PDB-5l39: The structure of the fused permuted hexameric shell protein MSM02...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l39

タイトル

The structure of the fused permuted hexameric shell protein MSM0275 from the RMM microcompartment

要素

RMM microcompartment shell protein MSM0275

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / bacterial microcompartment / fused permuted hexameric shell protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Mallette, E. / Kimber, M.S.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: A Complete Structural Inventory of the Mycobacterial Microcompartment Shell Proteins Constrains Models of Global Architecture and Transport.
著者: Mallette, E. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2016年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l39.cif.gz	460.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l39.ent.gz	384.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l39_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l39_full_validation.pdf.gz	488 KB	表示
XML形式データ	5l39_validation.xml.gz	45 KB	表示
CIF形式データ	5l39_validation.cif.gz	63.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l37C 5l38C 5suhC 4ht5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wlv-d 5ayj-d 7cuc-1 5y2p-1 5yj2-d 5z27-1 1j2g-d 5y52-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: RMM microcompartment shell protein MSM0275

B: RMM microcompartment shell protein MSM0275

C: RMM microcompartment shell protein MSM0275

D: RMM microcompartment shell protein MSM0275

E: RMM microcompartment shell protein MSM0275

F: RMM microcompartment shell protein MSM0275

ヘテロ分子

138 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.140, 143.480, 116.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	RMM microcompartment shell protein MSM0275 / Microcompartments protein 分子量: 23051.328 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0275, MSMEI_0268 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0QP52
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.64 % / 解説: needles
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20 mg/mL protein, 0.5 M Na citrate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.6 Å / Num. obs: 64985 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.7 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 11.96
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.897 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC_1/2: 0.834 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HT5

4ht5

解像度: 2.1→48.6 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	3247	5 %
R_work	0.1817	-	-
obs	0.1838	64967	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9031	0	2	354	9387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872	12442
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.994	3296
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1627

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1313	0.2766	147	0.241	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1313-2.1646	0.3324	125	0.237	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1646-2.2001	0.2769	138	0.2227	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2001-2.2381	0.2905	151	0.2245	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2381-2.2788	0.26	140	0.2186	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2788-2.3226	0.3062	136	0.222	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3226-2.37	0.279	146	0.215	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4215	0.2454	132	0.2049	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4215-2.4779	0.2548	139	0.1993	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4779-2.5398	0.2547	155	0.201	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5398-2.6085	0.2867	129	0.2055	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6085-2.6853	0.2462	143	0.2014	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6853-2.7719	0.2611	138	0.2028	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7719-2.871	0.2439	141	0.2003	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.871-2.9859	0.2228	140	0.2004	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9859-3.1218	0.2396	143	0.1992	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1218-3.2863	0.2353	136	0.1913	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2863-3.4922	0.2381	147	0.1857	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4922-3.7617	0.2167	140	0.161	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7617-4.1401	0.1931	140	0.1503	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1401-4.7387	0.1716	143	0.1443	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7387-5.9686	0.1965	146	0.1588	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9686-48.6126	0.1744	152	0.1675	2845	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9187	0.0087	0.0218	3.7366	0.9224	1.6668	0.0452	0.2267	-0.0224	-0.4963	-0.0458	0.085	-0.152	-0.0253	0.0177	0.2734	0.0374	-0.0003	0.2684	0.0099	0.1504	48.2909	66.1444	13.2907
2	0.935	-0.8811	0.0997	2.8272	-0.95	1.6111	-0.0697	-0.1595	-0.0136	0.2555	0.0854	-0.0424	-0.0822	0.0076	-0.0096	0.2039	-0.0383	-0.0099	0.2118	-0.0028	0.1404	48.7995	63.2129	47.1635
3	1.352	-0.5561	-0.1403	1.3824	-0.4308	2.3085	0.1244	0.1151	-0.456	-0.2662	-0.0537	0.2267	0.584	0.0478	-0.0636	0.3777	0.0214	-0.1066	0.2042	-0.0489	0.3598	48.0274	35.611	27.5894
4	2.1766	-0.2741	-0.1384	2.1146	-1.3339	1.8173	0.2317	0.4601	-0.6831	-0.5429	-0.0251	0.2479	0.5075	-0.1226	-0.2047	0.4512	0.0388	-0.2101	0.4194	-0.1562	0.5627	19.0123	46.9431	11.9095
5	2.0617	-0.1257	0.7895	1.6004	-0.5046	4.1892	0.0354	-0.041	0.1804	0.0263	-0.0185	0.1869	-0.3747	-0.2225	-0.0419	0.2112	0.0353	0.011	0.1974	0.0115	0.2618	18.8566	73.839	31.0914
6	1.9757	-0.3102	0.1039	1.9579	0.5823	2.0409	0.0585	-0.4328	-0.7947	0.1902	0.0151	0.4168	0.3915	-0.2058	-0.0626	0.3629	-0.1269	-0.0644	0.4076	0.2385	0.634	18.112	42.7954	44.6751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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