PDB-5kz6: 1.25 Angstrom Crystal Structure of Chitinase from Bacillus anthracis.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kz6

タイトル

1.25 Angstrom Crystal Structure of Chitinase from Bacillus anthracis.

要素

Chitinase

キーワード

HYDROLASE / Chitinase / TIM barrel / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.252 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.25 Angstrom Crystal Structure of Chitinase from Bacillus anthracis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Data collection
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kz6.cif.gz	340.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kz6.ent.gz	277.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5kz6_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kz6_full_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示
XML形式データ	5kz6_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	5kz6_validation.cif.gz	61.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/5kz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/5kz6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3n11S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ysa-d 1jtf-d 3hp7-d 5jgw-4 6l46-d 4tq4-3 1u5r-2 3wkp-d 4zk8-d 2qiy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase

B: Chitinase

ヘテロ分子

73.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Chitinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Chitinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.243, 94.147, 243.571
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- ZN
2	1	A-1011- HOH
3	1	B-939- HOH

#1: タンパク質	Chitinase / Extracellular exochitinase Chi36 分子量: 36770.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: chi36, GBAA_3854, ADK18_18580 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q81WW1, UniProt: A0A6L7H1P2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1091 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein: 16.7 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3); Screen: PACT (B12), 0.01M Zinc chloride, 0.1M MES (pH 6.0), 20% (w/v) PEG6000. Cryo: 4M Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月21日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 174224 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 12.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 28.2
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / CC_1/2: 0.852 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N11

3n11

解像度: 1.252→28.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 1.084 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.13952	8767	5 %	RANDOM
R_work	0.11743	-	-	-
obs	0.11852	165370	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.559 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.252→28.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5062	0	9	1091	6162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.337	1.952	8050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.867	3	12550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.367	5	791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.757	24.806	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.144	15	969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.577	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.021	7122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.745	0.944	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.745	6.175	2980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.034	1.424	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.034		3834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.065	1.087	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.064		2891
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.318	1.573	4218
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.575		7312
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.887		6928
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.422	3	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	19.126	5	697
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.078	5	6051

LS精密化シェル

解像度: 1.252→1.284 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	611	-
R_work	0.204	12094	-
obs	-	-	99.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4716	-0.1828	-1.558	0.8099	0.3018	2.6935	0.0558	0.0501	0.1339	-0.1158	-0.0017	-0.0031	-0.1942	-0.0646	-0.0541	0.0422	0.0039	-0.0103	0.0119	0.0006	0.0214	-13.9543	5.1573	-42.6774
2	0.4968	0.2388	0.1118	0.6293	0.0401	0.8038	-0.0259	-0.0503	0.0991	-0.0314	-0.0209	0.0515	-0.1519	-0.0913	0.0468	0.0338	0.0211	-0.0107	0.0164	-0.0132	0.0207	-21.3931	5.1581	-36.5516
3	2.3002	-0.8235	-1.5342	0.8935	0.4104	3.2812	0.1178	0.0794	0.2404	-0.1061	-0.0489	-0.0211	-0.2989	-0.1035	-0.0689	0.0789	0.0253	-0.0084	0.0095	0.0014	0.0411	-24.0919	14.0542	-41.317
4	0.725	-0.156	-0.0164	0.7491	-0.0773	0.7466	-0.0453	-0.0046	-0.0405	-0.0716	0.0357	0.0903	-0.0061	-0.1308	0.0096	0.0141	0.0032	-0.0084	0.0451	-0.0054	0.014	-27.6378	-8.8211	-46.615
5	0.5954	0.1785	0.0087	0.3258	0.0924	0.7041	-0.0116	0.0231	-0.0571	-0.0273	-0.0154	0.0056	0.0741	0.0279	0.027	0.0257	0.0053	0.0004	0.0194	-0.0045	0.0082	-12.9843	-12.9056	-46.7315
6	0.807	0.0149	-0.051	0.6091	0.4191	0.973	-0.0034	0.015	-0.0235	0.0212	-0.0064	-0.0681	0.0543	0.1285	0.0097	0.0177	0.0042	0.0003	0.0435	0.0121	0.0127	-1.4899	-8.6737	-46.2423
7	0.7543	-0.5117	-0.2808	1.2211	0.7724	1.7095	0.0562	0.0263	0.0736	-0.0799	-0.0378	-0.0719	-0.149	0.134	-0.0184	0.0159	-0.0138	0.004	0.0317	0.0076	0.0084	-4.2487	-1.8315	-46.4743
8	3.5356	-0.5542	-3.0754	2.2407	1.194	4.4307	0.0295	-0.1627	0.1312	0.0206	-0.0334	-0.1568	-0.1844	0.3014	0.0039	0.0237	-0.0247	-0.0129	0.0376	0.0153	0.0418	-1.8834	8.1748	-40.3601
9	2.2399	-0.6367	1.3141	2.0118	-1.0215	2.1434	0.0326	-0.2071	-0.2075	0.1072	0.0011	0.0594	0.1316	-0.1066	-0.0337	0.0366	0.0013	0.0005	0.0307	0.0095	0.0348	-20.009	-24.9982	-11.4588
10	0.4167	0.0642	-0.1417	0.7763	0.1186	0.5266	-0.0009	0.0283	-0.0393	-0.0402	-0.027	0.0967	0.0061	-0.0856	0.0278	0.009	0.0066	-0.0102	0.022	-0.0115	0.0211	-29.1686	-14.9263	-20.9176
11	3.0087	-1.2224	0.6371	0.5994	-0.5324	1.6363	0.0333	-0.1309	-0.2952	-0.0163	0.0453	0.1602	0.1218	-0.1081	-0.0786	0.0194	-0.0085	-0.0005	0.0321	-0.013	0.0868	-35.8506	-18.7887	-13.3908
12	0.3792	-0.0963	0.0241	0.6375	0.1089	0.64	0.0177	0.0082	0.0243	0.0356	-0.0141	-0.0132	-0.0627	0.0011	-0.0036	0.0179	0.0059	-0.0054	0.0076	-0.0064	0.0085	-18.4412	-2.7467	-10.9824
13	0.6584	-0.0332	0.005	0.6601	0.2694	0.3064	-0.0016	0.0046	0.0155	-0.0057	0.0154	-0.0603	0.0154	0.0706	-0.0138	0.0112	0.0121	-0.006	0.0258	-0.0029	0.0121	-4.674	-13.9218	-15.5734
14	0.8114	0.011	0.2289	0.741	0.1622	0.5486	-0.005	0.0505	-0.081	0.0052	0.0123	-0.04	0.0949	0.0428	-0.0073	0.0332	0.0153	-0.0041	0.0153	-0.0087	0.021	-8.0063	-27.3248	-20.045
15	3.3071	0.1623	-0.641	1.0852	0.0174	1.2001	-0.0666	-0.2264	-0.1568	0.1359	0.0386	-0.0732	0.1267	0.0953	0.0279	0.0629	0.0289	-0.0284	0.0259	0.0004	0.033	-2.9515	-28.2904	-9.9621
16	1.7333	-0.5075	0.78	2.7024	-0.6601	1.5224	0.0082	0.0392	-0.1764	-0.1104	-0.0084	0.0333	0.1835	-0.0013	0.0002	0.0356	0.0043	0.0072	0.0082	-0.0093	0.0257	-20.4719	-28.7228	-22.4984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	45 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	80 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	102 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	182 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	240 - 316
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	317 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	340 - 356
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	30 - 39
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	40 - 79
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	80 - 102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	103 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	182 - 270
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	271 - 316
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	317 - 329
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	330 - 356

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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