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- PDB-5kwy: Structure of human NPC1 middle lumenal domain bound to NPC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kwy
タイトルStructure of human NPC1 middle lumenal domain bound to NPC2
要素
  • Epididymal secretory protein E1
  • Niemann-Pick C1 protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human protein complex / NPC1 / NPC2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of isoprenoid metabolic process / glycolipid transport / intracellular sterol transport / cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption ...regulation of isoprenoid metabolic process / glycolipid transport / intracellular sterol transport / cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / phospholipid transport / bile acid metabolic process / programmed cell death / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / establishment of protein localization to membrane / adult walking behavior / cholesterol efflux / lysosomal transport / cholesterol binding / negative regulation of macroautophagy / cellular response to steroid hormone stimulus / protein glycosylation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / response to cadmium ion / negative regulation of TORC1 signaling / neurogenesis / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / cholesterol homeostasis / liver development / macroautophagy / response to virus / autophagy / endocytosis / azurophil granule lumen / late endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / nuclear envelope / signaling receptor activity / virus receptor activity / gene expression / lysosome / membrane raft / symbiont entry into host cell / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Npc2 like, ML domain / Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / NPC1-like / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain ...Npc2 like, ML domain / Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / NPC1-like / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLEST-5-EN-3-YL HYDROGEN SULFATE / NPC intracellular cholesterol transporter 1 / NPC intracellular cholesterol transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.405 Å
データ登録者Li, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Clues to the mechanism of cholesterol transfer from the structure of NPC1 middle lumenal domain bound to NPC2.
著者: Li, X. / Saha, P. / Li, J. / Blobel, G. / Pfeffer, S.R.
履歴
登録2016年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Niemann-Pick C1 protein
B: Niemann-Pick C1 protein
C: Epididymal secretory protein E1
D: Epididymal secretory protein E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,61410
ポリマ－85,7964
非ポリマー1,8186
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area33960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.956, 109.686, 154.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Niemann-Pick C1 protein


分子量: 28234.248 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 374-620 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPC1 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: O15118
#2: タンパク質 Epididymal secretory protein E1 / Human epididymis-specific protein 1 / He1 / Niemann-Pick disease type C2 protein


分子量: 14663.812 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 20-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPC2, HE1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61916
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-C3S / CHOLEST-5-EN-3-YL HYDROGEN SULFATE / CHOLESTEROL-SULFATE / コレステロ-ル硫酸


分子量: 466.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH6.5, 0.1M NaCl, 30% (v/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 32184 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.14
反射 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.594

