[日本語] English
万見
- PDB-5kzc: Crystal structure of an HIV-1 gp120 engineered outer domain with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kzc
タイトルCrystal structure of an HIV-1 gp120 engineered outer domain with a Man9 glycan at position N276, in complex with broadly neutralizing antibody VRC01
要素
  • Engineered outer domain of gp120
  • VRC01 Fab heavy chain
  • VRC01 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / Env / gp120 / neutralizing antibody / N-linked glycan
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Julien, J.-P. / Jardine, J.G. / Diwanji, D. / Schief, W.R. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI82362 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI084817 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)CHAVI-ID 1UM1AI100663 米国
International AIDS Vaccine Initiative 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Minimally Mutated HIV-1 Broadly Neutralizing Antibodies to Guide Reductionist Vaccine Design.
著者: Jardine, J.G. / Sok, D. / Julien, J.P. / Briney, B. / Sarkar, A. / Liang, C.H. / Scherer, E.A. / Henry Dunand, C.J. / Adachi, Y. / Diwanji, D. / Hsueh, J. / Jones, M. / Kalyuzhniy, O. / ...著者: Jardine, J.G. / Sok, D. / Julien, J.P. / Briney, B. / Sarkar, A. / Liang, C.H. / Scherer, E.A. / Henry Dunand, C.J. / Adachi, Y. / Diwanji, D. / Hsueh, J. / Jones, M. / Kalyuzhniy, O. / Kubitz, M. / Spencer, S. / Pauthner, M. / Saye-Francisco, K.L. / Sesterhenn, F. / Wilson, P.C. / Galloway, D.M. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Burton, D.R. / Schief, W.R.
履歴
登録2016年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: VRC01 Fab heavy chain
A: Engineered outer domain of gp120
L: VRC01 Fab light chain
B: VRC01 Fab heavy chain
C: Engineered outer domain of gp120
D: VRC01 Fab light chain
E: VRC01 Fab heavy chain
F: Engineered outer domain of gp120
G: VRC01 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,91216
ポリマ－201,6739
非ポリマー5,2397
水00
1
H: VRC01 Fab heavy chain
A: Engineered outer domain of gp120
L: VRC01 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2266
ポリマ－67,2243
非ポリマー2,0023
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: VRC01 Fab heavy chain
C: Engineered outer domain of gp120
D: VRC01 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2266
ポリマ－67,2243
非ポリマー2,0023
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: VRC01 Fab heavy chain
F: Engineered outer domain of gp120
G: VRC01 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4604
ポリマ－67,2243
非ポリマー1,2351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.510, 113.510, 412.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ACF

#2: タンパク質 Engineered outer domain of gp120


分子量: 19656.080 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 2種, 6分子 HBELDG

#1: 抗体 VRC01 Fab heavy chain


分子量: 24395.684 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 VRC01 Fab light chain


分子量: 23172.686 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 7分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-i1_g2-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.16 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG4000, 20% (v/v) glycerol, 0.08 M sodium acetate, pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03324 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03324 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→40 Å / Num. obs: 43730 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 3.25→3.35 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.572 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NGB and 4JPJ

