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- PDB-5l1x: Structure of the Human Metapneumovirus Fusion Protein in the Post... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l1x
タイトルStructure of the Human Metapneumovirus Fusion Protein in the Postfusion Conformation
要素
  • hMPV F1 subunit
  • hMPV F2 subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / class I fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human metapneumovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mas, V. / Melero, J.A. / McLellan, J.S.
資金援助 スペイン, 米国, 3件
組織認可番号国
Plan Nacional I+D+iSAF2015-67033-RSAF2012-31217 スペイン
Plan Nacional I+D+iBFU 2013-43149-R スペイン
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM113132 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Engineering, Structure and Immunogenicity of the Human Metapneumovirus F Protein in the Postfusion Conformation.
著者: Mas, V. / Rodriguez, L. / Olmedillas, E. / Cano, O. / Palomo, C. / Terron, M.C. / Luque, D. / Melero, J.A. / McLellan, J.S.
履歴
登録2016年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hMPV F2 subunit
B: hMPV F1 subunit
C: hMPV F2 subunit
D: hMPV F1 subunit
E: hMPV F2 subunit
F: hMPV F1 subunit
G: hMPV F2 subunit
H: hMPV F1 subunit
I: hMPV F2 subunit
J: hMPV F1 subunit
K: hMPV F2 subunit
L: hMPV F1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,18029
ポリマ－313,50212
非ポリマー4,67817
水00
1
A: hMPV F2 subunit
B: hMPV F1 subunit
C: hMPV F2 subunit
D: hMPV F1 subunit
E: hMPV F2 subunit
F: hMPV F1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,21115
ポリマ－156,7516
非ポリマー2,4609
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55060 Å2
ΔGint-392 kcal/mol
Surface area54570 Å2
手法PISA
2
G: hMPV F2 subunit
H: hMPV F1 subunit
I: hMPV F2 subunit
J: hMPV F1 subunit
K: hMPV F2 subunit
L: hMPV F1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,96914
ポリマ－156,7516
非ポリマー2,2188
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54680 Å2
ΔGint-376 kcal/mol
Surface area54630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.720, 128.720, 572.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain E
41chain G
51chain I
61chain K
12chain B
22chain D
32chain F
42chain H
52chain J
62chain L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA19 - 91
211chain CC19 - 559
311chain EE19 - 91
411chain GG19 - 92
511chain II19 - 557
611chain KK19 - 92
112chain BB114 - 855
212chain DD115 - 672
312chain FF114 - 854
412chain HH114 - 854
512chain JJ115 - 672
612chain LL114 - 855

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
hMPV F2 subunit


分子量: 10193.454 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 19-101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / 株: NL/1/00 / 遺伝子: F / 細胞株 (発現宿主): CV-1 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: H6X1Z1, UniProt: Q91F55*PLUS
#2: タンパク質
hMPV F1 subunit


分子量: 42056.820 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 112-489 / Mutation: G294E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / 株: NL/1/00 / 遺伝子: F / 細胞株 (発現宿主): CV-1 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q8B9P0, UniProt: Q91F55*PLUS

-
糖 , 4種, 12分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 5分子

#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18.5% PEG3350, 11% MPD, 0.2 M lithium sulfate, 0.01 M nickel chloride, 0.1 M imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→37.02 Å / Num. obs: 73617 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 73.15 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.238 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 398399 / Scaling rejects: 136
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.3-3.375.61.0150.802199.9
16.17-37.024.10.0530.998189.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3RRR

