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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l2s | ||||||
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タイトル | The X-ray co-crystal structure of human CDK6 and Abemaciclib. | ||||||
要素 | Cyclin-dependent kinase 6サイクリン依存性キナーゼ6 | ||||||
キーワード | Transferase/Transferase Inhibitor / cyclin-dependent kinase (サイクリン依存性キナーゼ) / kinase inhibitor / kinase selectivity / Transferase-Transferase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin D2-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation ...cyclin D2-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / gliogenesis / regulation of cell motility / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of cell cycle / hematopoietic stem cell differentiation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / negative regulation of osteoblast differentiation / サイクリン依存性キナーゼ / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Notchシグナリング / ruffle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / : / response to virus / regulation of erythrocyte differentiation / Oncogene Induced Senescence / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of fibroblast proliferation / T cell differentiation in thymus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / 中心体 / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, P. / Ferre, R.A. / Deihl, W. / Yu, X. / He, Y.-A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2016 タイトル: Spectrum and Degree of CDK Drug Interactions Predicts Clinical Performance. 著者: Chen, P. / Lee, N.V. / Hu, W. / Xu, M. / Ferre, R.A. / Lam, H. / Bergqvist, S. / Solowiej, J. / Diehl, W. / He, Y.A. / Yu, X. / Nagata, A. / VanArsdale, T. / Murray, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l2s.cif.gz | 69.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5l2s.ent.gz | 50.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l2s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35019.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK6, CDKN6 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q00534, サイクリン依存性キナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-6ZV / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 % |
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結晶化 | 温度: 286.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1:1 (protein to well buffer) with well buffer containing: 0.1 M MES pH 6.0, 70 - 80 mM NH4NO3, 10 - 15% polyethyleneglycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→72 Å / Num. obs: 14466 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.24 % / Biso Wilson estimate: 59.6 Å2 / Net I/σ(I): 26.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.27→72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9369 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9188 / SU R Cruickshank DPI: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.268 / SU Rfree Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.218
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原子変位パラメータ | Biso mean: 58.77 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.317 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.27→72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.27→2.45 Å / Total num. of bins used: 7
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