PDB-4nnj: Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nnj

タイトル

Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioesterified ubiquitin

要素

Uba1
Ubiquitin-activating enzyme E1 1

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / ubiquitin activating enzyme (E1) /

Uba1 /

ubiquitin (ユビキチン) / acyladenylate / ubiquitin thioester / Ubiquitin activation / AMP / thioesterified Ub

機能・相同性

機能・相同性情報

ユビキチン活性化酵素 /

Neddylation / ubiquitin activating enzyme activity / modification-dependent protein catabolic process /

protein tag activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / DNA damage response /

ubiquitin protein ligase binding /

ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Schaefer, A. / Schindelin, H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the ubiquitin-activating enzyme loaded with two ubiquitin molecules.
著者: Schafer, A. / Kuhn, M. / Schindelin, H.

履歴

登録	2013年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nnj.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nnj.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nnj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/4nnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/4nnj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cmmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l6h-d 5l6i-d 5l6j-d 3cmm-d 6zqh-d 5tr4-d 8435 7335 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (6) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (6)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (3)
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イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
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グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

B: Uba1

C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

D: Uba1

E: Uba1

ヘテロ分子

263 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.040, 195.651, 230.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 分子量: 116304.914 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-1024 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBA1, YKL210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P22515
#2: タンパク質	Uba1 / / Ubiquitin 分子量: 8798.001 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-76 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SCD2, UBI4, YLL039C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P0CG63

-
非ポリマー , 4種, 1055分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM lithium sulfate and 100mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日
放射	モノクロメーター: horizontally diffracting monochromator Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→90 Å / Num. obs: 128882 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 40.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.01124 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 17394 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
EDNA		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CMM

3cmm

解像度: 2.4→48.647 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.23 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2012	1430	1.11 %	random
R_work	0.1636	-	-	-
all	0.1641	130301	-	-
obs	0.1641	128871	98.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.5 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.647 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17708	0	240	1020	18968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	18322
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.352	24738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.054	6869
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	2757
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3211

