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- PDB-5l25: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Bor1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l25
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana Bor1
要素Boron transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / SLC4 / anion exchanger
機能・相同性
機能・相同性情報


borate transmembrane transport / response to boron-containing substance / cellular response to boron-containing substance levels / active borate transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / monoatomic anion transport / vacuolar membrane / endosome membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bicarbonate transporter, eukaryotic / Bicarbonate transporter-like, transmembrane domain / HCO3- transporter integral membrane domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Boron transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.11 Å
データ登録者Thurtle-Schmidt, B.H. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM024485 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure of Bor1 supports an elevator transport mechanism for SLC4 anion exchangers.
著者: Thurtle-Schmidt, B.H. / Stroud, R.M.
履歴
登録2016年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Boron transporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2661
ポリマ－73,2661
非ポリマー00
水00
1
A: Boron transporter 1

A: Boron transporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5312
ポリマ－146,5312
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area42520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.557, 184.557, 89.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Boron transporter 1


分子量: 73265.516 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-645 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The solvent content as calculated by Matthews coefficients is high since a significant portion of unit cell contains detergent. Additionally, the crystallized protein construct is 652 ...詳細: The solvent content as calculated by Matthews coefficients is high since a significant portion of unit cell contains detergent. Additionally, the crystallized protein construct is 652 residues, of which the authors were able to model 399.
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BOR1, At2g47160, T3D7.3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q8VYR7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM sodium citrate pH 5.8, 300mM lithium sulfate, 10.5% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→20.07 Å / Num. obs: 11319 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 4.1→4.25 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.631 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YZF

4yzf


解像度: 4.11→20.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.84 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.39149 565 4.8 %RANDOM
Rwork0.35867 ---
obs0.3602 11319 94.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 257.892 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.74 Å2-0 Å20 Å2
2---4.74 Å2-0 Å2
3---9.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.11→20.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2875 0 0 0 2875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.9484009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.67736585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3815391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68822.35385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.76915405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.686159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it32.12724.8721588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other32.09524.8711587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it49.81737.1621971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other49.80537.1651972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it31.03426.9371348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other31.02326.941349
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other47.91939.592039
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined68.25512074
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other68.25512073
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.115→4.217 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 30 -
Rwork0.431 690 -
obs--83.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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