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万見
- PDB-5kx9: Selective Small Molecule Inhibition of the FMN Riboswitch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kx9
タイトルSelective Small Molecule Inhibition of the FMN Riboswitch
要素(FMN Riboswitch) x 2
キーワードRNA/inhibitor / RNA / TRANSLATION / RNA-inhibitor complex
機能・相同性Chem-6YG / : / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fischmann, T.O.
引用
ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2016
タイトル: Atomic resolution mechanistic studies of ribocil: A highly selective unnatural ligand mimic of the E. coli FMN riboswitch.
著者: Howe, J.A. / Xiao, L. / Fischmann, T.O. / Wang, H. / Tang, H. / Villafania, A. / Zhang, R. / Barbieri, C.M. / Roemer, T.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Selective small-molecule inhibition of an RNA structural element.
著者: Howe, J.A. / Wang, H. / Fischmann, T.O. / Balibar, C.J. / Xiao, L. / Galgoci, A.M. / Malinverni, J.C. / Mayhood, T. / Villafania, A. / Nahvi, A. / Murgolo, N. / Barbieri, C.M. / Mann, P.A. / ...著者: Howe, J.A. / Wang, H. / Fischmann, T.O. / Balibar, C.J. / Xiao, L. / Galgoci, A.M. / Malinverni, J.C. / Mayhood, T. / Villafania, A. / Nahvi, A. / Murgolo, N. / Barbieri, C.M. / Mann, P.A. / Carr, D. / Xia, E. / Zuck, P. / Riley, D. / Painter, R.E. / Walker, S.S. / Sherborne, B. / de Jesus, R. / Pan, W. / Plotkin, M.A. / Wu, J. / Rindgen, D. / Cummings, J. / Garlisi, C.G. / Zhang, R. / Sheth, P.R. / Gill, C.J. / Tang, H. / Roemer, T.
履歴
登録2016年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32023年2月22日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: FMN Riboswitch
Y: FMN Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,30314
ポリマ－35,5482
非ポリマー75412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area15830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.280, 71.280, 138.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 FMN Riboswitch


分子量: 17455.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Fusobacterium nucleatum (バクテリア) / 参照: GenBank: 777193512
#2: RNA鎖 FMN Riboswitch


分子量: 18092.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Fusobacterium nucleatum (バクテリア) / 参照: GenBank: 777193512
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-6YG / (6P)-2-{(3S)-1-[(2-methoxypyrimidin-5-yl)methyl]piperidin-3-yl}-6-(thiophen-2-yl)pyrimidin-4-ol


分子量: 383.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N5O2S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M NA ACETATE, PH 5.0, 0.2 M MGCL2, 7 TO 11% V/V PEG 4K
PH範囲: 4.5-6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.03 Å / Num. obs: 9428 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 101.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.799 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACK0.1.27データスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5C45

5c45


解像度: 2.9→37.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9366 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.378
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 458 4.86 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2177 9425 98.89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 98.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5062 Å20 Å20 Å2
2--3.5062 Å20 Å2
3----7.0124 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.477 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→37.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2321 38 0 2359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012628HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.764090HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d546SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes110HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2628HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion432SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2622SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.24 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3088 134 5.04 %
Rwork0.2607 2526 -
all0.2629 2660 -
obs--98.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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