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- PDB-5l3x: Crystal structure of negative elongation factor subcomplex NELF-AC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l3x
タイトルCrystal structure of negative elongation factor subcomplex NELF-AC
要素
  • Negative elongation factor A
  • Negative elongation factor C/D
キーワードTRANSCRIPTION / repressor / transcription regulation / gene expression
機能・相同性
機能・相同性情報


NELF complex / positive regulation of protein modification process / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation ...NELF complex / positive regulation of protein modification process / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / molecular adaptor activity / nuclear body / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / TH1 protein / TH1 protein / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative elongation factor C/D / Negative elongation factor A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Poellmann, D. / Vos, S.M. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 860 ドイツ
European Research CouncilTRANSIT ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Architecture and RNA binding of the human negative elongation factor.
著者: Vos, S.M. / Pollmann, D. / Caizzi, L. / Hofmann, K.B. / Rombaut, P. / Zimniak, T. / Herzog, F. / Cramer, P.
履歴
登録2016年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Data collection
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Negative elongation factor A
B: Negative elongation factor C/D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0444
ポリマ－64,9732
非ポリマー712
水23413
1
A: Negative elongation factor A
B: Negative elongation factor C/D
ヘテロ分子

A: Negative elongation factor A
B: Negative elongation factor C/D
ヘテロ分子

A: Negative elongation factor A
B: Negative elongation factor C/D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,13212
ポリマ－194,9196
非ポリマー2136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area28260 Å2
ΔGint-265 kcal/mol
Surface area81490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.070, 185.070, 185.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Negative elongation factor A / NELF-A / Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 2 protein


分子量: 19479.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFA, WHSC2, P/OKcl.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9H3P2
#2: タンパク質 Negative elongation factor C/D / NELF-C/D / TH1-like protein


分子量: 45493.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFCD, NELFD, TH1, TH1L, HSPC130 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q8IXH7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.74 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14-14.5% (w/v) PEG 3350 200mM sodium malonate pH 6.8-7.0
PH範囲: 6.8-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月29日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→46.267 Å / Num. obs: 27492 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.8 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 40.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75→46.267 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1374 5 %
Rwork0.2369 --
obs0.2378 27492 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 216.69 Å2 / Biso mean: 109.036 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→46.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4436 0 2 13 4451
Biso mean--103.46 77.4 -
残基数----566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6626122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.981679
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7503-2.84860.43391370.406126072744
2.8486-2.96260.38171340.323425612695
2.9626-3.09740.31311370.296725992736
3.0974-3.26070.31691370.279225982735
3.2607-3.46490.32321360.270925792715
3.4649-3.73240.28441370.258526052742
3.7324-4.10780.26461380.234326242762
4.1078-4.70170.21371370.208226122749
4.7017-5.92160.21181390.220126282767
5.9216-46.2740.2421420.216727052847
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6772-0.3266-3.33780.02850.33484.74691.2457-0.61192.4616-0.3604-0.4052-0.2003-1.79081.78060.30261.95770.1651-0.61990.67390.16321.562539.874729.127370.8129
22.5025-0.9061-1.08331.2610.34431.15980.06220.40980.9377-0.7436-0.1763-0.8408-0.88340.54930.01311.3455-0.0059-0.21520.7830.29161.028841.185220.631261.2426
32.8279-1.77220.92652.88090.69281.9538-0.50820.3723-1.1999-1.7455-0.0641-0.29510.2377-0.1857-0.02441.18610.1386-0.30890.80430.11560.845927.81046.00757.6602
41.9972-9.3123-7.42348.42948.59692.0071-0.49470.8467-3.3840.4445-1.37791.28272.2442-0.9277-2.2991.19670.0839-0.26321.29890.1821.59816.33416.323658.313
50.4158-0.90640.30941.9751-0.82371.4521-0.3580.0180.18930.52750.36180.28040.0876-0.4415-0.00050.90380.1422-0.02710.5680.10790.873-5.172112.190655.6329
60.05980.11670.01590.0995-0.02540.0938-1.32280.5387-1.48460.6364-0.25050.7094-0.2608-1.45280.00161.47150.39250.11171.15450.13771.2646-22.496127.096862.2751
77.2249-0.8981.55773.2736-2.56742.7816-0.3239-0.36810.32520.31530.44330.1487-0.5358-0.2985-0.00111.01910.2517-0.2920.7237-0.03820.638419.753714.918365.0931
83.8769-0.4713-2.56366.67190.10675.8160.4615-0.14860.74160.78280.2327-0.4255-1.0330.4210.00950.94820.0429-0.1470.46960.04920.913.805331.339851.5599
92.15570.2597-0.14921.8107-0.96241.9326-0.1612-0.71390.03741.33730.01780.7091-0.3707-0.0892-0.00451.5370.18550.31520.81790.10820.9481-11.738313.850474.4631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 29 )A6 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 91 )A30 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 125 )A92 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 133 )A126 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 134 through 164 )A134 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 165 through 177 )A165 - 177
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 186 through 302 )B186 - 302
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 303 through 436 )B303 - 436
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 437 through 590 )B437 - 590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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