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F1B, 1NEP

5f1b

1nep


解像度: 2.405→44.725 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 1631 5.07 %
Rwork0.1939 --
obs0.1967 32141 97.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.405→44.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5631 0 120 105 5856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6848139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5263565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4055-2.47630.40671480.30342187X-RAY DIFFRACTION86
2.4763-2.55620.3911500.30362487X-RAY DIFFRACTION97
2.5562-2.64750.31831430.27352551X-RAY DIFFRACTION99
2.6475-2.75350.32271420.2592562X-RAY DIFFRACTION100
2.7535-2.87880.31791130.25682585X-RAY DIFFRACTION100
2.8788-3.03060.31461250.22582576X-RAY DIFFRACTION99
3.0306-3.22040.29971390.23062620X-RAY DIFFRACTION100
3.2204-3.4690.24481290.21232561X-RAY DIFFRACTION99
3.469-3.81790.26221190.1832619X-RAY DIFFRACTION99
3.8179-4.36990.21991260.15642596X-RAY DIFFRACTION98
4.3699-5.50410.19631420.14352570X-RAY DIFFRACTION97
5.5041-44.73280.19011550.16512596X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20670.1799-0.0730.8273-0.44290.18780.29610.09860.07910.0238-0.20810.11030.1899-0.3937-0.00150.2786-0.0456-0.00580.5561-0.13520.4031-30.9405-16.483937.1194
20.69870.05970.3027-0.0205-0.00630.38770.25070.40750.1027-0.0194-0.2951-0.11880.1232-0.2334-00.2788-0.01430.05820.3790.02460.2651-19.5517-16.746932.8231
30.04820.0757-0.04420.1119-0.05840.03110.1427-0.13220.33330.2575-0.0359-0.8196-0.4188-0.185700.53230.09780.05390.32230.07050.4562-36.58038.349542.5371
4-0.0146-0.03860.01530.2269-0.32320.3916-0.1116-0.0770.2326-0.01420.39-0.34220.0216-0.23060.00940.2490.01850.04370.3823-0.05250.3637-24.9348-4.878748.1233
50.3541-0.1871-0.19130.09440.19910.36640.09040.02150.0103-0.0896-0.1082-0.1184-0.08940.1748-00.335-0.05220.0770.22490.03370.3485-11.0436-16.967239.0894
60.2448-0.04190.02990.006-0.19710.4493-0.01270.1096-0.19530.27380.0885-0.03910.1773-0.137600.2941-0.06270.04780.2496-0.02020.3255-21.8051-19.795343.9415
7-0.00220.0088-0.02870.2879-0.23350.1571-0.27240.14330.72420.33980.6333-0.07780.1888-0.39380.13570.35760.12610.07140.4353-0.00680.5242-37.6674-5.256748.6955
80.1065-0.11460.07420.13640.03340.0674-0.30590.0611-0.0433-0.04020.06750.4251-0.5676-0.109-0.00020.37380.13020.01840.5214-0.02880.5603-41.27350.921139.9737
90.13830.1440.06490.08040.11440.0525-0.03430.21910.0344-0.23250.11030.1114-0.5514-0.21020.00010.30310.0042-0.00970.7284-0.03980.4598-36.5075-10.688331.1152
100.096-0.11180.03010.0396-0.0007-0.0125-0.0463-0.02530.3259-0.0706-0.14180.0920.56580.6926-0.00010.59820.08430.1280.5972-0.03830.50247.1287-5.704213.3761
110.69470.4042-0.06260.732-0.14610.87050.02850.10350.17610.0337-0.19950.17580.0843-0.4726-00.311-0.03760.01090.3564-0.04090.2841-18.07993.629421.6858
12-0.06210.01230.06150.10210.0142-0.0541-0.02630.2272-0.10690.37260.0592-0.10920.4552-0.2634-0.00440.3995-0.12740.06690.331-0.06870.2704-13.7025-11.769314.1782
130.57250.0484-0.58210.60670.47451.1649-0.08350.10070.0087-0.03980.0233-0.01940.03120.026600.2954-0.01770.00050.2189-0.00950.2494-9.45183.863520.7347
140.2592-0.05470.76310.7685-0.27672.2317-0.26210.339-0.5341-0.51840.52830.136-0.0619-0.70160.82250.5887-0.40290.02280.5872-0.18480.3846-25.4203-14.17645.9949
150.1202-0.24120.24430.4397-0.49780.6128-0.13730.2949-0.3491-0.04910.3130.0596-0.0785-0.64150.05790.3184-0.2501-0.05890.6755-0.03870.4622-29.9734-3.782610.4258
160.05090.00520.010.09810.07450.09650.4194-0.18170.04750.1453-0.12-0.15880.4017-0.510200.363-0.0652-0.02980.45780.0310.4085-11.07647.765759.7215
170.3627-0.18060.34640.58430.35060.6713-0.0994-0.2764-0.0128-0.0859-0.08480.0034-0.2437-0.7676-0.00110.32980.087-0.01240.5066-0.0070.2529-11.897215.857360.4182
180.31750.18910.06170.09850.06650.0052-0.1373-0.1408-0.07380.2947-0.1739-0.3254-0.526-0.0837-0.1050.54390.1007-0.05660.2777-0.1130.2654-2.20821.351460.4933
190.92510.04040.52530.4060.42480.5598-0.1323-0.41560.06710.11720.0899-0.0227-0.5622-0.660200.47810.1732-0.01460.5174-0.00790.3693-10.629819.730864.7426
200.72470.3164-0.29220.1009-0.05410.2062-0.2376-0.04180.1369-0.0487-0.1813-0.13790.11170.1333-0.00010.39640.0345-0.02980.4018-0.03060.3529-6.87514.759657.0948
210.2106-0.1214-0.19840.26130.04930.1830.04960.63950.1395-0.0303-0.0034-0.34950.3656-0.223900.36820.1130.04030.5172-0.00980.42578.8064-21.605114.1088
220.9271-0.5452-0.02580.30080.19290.8028-0.05350.8848-0.145-0.0964-0.0051-0.00230.1601-0.2281-0.00860.31640.0770.02860.524-0.1470.39158.4419-29.393213.9736
230.7983-0.16730.25850.280.17750.26770.1647-0.1889-0.12170.34150.183-0.38250.77890.29480.28030.40780.1177-0.00030.1561-0.05890.442914.9187-32.52723.5916
240.1679-0.1772-0.11060.13710.06190.1224-0.11680.4947-0.4434-0.25870.0048-0.2910.33430.2665-00.49410.10380.08050.6164-0.10640.497917.5594-29.40288.6791
250.2633-0.2439-0.01260.2582-0.25190.1589-0.19310.4155-0.19250.24060.21430.040.60150.4614-0.00020.41940.05120.03180.4437-0.10270.397311.9614-30.564523.3466
260.78210.21240.39570.04140.05130.19530.2573-0.1330.00290.2882-0.3393-0.1682-0.0002-0.0542-0.03020.24910.09060.05690.14260.01010.43793.8943-29.824821.378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 400:420 )A400 - 420
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 421:452 )A421 - 452
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 453:466 )A453 - 466
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 467:488 )A467 - 488
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 489:526 )A489 - 526
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 527:560 )A527 - 560
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 561:573 )A561 - 573
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 574:593 )A574 - 593
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 594:607 )A594 - 607
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 378:397 )B378 - 397
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 398:452 )B398 - 452
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 453:495 )B453 - 495
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 496:573 )B496 - 573
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 574:592 )B574 - 592
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 593:613 )B593 - 613
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 20:31 )C20 - 31
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 32:78 )C32 - 78
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 79:94 )C79 - 94
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 95:122 )C95 - 122
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 123:152 )C123 - 152
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 20:40 )D20 - 40
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 41:70 )D41 - 70
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 71:94 )D71 - 94
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 95:115 )D95 - 115
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 116:136 )D116 - 136
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 137:151 )D137 - 151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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