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- PDB-5kxp: Hen Egg White Lysozyme at 278K, Data set 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kxp
タイトルHen Egg White Lysozyme at 278K, Data set 2
要素Lysozyme C
キーワードISOMERASE / Conformational variation / Radiation damage
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Russi, S. / Gonzalez, A. / Kenner, L.R. / Keedy, D.A. / Fraser, J.S. / van den Bedem, H.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110580 米国
National Science Foundation (NSF, United States)STC-1231306 米国
引用ジャーナル: J Synchrotron Radiat / 年: 2017
タイトル: Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
著者: Russi, S. / Gonzalez, A. / Kenner, L.R. / Keedy, D.A. / Fraser, J.S. / van den Bedem, H.
履歴
登録2016年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3542
ポリマ－14,3311
非ポリマー231
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.145, 79.145, 37.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (1.0 M SODIUM CHLORIDE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5) AND PROTEIN (40-60 MG/ML)

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.21549 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.21549 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.198→31.41 Å / Num. all: 35868 / Num. obs: 35868 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.127 / Rsym value: 0.109 / Net I/av σ(I): 1.945 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 125334
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.2-1.263.10.5191.31458747750.3120.6120.5192.286.8
1.26-1.343.40.35421731950270.2050.4120.3543.696.5
1.34-1.433.50.2462.61641446680.1420.2860.2465.395.3
1.43-1.553.60.1873.11559942930.1070.2170.1878.293.9
1.55-1.693.60.1463.61448239810.0840.170.14611.394.2
1.69-1.893.60.12441317236890.0710.1440.12414.296
1.89-2.193.60.1094.31185632620.0610.1260.10917.295.6
2.19-2.683.60.14.8999327600.0550.1150.118.795.5
2.68-3.793.60.0974.1783021730.0570.1130.09719.594.7
3.79-31.413.30.14.4408212400.0590.1180.118.193.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2BLX

2blx


解像度: 1.2→31.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 0.945 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1965 1798 5 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
obs0.1634 34044 93.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.51 Å2 / Biso mean: 14.225 Å2 / Biso min: 6.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→31.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 1 84 1086
Biso mean--19.49 26.72 -
残基数----129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5051.9082765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3293.0064118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1825270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.04224.08693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75515318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9951514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4011.255967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3581.252966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1651.8961273
LS精密化 シェル解像度: 1.198→1.229 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 121 -
Rwork0.258 2058 -
all-2179 -
obs--77.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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