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4436	0.3139	0.3114	11386	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4436-2.4906	0.3281	0.2989	11945	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4906-2.5415	0.308	0.291	12279	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5415-2.5967	0.2806	0.2719	12710	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5967-2.6571	0.278	0.2456	12842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6571-2.7236	0.2669	0.2275	13056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7236-2.7972	0.2811	0.2094	12950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7972-2.8795	0.2573	0.1986	12981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8795-2.9724	0.2102	0.1922	12944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9724-3.0787	0.2828	0.1884	12965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0787-3.2019	0.2125	0.1794	12991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2019-3.3476	0.2322	0.1664	12917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3476-3.524	0.2357	0.1561	12914	X-RAY DIFFRACTION	100
3.524-3.7448	0.199	0.1422	12883	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7448-4.0338	0.1438	0.1269	12921	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0338-4.4395	0.1427	0.1095	12781	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4395-5.0813	0.1397	0.1062	12767	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0813-6.3996	0.1463	0.1407	12873	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3996-48.6569	0.1756	0.1442	12871	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0349	-0.2828	0.1386	1.4355	0.1379	1.5071	-0.0143	-0.0765	-0.0935	-0.1519	0.0584	0.3663	0.046	-0.3064	-0.0326	0.2124	-0.0135	-0.057	0.3146	0.0384	0.4024	-24.8456	24.4568	-42.4785
2	0.4293	0.9101	0.3596	4.3416	0.8885	1.0137	-0.0401	0.0634	-0.0063	-0.1947	0.0446	-0.1992	-0.1444	0.1853	0.0267	0.2285	-0.0001	0.0114	0.3893	0.0266	0.3095	-0.4293	44.0596	-45.9013
3	0.6597	-0.0304	0.2396	0.9285	0.2052	0.8689	0.0177	-0.1179	-0.2051	0.1247	0.0606	0.0904	0.1953	-0.0309	-0.0857	0.2547	0.0377	0.0088	0.3117	0.0501	0.3322	-8.633	18.6776	-28.3216
4	1.3467	0.5843	-0.6685	1.9567	-0.5841	3.1311	0.0037	-0.5232	0.0309	0.2326	-0.0769	-0.1684	-0.3541	0.2814	0.0853	0.438	0.0665	0.0033	0.4621	-0.0353	0.2811	-10.477	62.5795	-4.647
5	0.1389	-0.088	0.0379	0.6669	0.1578	0.9037	-0.0405	-0.1185	-0.0776	0.1882	0.0726	0.0405	0.0124	0.0317	-0.0164	0.1971	0.0014	0.0101	0.3033	0.0088	0.2446	-5.5032	33.5398	-22.5825
6	2.2174	0.2203	2.2284	1.4759	-0.8463	4.3537	-0.0089	-0.2814	-0.0229	0.3328	0.3125	0.2806	-0.4064	-0.5104	-0.2719	0.5022	0.1841	0.0129	0.4383	0.0315	0.3891	17.9699	15.0964	2.7543
7	3.0628	0.2888	-2.5753	0.0254	-0.2388	2.1736	0.2036	0.9691	-0.2683	-0.5181	-0.0929	-0.5665	-0.3518	0.3359	-0.0109	0.3986	0.0469	0.193	0.7265	0.0317	0.5695	17.2834	34.2124	-45.9338
8	2.011	-4.1952	0.2454	6.2279	0.7549	4.4825	-0.1464	0.5837	0.2967	-0.419	-0.1217	-1.0579	-0.4921	1.0064	0.0304	0.2866	-0.0236	0.029	0.5525	0.0341	0.5572	14.2463	35.7998	-40.9683
9	6.4226	-3.8976	0.3606	4.2218	1.056	5.711	0.227	-0.1639	0.1989	0.2961	-0.3395	-1.0081	-0.4027	0.808	0.075	0.2647	-0.0701	-0.1129	0.4847	0.0252	0.6515	16.6446	37.2737	-32.0398
10	6.283	3.3455	1.2566	7.0738	2.6014	6.9518	0.1191	0.3698	-0.3448	0.2538	-0.3392	-0.8058	0.0725	0.4005	0.2148	0.1842	0.0199	-0.0399	0.4748	0.09	0.3816	10.6078	25.9234	-34.6972
11	4.033	2.0448	-4.1388	4.6086	-3.243	4.9805	0.0647	-0.2921	-1.1494	0.0057	-0.0914	-0.7388	0.7363	0.9375	0.245	0.3418	0.252	-0.0391	0.6682	0.0946	0.9336	20.7866	23.9589	-34.9318
12	0.9698	2.2883	-1.7504	5.8979	-5.0184	4.7054	-0.1982	1.5472	0.1575	-1.6969	-0.0034	-1.4714	0.5432	0.8186	0.1095	0.5148	-0.0595	0.1363	0.7216	-0.005	0.5418	15.1281	28.1714	-46.2117
13	3.6815	3.2283	-2.7749	2.8901	-2.3934	2.1515	0.2446	-0.6993	0.977	0.3746	-0.0811	0.1099	-0.3827	0.005	-0.4926	0.2888	0.0892	-0.0518	0.3788	-0.0373	0.2733	-0.3001	31.2781	-26.6934
14	0.7997	-0.2608	0.0082	0.9214	-0.1111	0.9813	-0.1055	-0.0972	0.0099	0.0576	0.1538	0.0934	-0.1534	-0.0506	-0.056	0.3038	0.0203	-0.004	0.2618	0.0444	0.2543	-30.1831	70.7943	-49.611
15	0.428	-0.0513	0.145	1.2385	0.3975	0.7336	0.0658	0.1842	-0.1048	-0.3034	0.077	-0.036	0.0391	-0.0178	-0.1558	0.3518	-0.0142	-0.0356	0.3811	0.0126	0.2637	-29.3808	47.4191	-77.67
16	1.0902	-0.2477	0.5702	1.2986	-1.3219	5.5824	0.0668	0.1196	-0.1176	0.0514	0.1191	0.1882	-0.0284	-0.4638	-0.1515	0.3654	0.0203	0.0532	0.4065	0.0785	0.3883	-36.1009	89.829	-95.8506
17	5.1232	3.7012	-3.7628	5.1285	-2.5788	3.7613	0.1599	-0.9368	1.3412	0.7437	-0.0054	-0.4432	-0.5655	0.7931	0.0013	0.3784	-0.0979	-0.0907	0.6156	-0.1253	0.7693	-3.5882	77.1094	-61.0941
18	5.9818	-4.1692	3.2057	4.815	0.3467	6.52	-0.2944	-0.545	0.235	0.4266	0.287	-0.2969	0.6119	0.1597	0.0015	0.3838	0.0417	0.0304	0.4358	0.004	0.3193	-9.0534	69.5788	-61.7712
19	3.1208	1.4554	-1.2394	0.6937	-0.6908	1.3184	-0.2599	0.4375	-0.2602	0.0962	-0.2314	-1.6329	-0.9342	1.2007	0.5183	0.5304	-0.1735	0.1282	0.4755	0.2055	1.2148	-0.1555	84.5112	-68.8825
20	2.7456	1.7351	2.4811	3.0762	-1.4914	7.0247	0.3655	0.8245	0.7519	-1.0907	0.3442	-1.1687	-0.651	0.8488	-0.4015	0.5029	-0.0511	0.2462	0.5795	0.0586	0.5667	-6.3724	75.1799	-72.8721
21	5.6368	1.7059	-1.1966	6.9759	0.4524	3.4244	0.1916	0.6416	0.4349	-0.7929	-0.3246	-0.1898	-0.4671	-0.1222	0.0451	0.4238	-0.0532	0.0643	0.4091	0.1098	0.3201	-14.9166	79.4044	-70.2825
22	3.4826	-3.2809	3.5419	3.3485	-2.2874	7.7793	-0.4104	-0.2738	1.795	0.3346	0.0594	-1.174	-1.3523	1.2152	0.506	0.5839	-0.1724	0.0022	0.565	-0.0823	0.9013	-6.0582	86.4619	-62.3757
23	5.7207	1.0929	-3.5614	3.1991	-2.3098	4.5053	0.1042	0.3938	-0.3849	-0.2035	0.1764	-0.1952	0.1329	0.1064	-0.247	0.3582	0.0152	-0.0175	0.1596	0.0258	0.2735	-22.0573	71.0211	-65.6991
24	4.7142	5.5515	-4.4969	6.5359	-5.2795	4.6676	-0.8104	-0.0198	-0.6933	-0.0758	0.6848	-0.8848	0.6767	-0.0649	0.1309	0.5844	-0.0587	0.1912	0.8027	-0.2833	1.0703	11.3895	52.6548	-80.5777
25	1.3655	0.9832	0.4776	7.6787	-4.9866	4.2432	-0.2573	0.924	-0.7214	-1.3354	0.6139	-2.0948	0.1525	0.9548	-0.1368	0.7604	-0.2986	0.2856	0.9007	-0.4881	0.8493	14.3002	53.0473	-84.8933
26	3.4964	4.179	0.2182	6.9126	2.1169	1.8119	0.0496	0.9515	0.0692	-1.4436	0.7916	-1.3085	0.5279	1.8023	-0.8803	0.7269	-0.2661	0.1808	0.8681	-0.2301	0.9198	19.0258	66.1099	-83.7608
27	5.4277	-1.1999	1.1603	5.644	2.6816	1.8551	0.2157	1.1806	0.2608	-1.7986	0.1014	-0.0538	0.0451	0.2806	-0.5105	1.0842	-0.3205	0.0832	1.1908	-0.0109	0.4413	9.6483	60.6621	-89.12
28	4.4843	-4.1078	-2.7447	7.8255	2.6176	5.7916	0.4517	0.84	-0.1235	-1.3786	-0.4572	1.4616	0.3493	-1.7276	0.1861	0.8933	-0.3452	-0.0907	1.181	-0.0403	0.8826	1.5933	59.8764	-87.0373
29	9.696	5.4443	-1.3115	8.5478	-3.0491	4.4365	0.1803	-0.119	0.9745	1.5575	-0.3802	1.195	-0.051	-0.47	0.2316	0.7653	-0.0482	0.0958	0.5714	0.005	0.5938	7.1761	66.6286	-76.887
30	3.0299	4.9002	-0.3168	8.7195	1.4924	9.0572	-0.1863	0.7941	-0.7942	0.0719	0.6491	-1.4848	0.1481	0.5749	-0.1447	0.5238	-0.0368	0.0948	0.6342	-0.0224	0.6647	16.7643	62.9285	-75.1492
31	2.8054	-1.5243	-4.0077	2.1386	2.0736	5.7345	-0.4624	1.2055	-1.0082	-0.224	0.4387	0.3581	0.0904	-0.5025	0.0625	0.5102	-0.0212	0.2128	0.8834	-0.0271	0.7495	6.0592	55.8815	-78.1204
32	5.7463	2.808	-2.8356	6.2105	-4.798	3.9121	-0.6741	0.8234	0.626	-0.9239	0.3053	2.8351	-0.1798	-0.3862	0.1843	0.974	-0.1742	-0.0085	1.4269	0.2733	2.0101	-8.0301	57.5267	-84.4906

