PDB-5l6j: Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l6j

タイトル

Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct

要素

Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
Ubiquitin-activating enzyme E1 1

キーワード

LIGASE / E1 enzyme / ubiquitin activation / Uba1 inhibitor / adenosyl sulfamate

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...
類似検索 - 分子機能

Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain ...Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Zinc-binding ribosomal protein / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Misra, M. / Schindelin, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Dissecting the Specificity of Adenosyl Sulfamate Inhibitors Targeting the Ubiquitin-Activating Enzyme.
著者: Misra, M. / Kuhn, M. / Lobel, M. / An, H. / Statsyuk, A.V. / Sotriffer, C. / Schindelin, H.

履歴

登録	2016年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Advisory / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_PDB_obs_spr Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.5	2025年1月29日	Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l6j.cif.gz	877.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l6j.ent.gz	725.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l6hC 5l6iC 4nnjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o82-1 4ii3-1 6o82-2 6zqh-2 6zqh-1 6dc6-2 4ii3-2 5l6i-1 3cmm-1 6dc6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (16) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (7) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (16)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (7)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (4)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

ヘテロ分子

249 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.476, 193.920, 230.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	12 - 1024	12 - 1024
2	1	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	12 - 1024	12 - 1024
1	2	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 76	1 - 76
2	2	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 76	1 - 76

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 分子量: 114393.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: UBA1, YKL210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22515, E1 ubiquitin-activating enzyme
#2: タンパク質	Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 分子量: 8568.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05759

-
非ポリマー , 5種, 689分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-61T / [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate / MLN7243 分子量: 519.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀F₃N₅O₅S₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→20 Å / Num. obs: 91638 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.992 / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	最高解像度: 2.68 Å / R_merge(I) obs: 0.887

