PDB-5l45: polyketide ketoreductase SimC7 - apo crystal form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l45

タイトル

polyketide ketoreductase SimC7 - apo crystal form 2

要素

SimC7

キーワード

HYDROLASE / short-chain dehydrogenase/reductase / Ketoreductase / Simocyclinone / DNA gyrase inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces antibioticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schafer, M. / Stevenson, C.E.M. / Wilkinson, B. / Lawson, D.M. / Buttner, M.J.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/I002197/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/J004561/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	Doctoral Training Partnership	英国

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Substrate-Assisted Catalysis in Polyketide Reduction Proceeds via a Phenolate Intermediate.
著者: Schafer, M. / Stevenson, C.E. / Wilkinson, B. / Lawson, D.M. / Buttner, M.J.

履歴

登録	2016年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l45.cif.gz	222.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l45.ent.gz	178 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l45_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l45_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	5l45_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	5l45_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l3zSC 5l40C 5l4lC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l40-d 2vus-15 2wsu-4 5ol7-1 5zik-1 1ks9-d 5wvx-d 2xhz-3 2gas-1 4qyn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SimC7

B: SimC7

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SimC7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SimC7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.950, 64.840, 91.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.520, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	SimC7 分子量: 32277.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A twenty residue nickel affinity tag with sequence MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH was appended to the N-terminus of the native amino acid sequence being derived from the pET-15b vector construct named pET15b-NB-C7 由来: (組換発現) Streptomyces antibioticus (バクテリア) 遺伝子: simC7 / プラスミド: pET15b-NB-C7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: G9VYV4
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9173 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→54.88 Å / Num. obs: 47271 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 336053 / Scaling rejects: 1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.95	6.7	1.99	1	97.5
8.5-54.88	6.5	0.027	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L3Z

5l3z

解像度: 1.9→54.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 9.967 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.1495 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.138
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2291	2357	5 %	RANDOM
R_work	0.1946	-	-	-
obs	0.1963	44913	99.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.97 Å² / B_iso mean: 49.185 Å² / B_iso min: 20.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	2.86 Å²
2-	-	-1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→54.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4075	0	13	210	4298
B_iso mean	-	-	58.39	49.54	-
残基数	-	-	-	-	559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.971	5758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3	9339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.345	5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.648	22.099	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.676	15	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.16	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.185	3.172	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.185	3.171	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.864	4.75	2812

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	192	-
R_work	0.342	3237	-
all	-	3429	-
obs	-	-	97.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5254	-0.71	0.1627	4.5934	-3.2608	4.3244	0.0942	0.2347	0.0214	-0.2114	-0.1459	-0.3267	0.0884	0.2815	0.0517	0.0473	0.0494	0.0273	0.2352	0.0392	0.112	-14.4942	19.0586	3.9759
2	4.8903	-1.808	0.4219	1.4124	-0.3037	0.5952	-0.1174	-0.1165	0.5908	0.1496	0.0776	-0.0063	-0.3775	-0.1012	0.0398	0.2488	0.0572	0.0017	0.05	0.0233	0.2043	-20.512	24.5577	18.2468
3	1.4385	-0.0563	0.8953	1.162	0.2114	2.2933	0.0901	-0.0992	-0.0881	0.0771	0.0081	-0.2226	0.0022	0.1437	-0.0982	0.055	-0.0003	0.0457	0.0367	0.0293	0.16	-6.0621	17.1667	28.529
4	4.9251	-0.286	0.2765	4.0474	0.4396	4.7075	0.1387	-0.5412	0.0189	0.4391	-0.0729	0.4277	0.105	-0.3388	-0.0657	0.3613	0.0135	0.0708	0.2144	0.0223	0.2279	-3.6851	50.4042	36.2244
5	2.9016	-1.8044	0.3467	4.3449	-0.3864	0.9388	0.0821	0.1437	-0.2267	-0.1534	-0.0606	0.7658	0.0736	-0.2269	-0.0215	0.0735	-0.0606	0.0052	0.1282	0.0052	0.251	-4.7747	47.0844	20.8179
6	1.8515	-0.3586	-0.4402	3.1955	0.2585	1.234	0.0124	0.0696	-0.0773	0.0555	0.0485	-0.086	0.0349	-0.0633	-0.0609	0.005	-0.0141	-0.0031	0.1016	0.0101	0.0307	10.3525	39.0978	18.2688

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	74 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	144 - 279
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-1 - 56
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	57 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	151 - 279

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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