600, 184.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	VapB family protein 分子量: 8656.722 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_0032 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AC34
#2: タンパク質	Ribonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC 分子量: 14148.200 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: vapC, CC_0031 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9AC35, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 4.0, 12% (w/v) PEG 3350, 5 mM MgCl2, 5 mM beta-mercaptoethanol, 25% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46.6 Å / Num. obs: 85224 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.123 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / R_sym value: 1.152 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5K8J

5k8j

解像度: 1.9→46.6 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.68

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2396	4165	4.89 %	Random selection
R_work	0.1958	-	-	-
obs	0.198	85219	98.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9021	0	33	600	9654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9175
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	12430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.844	5581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1464
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1626

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3603	134	0.3162	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9216-1.9442	0.3284	144	0.3058	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9442-1.9679	0.3322	152	0.2974	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9679-1.9928	0.3597	145	0.2845	2576	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9928-2.019	0.3209	148	0.277	2655	X-RAY DIFFRACTION	97
2.019-2.0467	0.3181	145	0.2752	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0467-2.0759	0.3544	139	0.2655	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0759-2.1069	0.3269	139	0.2514	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1399	0.2922	133	0.2379	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1399-2.1749	0.284	159	0.23	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1749-2.2124	0.2859	140	0.2308	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2124-2.2527	0.2931	124	0.2304	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2527-2.296	0.2731	128	0.2222	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.296-2.3429	0.3117	127	0.2231	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3429-2.3938	0.2803	128	0.2128	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3938-2.4495	0.2414	140	0.2149	2632	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4495-2.5107	0.2817	138	0.1987	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5107-2.5786	0.2472	148	0.2072	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.2669	130	0.1982	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6545-2.7402	0.2603	125	0.2007	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.2403	146	0.1902	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8381-2.9517	0.2735	117	0.1962	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9517-3.086	0.2276	125	0.1965	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
3.086-3.2487	0.2694	127	0.1934	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2487-3.4522	0.2566	146	0.1767	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4522-3.7186	0.193	133	0.1755	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7186-4.0926	0.194	161	0.1541	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0926-4.6844	0.178	161	0.1411	2639	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6844-5.9	0.1944	125	0.1735	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9-47.0936	0.2003	158	0.1885	2774	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2036	1.4936	0.2362	3.3347	-0.0681	3.828	-0.2818	-0.116	0.2798	-0.2693	0.1579	0.3743	-0.0098	-0.2514	0.1147	0.2563	-0.0371	-0.0814	0.2398	0.0525	0.4314	-45.2951	-16.131	44.3318
2	7.6007	0.292	-5.4787	4.1998	-0.2647	4.1227	-0.4614	0.1029	0.4425	-0.1656	0.2504	0.2606	0.1104	0.0099	-0.0152	0.3817	-0.1814	-0.2153	0.3421	0.173	0.5108	-36.0824	-5.6238	32.9713
3	2.2631	3.4685	-2.1046	6.5903	-3.5693	4.3335	-0.026	0.2099	0.1193	-0.39	0.2439	0.0989	0.333	-0.3227	-0.1036	0.4768	-0.1239	-0.137	0.3008	0.149	0.4276	-28.4492	-1.8226	25.6499
4	3.1319	-1.875	-2.8115	4.2671	-1.4326	5.5999	-0.5275	0.7486	0.0139	-0.4776	-0.4939	-0.7685	-0.3227	1.2503	0.9428	0.6652	-0.2615	-0.1734	0.634	0.2497	0.6029	-14.9622	0.1358	28.898
5	3.9266	0.8932	-0.6714	3.6805	1.1788	4.0947	-0.1562	0.2046	-0.0159	-0.2505	-0.0674	0.5189	-0.121	-0.6333	0.1654	0.2675	-0.0367	-0.105	0.326	0.0663	0.446	-45.7049	-17.6579	43.5691
6	7.0123	-5.5235	0.0831	4.5145	0.1069	0.7902	0.1661	-0.0646	-0.6204	0.0287	-0.0841	0.9872	0.3921	-0.3309	-0.0631	0.6114	-0.0909	0.125	0.446	-0.0566	0.8031	-38.7793	-35.5299	47.1948
7	3.573	2.8605	2.422	3.7522	-1.1158	8.0596	0.15	0.4507	-0.1756	-0.3806	0.0223	0.4442	0.0363	-0.1582	-0.2005	0.4096	0.0243	0.0005	0.1607	-0.0238	0.2853	-29.0509	-38.1855	44.968
8	5.8292	-3.0064	-1.1225	7.7203	1.6849	9.0867	0.0537	-0.5123	-0.039	0.8602	0.0713	-0.2339	-0.3903	0.1645	-0.2167	0.368	-0.0782	-0.04	0.201	0.0094	0.2623	-15.6304	-11.6502	71.3724
9	3.3067	-1.3581	1.7612	2.2064	-1.5978	4.2773	-0.0293	0.0146	-0.017	0.296	-0.0456	-0.2832	-0.0413	0.1324	0.0318	0.2241	-0.053	0.0051	0.1507	-0.0102	0.221	-19.6007	-19.7617	62.4668
