PDB-5l6i: Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l6i

タイトル

Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct

要素

Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
Ubiquitin-activating enzyme E1 1

キーワード

LIGASE / E1 enzyme / ubiquitin activation / Uba1 inhibitor / adenosyl sulfamate

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...
類似検索 - 分子機能

Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain ...Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Zinc-binding ribosomal protein / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Misra, M. / Schindelin, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Dissecting the Specificity of Adenosyl Sulfamate Inhibitors Targeting the Ubiquitin-Activating Enzyme.
著者: Misra, M. / Kuhn, M. / Lobel, M. / An, H. / Statsyuk, A.V. / Sotriffer, C. / Schindelin, H.

履歴

登録	2016年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5l6i.ent.gz	745.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5l6i_validation.pdf.gz	1011.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l6i_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5l6i_validation.xml.gz	79.9 KB	表示
CIF形式データ	5l6i_validation.cif.gz	112.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/5l6i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5l6hC 5l6jC 4nnjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dc6-1 6o82-1 3cmm-1 5l6j-2 4ii3-1 6zqh-1 3cmm-2 6zqh-2 4ii3-2 6o82-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (16) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (7) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (16)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (7)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (4)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

E: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

ヘテロ分子

258 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

E: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.500, 191.890, 230.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D
1	3	B
2	3	E
1	4	D
2	4	E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	11 - 1024	11 - 1024
2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	11 - 1024	11 - 1024
1	2	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 76	1 - 76
2	2	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 76	1 - 76
1	3	MET	MET	ARG	ARG	B	B	1 - 72	1 - 72
2	3	MET	MET	ARG	ARG	E	E	1 - 72	1 - 72
1	4	MET	MET	ARG	ARG	D	D	1 - 72	1 - 72
2	4	MET	MET	ARG	ARG	E	E	1 - 72	1 - 72

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
タンパク質 , 2種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 分子量: 114409.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBA1, YKL210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22515, E1 ubiquitin-activating enzyme
#2: タンパク質	Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 分子量: 8568.769 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05759

-
非ポリマー , 5種, 489分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-B39 / [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate 分子量: 443.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₅N₅O₄S
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.76→20 Å / Num. obs: 82916 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.6 % / R_sym value: 0.133 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	最高解像度: 2.76 Å / R_sym value: 0.828