3ngb

4jpj


解像度: 3.25→39.943 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.73 / 位相誤差: 28.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 2180 5 %
Rwork0.2228 --
obs0.2253 43597 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→39.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13500 0 349 0 13849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84519340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0035208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052446
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.32070.46881320.42242498X-RAY DIFFRACTION99
3.3207-3.39790.35861330.35852513X-RAY DIFFRACTION100
3.3979-3.48280.35341350.30012556X-RAY DIFFRACTION100
3.4828-3.57690.34811320.27172531X-RAY DIFFRACTION100
3.5769-3.68210.28821350.25342549X-RAY DIFFRACTION100
3.6821-3.80080.34381340.24682551X-RAY DIFFRACTION100
3.8008-3.93660.2761350.24032553X-RAY DIFFRACTION100
3.9366-4.0940.29281340.22162559X-RAY DIFFRACTION100
4.094-4.28020.22991340.17612556X-RAY DIFFRACTION100
4.2802-4.50550.22751360.17032576X-RAY DIFFRACTION100
4.5055-4.78740.18581370.16662585X-RAY DIFFRACTION100
4.7874-5.15630.24211370.1742622X-RAY DIFFRACTION100
5.1563-5.67390.2371380.19722601X-RAY DIFFRACTION100
5.6739-6.49190.29831380.23282623X-RAY DIFFRACTION100
6.4919-8.16760.30171410.23632700X-RAY DIFFRACTION100
8.1676-39.94630.26581490.22512844X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0555-0.6908-0.89089.50532.96137.61760.05880.3672-1.00010.2064-0.75331.34221.0601-1.96190.69150.7587-0.2487-0.0150.8792-0.15190.9372119.931587.131925.4418
28.3726.07092.38758.14096.3857.51440.2638-0.5082-0.46751.1736-1.02591.30340.8624-0.54460.62570.9174-0.00890.0520.5658-0.07130.888128.693788.801428.4864
38.36071.5667-0.01464.0687-1.05340.90840.03591.3776-0.7135-0.1947-0.51410.11840.9586-1.66740.41481.2301-0.2471-0.12621.6834-0.52390.8224139.425671.4931-6.1922
45.60881.9777-4.15456.8514-1.2663.9621-0.36040.0854-0.44720.1463-0.19692.01340.1017-1.1780.60790.75580.0837-0.08451.1863-0.05741.4537100.5368111.107332.7065
59.02150.01095.53365.8184-1.76033.87850.75531.8344-1.6862-0.44160.0890.22240.44120.8032-0.48671.13620.3704-0.12221.0359-0.18941.3614117.9936104.759219.6648
62.0481-0.3003-2.86822.07629.12312.1896-2.0648-1.4909-0.8452-0.83141.6162.77870.00350.49480.41971.27530.09790.16870.94530.01971.4245114.0584110.157739.5593
74.46772.3339-0.74276.8113-0.03125.07270.59280.26130.87910.0694-0.35551.1096-1.222-0.0941-0.21811.01860.0592-0.04980.77050.04140.9385115.1535116.799631.2159
87.03130.872-4.28337.48571.99425.20180.18221.08380.3901-0.32730.18662.4471-1.7226-2.3309-0.50471.19880.4312-0.0731.58720.49791.6104105.2843117.192624.3131
96.52911.0071-0.12256.29091.04977.29740.05760.65890.0286-0.5227-0.36121.3664-0.062-1.5850.16250.79940.2276-0.05611.01920.01871.1877106.9142107.019426.9592
109.1919-2.0421-1.73125.02041.87023.99030.5081.1627-0.73470.167-0.4734-0.243-0.3125-0.0167-0.0560.8528-0.2484-0.08250.6641-0.15750.5667142.769193.330220.4872
117.9337-2.5933-3.14015.7044-2.89385.4985-0.7034-0.59091.06440.20961.2945-0.584-0.42970.4885-0.53410.971-0.3834-0.14720.5673-0.02071.0467145.489194.397732.7845
127.0216-4.9666-3.54167.3941.95211.9823-0.19070.4040.6014-1.30770.8344-0.1797-0.8008-0.2791-0.54841.0198-0.25980.02760.55760.03860.5075147.2346101.266323.0697
132.3275-5.4842-6.00438.68083.46775.78750.1325-0.9995-0.50490.3764-0.09710.13920.63610.1415-0.20220.6046-0.1725-0.020.52180.04620.7474145.575888.516122.9677
142.7138-0.8888-0.27081.42820.87113.82660.14340.7275-0.3701-0.50870.33940.082-0.46420.4473-0.46730.9236-0.26380.0210.7968-0.05220.7796144.741985.00641.4659
156.2522-2.81955.7798.0644-6.6797.94780.13180.08391.1816-0.6525-0.3304-0.0066-1.02720.17110.39821.2929-0.06910.0280.8412-0.30470.9721146.635888.9122-4.6648
167.31811.97596.35082.02151.94436.74721.2340.045-2.444-1.1135-0.57481.17362.3269-0.783-0.36331.0546-0.17240.01180.8207-0.12291.0568154.038876.17245.7839
173.7397-2.19345.13545.1016-2.01117.3782-0.32140.4781.0873-0.6825-0.3630.3635-1.2068-0.29480.61071.2719-0.04-0.11811.5342-0.0250.9707146.596790.1923-12.2835
185.09740.88560.08785.25090.93095.6202-0.10370.2612-0.2968-0.6704-0.0688-0.52960.38180.08320.1350.78090.00560.15670.26220.0260.6924139.9654129.565545.9367
193.7134-2.023-1.21052.3602-1.09943.6770.96580.44110.2347-3.0317-0.7922-0.2168-1.0460.5901-0.09943.88090.14050.16871.2567-0.16661.3377148.3567155.957916.4139
204.3049-0.36731.24736.1619-0.68369.08610.107-0.5276-0.3720.813-0.05740.98630.0445-0.6669-0.04180.58440.00420.21780.5017-0.02850.8849121.5142111.976253.419
218.8805-1.73315.289.64623.6855.3861-0.5157-1.2823-0.09922.81530.21750.6105-0.0817-1.00570.32311.2788-0.06010.22820.92560.29791.1582128.2976115.619165.1452
223.0612-0.38161.26015.64612.66615.2891-0.1894-0.6364-0.9420.8052-0.09560.60140.5042-0.73490.25030.8652-0.110.26010.57310.08550.9928118.3793115.419562.0974
238.3214-1.07761.06817.1572-2.33394.39170.0076-0.1286-0.49660.3644-0.01951.23440.4829-0.56690.03980.6858-0.18510.16760.4667-0.07640.8633118.5306113.422352.8175
242.42321.1199-0.728210.4123-0.78042.94270.14730.18960.2789-0.3072-0.0019-0.0005-0.4731-0.1128-0.14110.77010.09830.07330.35930.00590.5454134.9755152.273351.0775
252.9126-2.46280.58443.09370.15068.0527-0.24961.3264-0.234-1.9962-0.66961.06720.4962-1.01480.93723.3813-0.1458-0.60771.4776-0.08641.5459132.7772162.62919.5384
267.0947-2.062.37118.0581-0.17645.87010.03990.64211.3475-0.37440.00230.5866-1.1339-0.79120.00790.71780.1184-0.04060.75620.18621.0191105.055769.567149.5692
277.4245-2.29221.23825.1986-2.31342.29650.148-0.74990.35450.89060.28850.2845-1.3013-0.7288-0.36871.5870.30920.45781.065-0.05970.8937110.47666.141389.5871
