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- PDB-5l2d: Streptococcal surface adhesin - CshA NR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l2d
タイトルStreptococcal surface adhesin - CshA NR2
要素Surface-associated protein CshA
キーワードCELL ADHESION / Streptococcus / adhesin
機能・相同性
機能・相同性情報


GEVED domain / GEVED domain / CshA domain / Surface adhesin CshA, non-repetitive domain 2 / Surface adhesin CshA non-repetitive domain 2 / Surface adhesin CshA repetitive domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface-associated protein CshA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Back, C.R. / Race, P.R. / Jenkinson, H.F.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The Streptococcus gordonii Adhesin CshA Protein Binds Host Fibronectin via a Catch-Clamp Mechanism.
著者: Back, C.R. / Sztukowska, M.N. / Till, M. / Lamont, R.J. / Jenkinson, H.F. / Nobbs, A.H. / Race, P.R.
履歴
登録2016年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface-associated protein CshA
B: Surface-associated protein CshA
C: Surface-associated protein CshA
D: Surface-associated protein CshA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1044
ポリマ－147,1044
非ポリマー00
水362
1
A: Surface-associated protein CshA
C: Surface-associated protein CshA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5522
ポリマ－73,5522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
2
B: Surface-associated protein CshA
D: Surface-associated protein CshA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5522
ポリマ－73,5522
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.929, 173.929, 104.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質
Surface-associated protein CshA


分子量: 36776.012 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 223-540 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (strain Challis / ATCC 35105 / BCRC 15272 / CH1 / DL1 / V288) (バクテリア)
株: Challis / ATCC 35105 / BCRC 15272 / CH1 / DL1 / V288 / 遺伝子: cshA, SGO_0854 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8AWJ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
Method details: The structure of CshA-NR2 was initially determined in space group P6222, with two molecules in the asymmetric unit, to 3.5 A resolution by the single wavelength anomalous dispersion ...Method details: The structure of CshA-NR2 was initially determined in space group P6222, with two molecules in the asymmetric unit, to 3.5 A resolution by the single wavelength anomalous dispersion (SAD) method as applied to selonomethionine (SeMet) labeled crystals of dimeric CshA-NR2. Identification of heavy atom sites and the resulting initial phase calculation was carried out, employing diffraction data collected from two different crystals of SeMet labeled dimeric CshA-NR2, which were merged together. The software located 18 Se sites. The output model was refined and used as a molecular replacement search model to elucidate a higher resolution CshA-NR2 structure (2.7 A), employing diffraction data collected from a crystal of unlabeled CshA-NR2 (also in space group P6222).

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試料調製

結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Na/K tartrate, MMT buffer [DL-malic acid, MES and Tris base in the molar ratios 1:2:2] (pH 5.0), 22% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→61.01 Å / Num. obs: 27284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.66→2.8 Å / 冗長度: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 1.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.66→61.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 11.993 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26353 1368 5 %RANDOM
Rwork0.20131 ---
obs0.20435 25890 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.933 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å2-0.6 Å20 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3---3.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→61.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3647 0 0 2 3649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.023736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8261.9595093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86737921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5765479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81425.108139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.14315557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.241157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4796.6551940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4296.6531939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.1079.9592411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.1069.9632412
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8676.9841796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8666.9871797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.76110.282683
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.39753.944068
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.39653.964069
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.656→2.725 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 102 -
Rwork0.367 1867 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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