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NNJ

4nnj

解像度: 2.76→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 25.207 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.918 / ESU R Free: 0.299 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21966	4093	5 %	RANDOM
R_work	0.17421	-	-	-
obs	0.17643	78520	99.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.743 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.76→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17657	0	184	453	18294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	18193
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	17400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	1.978	24584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.203	3	40236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.421	5	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.424	25.409	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.232	15	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.373	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	20459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.147	2.82	8947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.147	2.82	8946
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2	4.226	11173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2	4.226	11174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.371	2.975	9246
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.37	2.975	9246
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.289	4.391	13409
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.915	21.66	19475
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.893	21.619	19408
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	126108	0.07
1	2	C	126108	0.07
2	1	B	9352	0.07
2	2	D	9352	0.07
3	1	B	8754	0.11
3	2	E	8754	0.11
4	1	D	8672	0.12
4	2	E	8672	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.763→2.833 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	284	-
R_work	0.299	5315	-
obs	-	-	94.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.079	0.2846	0.0395	1.5682	-0.0422	0.9655	-0.0164	0.0206	0.0258	-0.1209	-0.0438	0.438	0.0887	-0.2674	0.0602	0.0989	0.0059	-0.0376	0.1788	-0.0267	0.1333	-20.777	27.9977	-41.8283
2	4.6877	2.7677	1.2166	6.9409	1.3332	2.8568	-0.0534	0.1039	-0.0035	-0.0748	0.0843	-0.3564	-0.2372	0.1817	-0.0309	0.0458	0.0283	0.0218	0.1134	0.0456	0.045	3.1653	57.0565	-41.8225
3	0.7458	-0.1134	0.1246	1.5776	0.3337	1.0048	-0.0041	0.0141	-0.2091	0.0206	0.0038	0.0487	0.1908	0.0434	0.0002	0.0523	-0.0039	0.0095	0.1115	0.0132	0.0759	-8.1584	18.4237	-31.0587
4	1.0747	0.446	-1.5125	3.0513	-1.2024	4.8345	-0.0122	-0.5231	0.0374	0.369	-0.1009	-0.2767	-0.3548	0.3835	0.1132	0.2693	0.0501	-0.0093	0.3019	-0.0421	0.0961	-10.4177	62.3362	-4.5813
5	0.2	-0.1056	0.2792	0.9146	0.3739	0.7755	-0.019	-0.0303	-0.0789	0.1214	0.0045	0.1839	0.036	-0.0401	0.0145	0.0916	0.0056	0.0431	0.1057	0.0238	0.0701	-5.3194	33.1862	-21.93
6	2.5573	0.3022	1.4172	1.4718	-0.1059	4.5711	-0.0468	-0.4123	0.2346	0.4245	0.1888	0.127	-0.4159	-0.4094	-0.142	0.3956	0.1304	-0.0031	0.1793	0.0217	0.1907	18.0114	15.2066	3.4424
7	3.8145	0.8495	0.123	7.5112	-0.5363	2.4607	-0.0295	0.2785	0.0184	-0.4506	0.0708	-0.8249	0.0653	0.3974	-0.0412	0.1245	0.0007	0.0161	0.2099	0.03	0.1787	15.2529	31.7746	-37.166
8	7.1054	2.9391	-5.4489	1.5929	-3.2107	10.957	0.0824	0.0077	0.2933	-0.0071	0.013	-0.0405	-0.2273	0.1971	-0.0955	0.1608	0.0223	-0.0279	0.0481	-0.0054	0.1618	3.3029	30.9354	-30.5605
9	1.8075	0.0615	0.3327	1.0645	-0.134	1.7133	-0.096	-0.251	-0.0485	0.2081	0.1477	0.209	0.1641	-0.1746	-0.0517	0.0873	0.043	0.0429	0.1476	0.0549	0.0469	-36.1473	64.5556	-39.4898
10	4.2614	-1.5887	-3.4795	4.3167	1.6463	4.1413	-0.0018	0.1383	-0.2145	-0.3454	-0.0161	-0.3805	0.1906	0.3799	0.0179	0.1087	0.0414	-0.0243	0.2408	-0.0011	0.1398	-3.1895	51.8299	-59.9526
11	1.1845	-0.5057	0.3888	1.6809	-0.2694	1.7921	-0.0966	-0.0186	0.1589	0.0856	0.118	0.0694	-0.3298	-0.0542	-0.0215	0.0777	0.0469	0.0213	0.1434	0.0641	0.0618	-36.1427	79.1335	-50.9371
12	0.1492	-0.2855	0.0317	3.0639	0.7759	0.2936	0.2132	0.1864	0.0501	-0.8476	-0.0983	-0.4609	-0.0852	0.0892	-0.1149	0.4212	0.126	0.1037	0.3856	0.0732	0.0869	-28.4248	63.9473	-74.8438
13	3.6555	-1.1401	1.5334	2.1758	0.3293	1.8387	0.1445	0.6294	-0.1535	-0.4526	-0.0099	-0.046	0.2562	0.0457	-0.1345	0.4317	-0.0191	-0.0898	0.351	-0.0726	0.1472	-29.6471	33.4605	-82.5734
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15	3.7852	0.3438	-0.9589	2.0592	-0.719	5.5453	0.0891	0.1547	-0.1445	-0.1055	-0.0202	0.2435	0.383	-0.5441	-0.0688	0.1643	-0.0024	-0.032	0.2199	0.0938	0.1098	-38.4116	87.2579	-98.1705
16	5.3405	-2.3031	-0.4331	5.8358	-0.4483	3.971	0.1003	0.1018	0.5801	-0.2557	-0.0283	-0.8913	-0.3496	0.4662	-0.072	0.1582	-0.0268	0.0692	0.2925	0.0602	0.1896	-8.7853	77.4342	-66.614
17	8.7876	-0.8371	1.0388	0.4393	-0.8382	1.739	0.027	0.0177	-0.255	-0.0558	-0.0582	-0.0557	0.0453	0.0998	0.0312	0.1286	0.0125	0.0562	0.1367	0.0428	0.1454	-20.7594	70.9645	-65.2324
18	2.0695	3.1074	-0.5337	11.6235	0.7524	5.3254	-0.2553	0.3399	-0.2831	-0.5572	0.3606	0.3631	-0.0224	-0.1851	-0.1054	0.4715	-0.0235	0.0082	0.6152	-0.0279	0.5157	9.9063	58.8716	-81.6376
19	5.6582	-1.5438	-1.4596	6.3871	-0.1396	0.4416	0.0072	0.5439	-0.1938	-0.0274	-0.0141	0.649	-0.0821	-0.1412	0.0069	0.4434	0.026	-0.0033	0.3998	-0.0231	0.3542	2.6918	55.6887	-79.743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	198 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	265 - 624
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	625 - 810
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	811 - 925
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	926 - 1024
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 65
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	66 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	11 - 166
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	167 - 264
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	265 - 545
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	546 - 624
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	625 - 844
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	845 - 925
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	926 - 1024
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 65
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	66 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	1 - 65
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	66 - 72

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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