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万見
- PDB-5l4z: Crystal structure of enzyme in purine metabolism -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l4z
タイトルCrystal structure of enzyme in purine metabolism
要素Cytosolic purine 5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / enzyme / purine
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / dGMP catabolic process / : ...nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / dGMP catabolic process / : / amide catabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / : / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / IMP metabolic process / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / allantoin metabolic process / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytosolic purine 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Hnizda, A. / Pachl, P. / Rezacova, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation15-06582S チェコ
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2016
タイトル: Oligomeric interface modulation causes misregulation of purine 5 -nucleotidase in relapsed leukemia.
著者: Hnizda, A. / Skerlova, J. / Fabry, M. / Pachl, P. / Sinalova, M. / Vrzal, L. / Man, P. / Novak, P. / Rezacova, P. / Veverka, V.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,31514
ポリマ－64,1181
非ポリマー1,19713
水3,783210
1
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,26156
ポリマ－256,4724
非ポリマー4,78952
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area27170 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area73760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.323, 126.503, 130.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic purine 5'-nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase II


分子量: 64117.945 Da / 分子数: 1 / 変異: R238W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM MOPS/HEPES-Na containing 100 mM NaCl, 15 % glycerol and 10 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.839→48.305 Å / Num. obs: 65417 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.6 Å2 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.839→1.849 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rrim(I) all: 0.71 / % possible all: 99.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.438
最高解像度最低解像度
Rotation45.42 Å2.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J2C

2j2c


解像度: 1.84→45.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU R Cruickshank DPI: 0.0994 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.099
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2049 2101 3.2 %RANDOM
Rwork0.1768 ---
obs0.1777 63308 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.99 Å2 / Biso mean: 38.287 Å2 / Biso min: 14.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→45.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 78 211 4123
Biso mean--59.37 37.46 -
残基数----470
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.9685574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.56238984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2775505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72423.198197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.23915712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.571526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.021009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.00721919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9951.9991918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6012.9942406
LS精密化 シェル解像度: 1.839→1.887 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 153 -
Rwork0.337 4593 -
all-4746 -
obs--98.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.627510.4985-2.223210.23770.88573.689-0.29230.0518-0.8250.10220.0846-0.31110.522-0.06880.20780.5267-0.0119-0.01020.40150.08480.6965-4.645-37.717-31.15
216.608417.26847.701819.08355.228210.8982-0.17260.6157-1.5226-0.74730.7481-1.41681.2526-0.0758-0.57560.63630.047-0.09530.4799-0.22020.7919-11.494-46.87-22.854
31.80470.40540.21670.6346-0.07550.8-0.02330.06360.0483-0.10170.02-0.0070.08090.0350.00340.02870.00180.01160.0394-0.0140.02516.069-22.23-20.757
41.7362.0030.12992.9958-1.33378.33740.0486-0.1009-0.15980.1621-0.1453-0.16090.13360.43170.09680.08570.01370.01250.1371-0.00060.062219.544-20.751-6.537
54.94882.19120.56243.65510.00092.1499-0.08980.35850.333-0.04970.062-0.2603-0.15170.1770.02770.04150.00810.01380.0710.03580.101419.965-13.293-21.463
64.74242.37242.43862.3381.61362.0668-0.22930.23270.4241-0.16130.05360.2033-0.1382-0.03760.17570.04180.00460.00870.12660.04320.09734.932-12.903-28.318
71.44590.35730.49331.79590.82062.96590.01680.0071-0.0382-0.0260.00070.02140.0995-0.0045-0.01750.0311-0.0187-0.03330.0704-0.00550.0541-16.958-23.212-27.474
82.734-0.18871.30585.5858-0.72196.1711-0.14850.11230.0605-0.10920.04050.4939-0.3975-0.08850.10810.0941-0.0111-0.03690.0657-0.03730.1468-21.537-7.411-22.502
94.4169-0.3733-1.22911.71110.21862.4577-0.0276-0.12240.0627-0.00670.0242-0.0928-0.0018-0.00960.00350.048-0.0389-0.01630.08650.01040.0211-9.006-26.262-13.186
1013.0447-0.84757.43621.0066-2.470611.87990.3543-0.0921-0.12130.0382-0.1624-0.1990.96980.7528-0.19180.61130.17910.05270.39850.06830.833218.334-46.455-7.262
114.14450.98240.02081.8755-0.19691.94350.0716-0.1869-0.3884-0.1439-0.0602-0.22290.25610.1372-0.01130.10010.02910.00870.04330.01520.0572.386-35.205-13.831
124.18530.09786.82730.2335-0.238711.82870.43820.1386-0.2438-0.03680.0430.04330.81170.1806-0.48120.2031-0.0026-0.05020.1614-0.02150.2163-5.125-40.7224.824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2A20 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3A35 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4A126 - 151
5X-RAY DIFFRACTION5A152 - 191
6X-RAY DIFFRACTION6A192 - 227
7X-RAY DIFFRACTION7A228 - 297
8X-RAY DIFFRACTION8A298 - 333
9X-RAY DIFFRACTION9A334 - 383
10X-RAY DIFFRACTION10A384 - 422
11X-RAY DIFFRACTION11A423 - 477
12X-RAY DIFFRACTION12A478 - 488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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