10	4.2569	3.3233	-1.7268	5.3375	-1.9012	6.2228	-0.0722	0.2529	0.5289	-0.2751	-0.0839	-0.4543	-0.3767	0.3944	0.0946	0.3072	-0.0749	0.0012	0.1703	0.0339	0.3736	-16.5376	0.6703	49.2028
11	3.5021	-0.2708	-0.1219	4.1004	2.2418	6.1106	0.0683	-0.0768	0.4732	0.5049	0.0281	-0.7166	-0.0693	0.3202	-0.0929	0.37	-0.0467	-0.0695	0.1716	0.0253	0.39	-15.2327	-1.4925	60.9834
12	8.5318	5.3924	-4.3996	8.6543	-4.3227	4.2228	-0.3535	0.327	-0.1895	-0.8547	-0.0332	-0.3983	0.2989	0.4385	0.3905	0.4447	-0.0819	0.0514	0.2766	0.0715	0.2385	-20.8092	-10.5178	34.3502
13	1.4993	1.5659	1.0862	3.0202	0.1759	1.8613	-0.0876	0.9245	0.0972	-1.4677	-0.0751	-0.114	1.0188	0.5288	0.4958	1.3354	-0.2015	-0.0319	0.6146	0.2254	0.341	-21.5238	-10.6532	24.5713
14	1.2085	-1.2593	0.4192	1.5891	-0.1714	0.3992	-0.1604	1.8649	-1.1352	-1.2841	-0.484	1.0491	1.7587	-1.8459	0.5813	0.8507	-0.0866	-0.2278	0.6137	-0.2155	0.5328	-31.8733	-16.4298	28.5653
15	2.4337	1.0827	-1.3627	3.9613	-2.7828	5.4109	0.0752	0.0575	0.5201	-0.1941	0.0566	0.0956	-0.2841	0.2252	-0.1224	0.3178	-0.0764	-0.0166	0.2043	0.0483	0.2848	-22.1576	-2.8333	39.6932
16	4.6288	-5.9234	1.5582	7.6024	-1.832	3.4836	0.0074	-0.2596	-0.6106	-0.1004	0.0452	0.4495	0.2766	-0.1106	-0.0515	0.2247	-0.0542	0.0222	0.136	0.0353	0.1883	-21.986	-24.9263	52.4307
17	4.5735	-2.92	2.799	3.103	-1.1922	6.7217	-0.1228	0.2779	0.1803	-0.4376	-0.089	-0.2687	0.1517	0.4674	0.1873	0.3039	-0.0097	0.0641	0.1665	0.0497	0.2075	-19.6637	-19.898	44.6846
18	3.3459	0.6884	3.3268	0.1451	0.7803	5.9882	-0.0238	1.0518	0.3137	-0.8361	-0.5143	-1.1969	0.1546	1.4507	0.6435	0.5621	0.0416	0.2518	0.5184	0.0844	0.4392	-14.1711	-21.1851	36.2933
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 31 through 72 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 73 through 92 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 93 through 128 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 2 through 15 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 16 through 25 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 26 through 30 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 31 through 72 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 73 through 86 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 87 through 111 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 112 through 117 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 118 through 128 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid -1 through 44 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 45 through 49 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 50 through 62 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 1 through 44 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 45 through 49 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'H' and (resid 50 through 58 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'H' and (resid 59 through 70 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 2 through 65 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 66 through 104 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 105 through 128 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 2 through 14 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 15 through 25 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 26 through 72 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 73 through 86 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 87 through 104 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 105 through 111 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 112 through 128 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'I' and (resid -1 through 44 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'I' and (resid 45 through 49 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'I' and (resid 50 through 58 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'I' and (resid 59 through 66 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resid 1 through 44 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resid 45 through 49 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'L' and (resid 50 through 58 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'L' and (resid 59 through 70 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'K' and (resid 2 through 17 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'K' and (resid 18 through 30 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'K' and (resid 31 through 45 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'K' and (resid 46 through 53 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'K' and (resid 54 through 65 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'K' and (resid 66 through 92 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'K' and (resid 93 through 105 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'K' and (resid 106 through 128 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 2 through 15 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 16 through 31 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 32 through 72 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 73 through 85 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'J' and (resid 86 through 117 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'J' and (resid 118 through 128 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'D' and (resid 58 through 72)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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