3rrr


解像度: 3.3→37.019 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 3654 5 %
Rwork0.2205 --
obs0.223 73071 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 195.36 Å2 / Biso mean: 76.8647 Å2 / Biso min: 27.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→37.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20242 0 299 0 20541
Biso mean--111.38 --
残基数----2654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00820875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12328261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053608
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6237662
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2034X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
12C2034X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
13E2034X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
14G2034X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
15I2034X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
16K2034X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
21B10442X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
22D10442X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
23F10442X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
24H10442X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
25J10442X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
26L10442X-RAY DIFFRACTION7.293TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.34340.35491430.3112566270999
3.3434-3.38920.36131360.305726912827100
3.3892-3.43760.33891180.30442605272399
3.4376-3.48880.38771450.305626652810100
3.4888-3.54330.31051130.285526362749100
3.5433-3.60140.34011240.282226702794100
3.6014-3.66340.29621430.275626352778100
3.6634-3.730.27981540.275626272781100
3.73-3.80160.32781380.259326652803100
3.8016-3.87920.28691410.239426552796100
3.8792-3.96340.27621790.217326012780100
3.9634-4.05550.28371470.212526582805100
4.0555-4.15680.26011510.214826602811100
4.1568-4.2690.24791330.205926432776100
4.269-4.39440.26211360.18482660279699
4.3944-4.5360.23651410.186926792820100
4.536-4.69790.26551400.186126822822100
4.6979-4.88560.21131350.18072680281599
4.8856-5.10740.21631140.17872708282299
5.1074-5.37590.26471500.18632693284399
5.3759-5.71160.28341460.20812677282399
5.7116-6.15070.26271260.20842735286199
6.1507-6.76630.29441510.2132713286499
6.7663-7.73760.22741500.20472730288099
7.7376-9.71930.2331500.18022772292298
9.7193-37.02110.2461500.22722711286190
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2407-1.979-0.88141.68510.56551.3946-0.1454-0.8632-0.19420.03270.04830.70160.2745-0.68770.0870.5672-0.3904-0.03431.35030.01690.663517.087-45.3507109.8851
29.0886-3.11010.02561.40880.56067.88060.33292.2602-0.71660.1646-0.01210.12661.05440.7473-0.33930.9179-0.2912-0.05130.9992-0.21820.923134.9064-59.770762.2911
37.3378-4.26356.09846.927-5.39535.72140.30280.4743-0.2197-0.4831-0.6328-0.56960.60281.53450.36660.5712-0.22160.04420.5405-0.00950.544242.4407-54.424575.1051
41.32120.09591.26781.33871.03934.68960.0760.14640.1742-0.0499-0.24650.2441-0.40540.36310.07961.1574-0.33290.05041.2365-0.02380.571223.86-47.8775-8.4798
51.56340.16071.04390.83650.00792.2857-0.0356-0.3706-0.1090.0381-0.14520.14050.6739-0.48410.11410.5282-0.27150.04540.673-0.03750.463625.4501-50.316186.6541
60.46830.26990.34853.37640.77843.78640.0139-0.67020.1690.2295-0.03830.27580.1075-0.9980.02240.4803-0.11790.14951.4093-0.06950.687817.9333-32.7868117.0363
7-0.0358-0.1581-0.84640.8931.73057.3724-0.2591-0.01010.1293-0.36470.22040.00830.0873-0.7179-0.07370.6828-0.27610.09131.4056-0.15230.79114.2725-41.683845.8069
82.145-0.06112.17362.5149-1.5325.54650.4047-0.3897-0.5210.085-0.0332-0.03941.10120.1602-0.34960.5866-0.0606-0.00280.81170.07750.451946.7504-50.5765106.3459
96.93412.5716-2.46025.81080.86067.5318-0.73561.85860.9405-1.0785-0.2550.5267-0.69440.46150.79530.6485-0.02030.02610.92950.10890.643433.7471-32.03857.7478
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416.5586-0.821.39938.2363-2.42560.9476-0.00450.4739-0.34570.7309-0.0377-0.61521.3148-0.26320.06031.28050.0256-0.13920.409-0.07850.528831.6484-61.0138-66.0959
420.53010.8721.99311.62012.90112.85640.0855-0.1893-0.09330.0595-0.26080.05860.6148-0.81870.17980.8867-0.0813-0.04810.50640.05210.554338.5161-32.772411.4068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 19:49)A19 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 50:62)A50 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 63:91)A63 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 114:166)B114 - 166
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 167:301)B167 - 301
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7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 419:482)B419 - 482
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 19:50)C19 - 50
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 51:68)C51 - 68
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 69:91)C69 - 91
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12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 185:310)D185 - 310
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15X-RAY DIFFRACTION15(chain E and resid 19:37)E19 - 37
16X-RAY DIFFRACTION16(chain E and resid 38:58)E38 - 58
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19X-RAY DIFFRACTION19(chain F and resid 277:368)F277 - 368
20X-RAY DIFFRACTION20(chain F and resid 369:427)F369 - 427
21X-RAY DIFFRACTION21(chain F and resid 428:482)F428 - 482
22X-RAY DIFFRACTION22(chain G and resid 19:64)G19 - 64
23X-RAY DIFFRACTION23(chain G and resid 65:80)G65 - 80
24X-RAY DIFFRACTION24(chain G and resid 81:92)G81 - 92
25X-RAY DIFFRACTION25(chain H and resid 114:182)H114 - 182
26X-RAY DIFFRACTION26(chain H and resid 183:301)H183 - 301
27X-RAY DIFFRACTION27(chain H and resid 302:418)H302 - 418
28X-RAY DIFFRACTION28(chain H and resid 419:482)H419 - 482
29X-RAY DIFFRACTION29(chain I and resid 19:50)I19 - 50
30X-RAY DIFFRACTION30(chain I and resid 51:68)I51 - 68
31X-RAY DIFFRACTION31(chain I and resid 69:91)I69 - 91
32X-RAY DIFFRACTION32(chain J and resid 115:182)J115 - 182
33X-RAY DIFFRACTION33(chain J and resid 183:302)J183 - 302
34X-RAY DIFFRACTION34(chain J and resid 303:448)J303 - 448
35X-RAY DIFFRACTION35(chain J and resid 449:482)J449 - 482
36X-RAY DIFFRACTION36(chain K and resid 19:33)K19 - 33
37X-RAY DIFFRACTION37(chain K and resid 34:58)K34 - 58
38X-RAY DIFFRACTION38(chain K and resid 59:92)K59 - 92
39X-RAY DIFFRACTION39(chain L and resid 114:281)L114 - 281
40X-RAY DIFFRACTION40(chain L and resid 282:370)L282 - 370
41X-RAY DIFFRACTION41(chain L and resid 371:428)L371 - 428
42X-RAY DIFFRACTION42(chain L and resid 429:483)L429 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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