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NNJ

4nnj

解像度: 2.68→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 22.694 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.51 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22398	4499	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17117	-	-	-
obs	0.17375	86846	98.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.723 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.93 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17066	0	183	664	17913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	17597
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	16787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.973	1.978	23791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.068	3	38817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.474	5	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.58	25.368	829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.736	15	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.104	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	19784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.491	2.637	8645
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.49	2.637	8643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.511	3.952	10799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.508	3.952	10797
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.884	2.855	8952
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.884	2.855	8952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.152	4.189	12990
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.503	49.801	73099
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.486	49.731	72838
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	65486	0.08
1	2	C	65486	0.08
2	1	B	4462	0.1
2	2	D	4462	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.678→2.746 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	297	-
R_work	0.305	6128	-
obs	-	-	97.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4047	0.3782	0.1547	1.5156	-0.0055	0.8582	-0.0311	-0.0024	-0.0069	-0.1199	-0.0293	0.3875	0.0454	-0.2176	0.0605	0.1871	0.0151	-0.0299	0.0774	-0.0272	0.1137	-20.6002	28.0462	-42.2672
2	3.9341	2.8025	1.3044	6.3647	1.7738	2.5306	-0.0841	0.1812	0.0868	-0.0772	0.0805	-0.177	-0.1873	0.3024	0.0036	0.1053	0.0362	0.0223	0.0954	0.0334	0.0261	3.0419	57.3441	-41.955
3	0.7731	-0.1996	0.1135	1.5699	0.5413	1.0071	0.0131	-0.0577	-0.2236	0.1044	0.0108	0.0559	0.1713	0.0237	-0.0239	0.1436	0.0038	0.0053	0.0468	0.0264	0.0674	-8.1425	18.5592	-31.4818
4	1.3486	0.7273	-1.46	3.3546	-1.3688	4.8559	-0.0906	-0.5801	-0.0031	0.3351	-0.0781	-0.2893	-0.2787	0.4247	0.1687	0.2919	0.0786	0.0039	0.2771	-0.0333	0.0695	-10.6514	62.2718	-4.7208
5	0.4202	-0.4	0.1403	1.141	0.6332	0.9832	-0.0104	-0.0581	-0.1195	0.0859	-0.0021	0.139	0.0184	-0.0164	0.0126	0.166	-0.0022	0.0263	0.0409	0.0284	0.044	-5.3165	33.2143	-22.2172
6	2.0692	0.8842	1.7824	1.6115	-0.5099	4.9353	0.0614	-0.343	0.2289	0.4748	0.2484	0.1639	-0.2925	-0.5349	-0.3099	0.494	0.1799	-0.0038	0.2546	0.016	0.2096	17.9771	15.2132	3.1126
7	4.9564	0.2868	0.8565	7.3661	-0.0395	2.5418	0.0943	0.3247	-0.0104	-0.311	-0.0847	-0.8888	-0.0186	0.4851	-0.0095	0.177	0.0236	0.0188	0.1769	0.0339	0.1872	15.2791	32.0422	-37.4975
8	4.481	2.6232	-2.9625	1.8334	-2.9502	6.9421	-0.1603	0.0481	0.0023	-0.1154	-0.0633	-0.0611	0.2355	0.3499	0.2235	0.2488	0.0699	-0.0101	0.0471	0.0234	0.0828	3.3976	31.1429	-30.9898
9	2.2635	-0.1024	-0.0944	1.0505	0.0941	2.0551	-0.0435	-0.1845	-0.0867	0.1913	0.1096	0.1968	0.1458	-0.0904	-0.0661	0.1333	0.0268	0.0264	0.0321	0.0298	0.0427	-36.3456	64.7649	-39.6834
10	4.3466	-1.5254	-3.0121	3.7465	1.3153	3.881	0.1409	0.1396	-0.0458	-0.4636	0.0364	-0.4599	0.0315	0.6115	-0.1773	0.1923	0.0391	0.0175	0.3109	-0.0451	0.1363	-3.0611	52.4306	-60.0796
11	1.2859	-0.4526	0.3539	1.5682	0.014	1.689	-0.0508	0.0423	0.1683	-0.0513	0.0575	0.0306	-0.3307	-0.045	-0.0067	0.1469	0.0327	0.0301	0.0477	0.0372	0.048	-36.4464	79.3882	-50.9789
12	0.0727	-0.211	0.0664	3.4348	0.3586	0.1778	0.1148	0.1421	0.0273	-0.8074	-0.0808	-0.3061	0.0102	0.1882	-0.034	0.3661	0.108	0.0498	0.341	0.0479	0.0694	-28.5213	64.5077	-74.973
13	3.6224	-0.856	1.8173	1.9349	0.1541	2.4014	0.0895	0.6863	-0.0638	-0.4676	-0.0052	-0.0917	0.3371	0.2167	-0.0844	0.4642	0.0609	-0.0728	0.282	-0.0763	0.0992	-29.0141	34.2638	-83.1508
14	0.5639	0.1501	0.2506	0.1365	-0.0119	1.4638	0.0724	0.1735	0.016	-0.0075	-0.0057	-0.0732	-0.2185	0.0663	-0.0667	0.147	0.0164	0.0523	0.1174	0.0503	0.0768	-27.9811	73.0935	-65.2415
15	3.2291	-0.044	-0.0289	1.5797	-0.5206	4.664	0.0621	0.112	-0.2418	-0.1582	-0.0236	0.2112	0.2388	-0.6114	-0.0385	0.3426	0.0427	0.0365	0.2464	0.0767	0.1438	-38.5321	88.0576	-98.3073
16	5.7675	-2.1455	-0.6234	6.2997	0.3246	5.105	0.1076	0.321	0.5722	-0.1301	-0.0277	-0.8592	-0.3975	0.405	-0.0799	0.254	-0.0306	0.0868	0.2797	0.0798	0.2343	-9.0578	77.9763	-66.7705
17	6.8393	1.5543	1.4295	2.3323	-0.2532	0.8072	0.0935	-0.0299	-0.6159	-0.6793	0.0578	-0.6974	-0.043	0.0327	-0.1513	0.4773	-0.0665	0.3209	0.085	-0.036	0.3137	-20.9279	71.3965	-65.3625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	198 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	265 - 624
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	625 - 810
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	811 - 925
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	926 - 1024
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 65
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	66 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	11 - 166
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	167 - 264
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	265 - 545
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	546 - 624
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	625 - 844
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	845 - 925
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	926 - 1024
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 65
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	66 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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