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- PDB-5kvt: THE STRUCTURE OF TRKA KINASE DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR ENTRECTINIB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvt
タイトルTHE STRUCTURE OF TRKA KINASE DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR ENTRECTINIB
要素High affinity nerve growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE-TRANSFER complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotrophin p75 receptor binding / behavioral response to formalin induced pain / olfactory nerve development / response to hydrostatic pressure / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / programmed cell death involved in cell development / neurotrophin receptor activity / mechanoreceptor differentiation ...neurotrophin p75 receptor binding / behavioral response to formalin induced pain / olfactory nerve development / response to hydrostatic pressure / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / programmed cell death involved in cell development / neurotrophin receptor activity / mechanoreceptor differentiation / nerve growth factor receptor activity / neurotrophin binding / GPI-linked ephrin receptor activity / axonogenesis involved in innervation / nerve growth factor signaling pathway / nerve growth factor binding / Sertoli cell development / Retrograde neurotrophin signalling / sympathetic nervous system development / NGF-independant TRKA activation / Signalling to p38 via RIT and RIN / ARMS-mediated activation / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of synapse assembly / PI3K/AKT activation / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / Frs2-mediated activation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of GTPase activity / response to electrical stimulus / Signalling to RAS / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron development / response to axon injury / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / B cell differentiation / response to nutrient levels / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / receptor protein-tyrosine kinase / circadian rhythm / positive regulation of neuron projection development / cellular response to nerve growth factor stimulus / cellular response to nicotine / kinase binding / recycling endosome membrane / positive regulation of angiogenesis / neuron projection development / late endosome membrane / late endosome / protein autophosphorylation / neuron apoptotic process / protein tyrosine kinase activity / early endosome membrane / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / learning or memory / early endosome / endosome membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to xenobiotic stimulus / axon / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Leucine rich repeat / : / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Entrectinib / High affinity nerve growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Jin, L. / Yan, S. / Wei, G. / Li, G. / Harris, J. / Vernier, J.-M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Antitumor Activity and Safety of the Pan-TRK, ROS1, and ALK inhibitor Entrectinib (RXDX-101): Combined Results from Two Phase I Trials
著者: Drilon, A.
履歴
登録2016年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High affinity nerve growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1613
ポリマ－33,5091
非ポリマー6532
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.900, 75.900, 111.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-902-

HOH

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要素

#1: タンパク質 High affinity nerve growth factor receptor / Neurotrophic tyrosine kinase receptor type 1 / TRK1-transforming tyrosine kinase protein / ...Neurotrophic tyrosine kinase receptor type 1 / TRK1-transforming tyrosine kinase protein / Tropomyosin-related kinase A / Tyrosine kinase receptor / Tyrosine kinase receptor A / Trk-A / gp140trk / p140-TrkA


分子量: 33508.656 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 501-787) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTRK1, MTC, TRK, TRKA / プラスミド: pFastbac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P04629, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-YMX / Entrectinib / エントレクチニブ


分子量: 560.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H34F2N6O2 / コメント: 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 % / 解説: THIN AND LONG RODS (MAX. 0.05x0.05x0.4 mm^3)
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, WELL SOLUTION: 0.1M BIS-TRIS, PH6.5, 2.6-3.0M AMMONIUMACETATE TEMPERATURE 277K
PH範囲: 6.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo-nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日 / 詳細: PHI oscillation
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→65.73 Å / Num. obs: 13472 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 57.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
iMOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
BALBES0.0.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 4PMP

4pmp


解像度: 2.45→65.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 9.835 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.256 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23856 660 4.9 %RANDOM
Rwork0.19249 ---
obs0.19478 12781 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→65.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2299 0 47 11 2357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9243268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8642.9755265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3725287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05322.328116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.48115400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.191523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.8186.1481148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.7936.1471147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.9669.1961432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.9679.1981433
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7446.5391269
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7446.5391269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.059.5661836
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.02646.8432643
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.02446.8472644
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 44 -
Rwork0.302 933 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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