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万見
- PDB-5ky8: mouse POFUT1 in complex with O-glucosylated mouse Notch1 EGF12 mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ky8
タイトルmouse POFUT1 in complex with O-glucosylated mouse Notch1 EGF12 mutant (D464G) and GDP
要素
  • GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1
  • Neurogenic locus notch homolog protein 1
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / fucosyltransferase activity / peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked glycosylation via fucose / peptide-O-fucosyltransferase activity / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus ...Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / fucosyltransferase activity / peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked glycosylation via fucose / peptide-O-fucosyltransferase activity / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / cellular response to tumor cell / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / collecting duct development / compartment pattern specification / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / regulation of extracellular matrix assembly / T-helper 17 type immune response / endocardial cell differentiation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / endocardial cushion development / mesenchymal cell development / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / epidermal cell fate specification / negative regulation of myotube differentiation / coronary vein morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / left/right axis specification / negative regulation of catalytic activity / fucose metabolic process / glomerular mesangial cell development / somatic stem cell division / negative regulation of cell adhesion molecule production / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of endothelial cell differentiation / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / cardiac epithelial to mesenchymal transition / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / neuron fate commitment / neuronal stem cell population maintenance / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac muscle cell myoblast differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / tissue regeneration / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / heart trabecula morphogenesis / luteolysis / glial cell differentiation / calcium-ion regulated exocytosis / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / endoderm development / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis
類似検索 - 分子機能
GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1 / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / Rossmann fold - #11340 / Rossmann fold - #11350 / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch ...GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1 / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / Rossmann fold - #11340 / Rossmann fold - #11350 / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Li, Z. / Rini, J.M.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Recognition of EGF-like domains by the Notch-modifying O-fucosyltransferase POFUT1.
著者: Li, Z. / Han, K. / Pak, J.E. / Satkunarajah, M. / Zhou, D. / Rini, J.M.
履歴
登録2016年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1
B: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6785
ポリマ－44,8332
非ポリマー8453
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.540, 65.900, 106.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1 / Peptide-O-fucosyltransferase 1 / O-FucT-1


分子量: 40457.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pofut1 / プラスミド: PB-T-PAF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q91ZW2, peptide-O-fucosyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1 / Motch A / mT14 / p300


分子量: 4375.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Notch1, Motch / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01705

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糖 , 2種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 272分子

#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG2000 MME, 50 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 44218 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.127 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / CC1/2: 0.567 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→46.42 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2106 2225 5.03 %0
Rwork0.1895 41986 --
obs0.1906 44211 99.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.21 Å2 / Biso mean: 43.1469 Å2 / Biso min: 18.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3068 0 87 271 3426
Biso mean--54.32 41.02 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7764402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7141904
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.68590.36541430.3362545268899
1.6859-1.72510.3361380.312826302768100
1.7251-1.76820.28341360.286726002736100
1.7682-1.81610.3261270.273426052732100
1.8161-1.86950.29731430.252626022745100
1.8695-1.92980.26421310.238926362767100
1.9298-1.99880.25591230.229426382761100
1.9988-2.07880.22951380.21626072745100
2.0788-2.17350.23381160.206926282744100
2.1735-2.2880.22711450.19926282773100
2.288-2.43140.23191540.19862616277099
2.4314-2.61910.2221480.19272629277799
2.6191-2.88260.20271520.19222606275899
2.8826-3.29970.22141390.18372637277698
3.2997-4.15680.16821590.1582622278198
4.1568-46.43840.18221330.1632757289097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4151-0.1159-0.26742.70630.81731.94330.0145-0.5020.03330.2274-0.14090.22310.08770.11710.14630.2576-0.02350.02870.3462-0.07570.194310.982839.197822.5978
22.2677-0.2719-0.45093.10620.78161.367-0.0069-0.31240.26680.06140.0050.002-0.20720.14470.02850.2547-0.04330.0050.2634-0.08010.168513.42445.845418.7842
34.3843-0.7265-1.66733.26581.22152.32-0.22550.1538-0.7375-0.0402-0.10050.11930.08880.00520.07410.1969-0.00050.03590.1643-0.05510.309719.762321.12683.8743
47.06432.9135-5.05431.2404-2.40646.42460.3589-0.26250.7923-1.1214-0.1862-1.7609-1.21851.1264-0.13060.5588-0.11610.1340.3704-0.04480.805118.71350.49265.6616
55.3417-2.5545-1.87161.94550.62475.51550.53670.1690.9318-0.8126-0.5386-0.2289-0.62360.032-0.03750.50170.06310.04860.33210.02210.485814.28444.92781.7021
64.5726-0.7536-0.76592.7036-1.99027.1139-0.42581.01440.4953-1.38690.10071.5207-0.4185-1.24590.20320.61260.0618-0.28360.6035-0.03880.57753.857641.6919-1.6326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 121 )A33 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 122 through 234 )A122 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 235 through 384 )A235 - 384
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 453 through 458 )B453 - 458
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 459 through 477 )B459 - 477
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 478 through 491 )B478 - 491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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