285.0089-3.46053.67997.1025-3.49455.22260.82050.7571-0.9448-0.8356-0.09341.4140.2233-0.6085-0.77640.72140.0995-0.13511.6058-0.24991.409887.103563.726229.6793
292.44782.3532-2.35619.26-1.7722.6045-0.0304-0.32830.5353-0.1374-1.6077-1.0233-0.48660.43921.67220.76360.1189-0.14211.4479-0.05761.25594.78758.011832.4075
308.6103-2.899-1.88439.0585-2.81822.99861.18282.31250.1474-1.8051-0.62381.35920.9594-0.3103-0.60281.38630.1203-0.21681.98710.0270.862396.511255.695226.301
310.12160.2084-0.50154.29191.20543.22050.5006-0.0276-1.7423-1.33021.05241.92090.08141.4425-1.18481.89220.6967-1.09112.4828-0.48661.918583.190562.296822.1276
326.38712.072.85538.16885.86165.08560.46270.3681-0.7877-0.182-0.41371.42640.5433-1.50330.30030.895-0.1437-0.00271.48250.16551.432887.050450.21233.5122
332.48894.42543.76783.99244.07816.9194-1.0486-0.32330.2666-1.60250.36240.8978-0.9719-1.58020.65241.14230.2501-0.1171.57790.30931.616887.91468.463230.2369
342.61672.74090.18013.93931.70252.70260.3349-0.37710.4710.9299-0.3457-0.25390.6905-0.315-0.0281.13130.32660.17010.56270.09771.088118.592248.460561.5724
359.1475-3.12922.14826.8002-3.5611.97861.251.4875-1.70550.31310.43381.90731.2595-0.3079-1.57590.8633-0.0952-0.06510.7973-0.28590.9029113.051845.36850.1159
365.9591-5.7556-4.56642.16153.82617.4085-0.36530.37332.00671.35710.80460.7267-0.49020.3693-0.32450.88630.1067-0.12470.46510.07770.8827118.934959.765654.5459
378.54463.83966.37159.41651.39058.95170.1890.7917-1.0422-0.8879-0.148-0.3197-0.08110.4717-0.14380.79080.19670.23080.573-0.07720.7507123.178749.868948.9774
382.2453-7.31287.63679.8239-3.13668.2951-0.46660.54430.30890.8580.805-0.5769-1.07060.1528-0.30030.73580.04290.05520.52730.03220.6755122.047155.192158.1571
392.4775-0.00983.51672.6996-2.32795.98770.06690.0445-0.04920.4560.270.3791-0.18870.2554-0.46510.80980.1880.15540.5928-0.04160.5578119.0551.885666.4505
402.0717-9.056-0.09322.10460.52777.1457-1.119-2.53180.1460.59631.73991.4784-0.5856-0.8828-0.75221.36640.3180.36921.14790.1511.7274104.41956.327395.9042
417.7261-4.8044-7.962110.10514.41357.93210.4831.443-0.13970.256-0.1251.9208-0.1469-1.0715-0.37481.15870.23660.03280.73730.07070.9184112.110947.625586.2228
420.7761.88050.9644.44132.42181.28460.18560.5606-0.6790.9572-0.74831.00460.5027-0.21590.60181.27530.35770.11191.1808-0.07681.4249104.352648.025682.5668
432.3781-1.398-6.29488.22592.79868.2860.50980.24430.96340.2216-0.48312.2782-0.0265-0.6123-0.00761.34950.39440.30170.89720.06911.2342110.677153.776686.4017
443.9013-1.00293.06283.7133-0.20572.54530.675-0.9712-0.67150.9687-0.03542.5773-0.2434-0.2928-0.55471.3391-0.04270.48290.91430.32631.5545111.291242.333792.1904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 88)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 89 through 111 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 112 through 213 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 2 through 26 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 27 through 44 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 45 through 61 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 62 through 97 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 98 through 126 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 127 through 171 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 2 through 48 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 49 through 61 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 62 through 75 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 76 through 90 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 91 through 130 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 131 through 165 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 166 through 176 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 177 through 213 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1 through 111 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 112 through 213 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1 through 44 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 45 through 61 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 62 through 103 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 104 through 172 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 2 through 115 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 116 through 216 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 1 through 111 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 112 through 213 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 2 through 34 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 35 through 57 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 58 through 86 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 87 through 108 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 109 through 136 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 137 through 170 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 2 through 18 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 19 through 30 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 33 through 48 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 49 through 75 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 76 through 90)
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 91 through 115 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 116 through 130 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 131 through 154 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 155 through 165 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 166 through 190 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'G' and (resid 191 through 213 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る