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Yorodumi- PDB-4nnj: Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nnj | ||||||
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Title | Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioesterified ubiquitin | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / ubiquitin activating enzyme (E1) / Uba1 / ubiquitin / acyladenylate / ubiquitin thioester / Ubiquitin activation / AMP / thioesterified Ub | ||||||
Function / homology | Function and homology information E1 ubiquitin-activating enzyme / Neddylation / ubiquitin activating enzyme activity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding ...E1 ubiquitin-activating enzyme / Neddylation / ubiquitin activating enzyme activity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Schaefer, A. / Schindelin, H. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2014 Title: Structure of the ubiquitin-activating enzyme loaded with two ubiquitin molecules. Authors: Schafer, A. / Kuhn, M. / Schindelin, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nnj.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nnj.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nnj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/4nnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/4nnj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3cmmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 5 molecules ACBDE
#1: Protein | Mass: 116304.914 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 9-1024 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: UBA1, YKL210W / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)RIL / References: UniProt: P22515 #2: Protein | Mass: 8798.001 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 1-76 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: SCD2, UBI4, YLL039C / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)RIL / References: UniProt: P0CG63 |
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-Non-polymers , 4 types, 1055 molecules
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM lithium sulfate and 100mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.873 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2012 |
Radiation | Monochromator: horizontally diffracting monochromator Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→90 Å / Num. obs: 128882 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 40.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.01124 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 17394 / % possible all: 93.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3CMM Resolution: 2.4→48.647 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / Phase error: 21.23 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a free: 0.29 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.647 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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