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 11:166 )	A	11 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 167:306 )	A	167 - 306
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 307:624 )	A	307 - 624
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 625:811 )	A	625 - 811
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 812:925 )	A	812 - 925
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 926:1024 )	A	926 - 1024
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID -1:6 )	B	-1 - 6
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 7:22 )	B	7 - 22
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 23:40 )	B	23 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 41:50 )	B	41 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 51:59 )	B	51 - 59
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 60:68 )	B	60 - 68
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND ( RESID 69:76 OR RESID 101:101 ) )	B	69 - 76
14	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND ( RESID 69:76 OR RESID 101:101 ) )	B	101
15	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 11:545 )	C	11 - 545
16	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 546:909 )	C	546 - 909
17	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 910:1024 )	C	910 - 1024
18	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 0:7 )	D	0 - 7
19	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 8:16 )	D	8 - 16
20	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 17:22 )	D	17 - 22
21	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 23:34 )	D	23 - 34
22	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 35:55 )	D	35 - 55
23	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 56:65 )	D	56 - 65
24	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND ( RESID 66:76 OR RESID 101:101 ) )	D	66 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND ( RESID 66:76 OR RESID 101:101 ) )	D	101
26	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN E AND RESID 0:11 )	E	0 - 11
27	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN E AND RESID 12:17 )	E	12 - 17
28	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN E AND RESID 18:22 )	E	18 - 22
29	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN E AND RESID 23:34 )	E	23 - 34
30	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN E AND RESID 35:44 )	E	35 - 44
31	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN E AND RESID 45:56 )	E	45 - 56
32	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN E AND RESID 57:65 )	E	57 - 65
33	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN E AND RESID 66:71 )	E	66 - 71
34	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN E AND RESID 72:76 )	E	72 - 76

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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