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万見
- PDB-5kvf: Zika specific antibody, ZV-64, bound to ZIKA envelope DIII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvf
タイトルZika specific antibody, ZV-64, bound to ZIKA envelope DIII
要素
  • ZV-64 Antibody Fab Heavy Chain
  • ZV-64 Antibody Fab Light Chain
  • Zika envelope DIII
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Zika virus / envelope protein / viral protein / structural genomics / antibody / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / molecular adaptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / centrosome / symbiont entry into host cell / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Zhao, H. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Zika Virus-Specific Antibody Protection.
著者: Zhao, H. / Fernandez, E. / Dowd, K.A. / Speer, S.D. / Platt, D.J. / Gorman, M.J. / Govero, J. / Nelson, C.A. / Pierson, T.C. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年8月24日Group: Database references
改定 2.02024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Zika envelope DIII
L: ZV-64 Antibody Fab Light Chain
H: ZV-64 Antibody Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6058
ポリマ－60,1443
非ポリマー4605
水12,178676
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.680, 92.160, 96.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Zika envelope DIII


分子量: 11935.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 589-697 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: French Polynesia H/PF/2013 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: A0A024B7W1, UniProt: A0A0X8GJ44*PLUS
#2: 抗体 ZV-64 Antibody Fab Light Chain


分子量: 24420.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA MONOCLONAL ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6, Irf3 knockout
#3: 抗体 ZV-64 Antibody Fab Heavy Chain


分子量: 23787.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA MONOCLONAL ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6, Irf3 knockout
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate and 22% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→19.743 Å / Num. obs: 105012 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 13.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 19.68
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.4-1.441.4621.750.5821100
1.44-1.481.1822.260.7081100
1.48-1.520.932.860.7741100
1.52-1.570.7573.450.8421100
1.57-1.620.584.370.8921100
1.62-1.670.465.650.931100
1.67-1.740.3696.960.9581100
1.74-1.810.2699.720.9771100
1.81-1.890.19613.080.9881100
1.89-1.980.13717.920.9941100
1.98-2.090.10123.590.9961100
2.09-2.210.08227.90.9981100
2.21-2.370.07131.360.9981100
2.37-2.560.0635.660.9991100
2.56-2.80.04941.870.9991100
2.8-3.130.03852.750.9991100
3.13-3.610.03262.8511100
3.61-4.430.02974.590.999199.9
4.43-6.260.02773.431199.8
6.260.02868.130.999195

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.4→19.743 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1865 5325 5.08 %
Rwork0.1538 --
obs0.1554 104915 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.09 Å2 / Biso mean: 21.4647 Å2 / Biso min: 7.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→19.743 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4181 0 38 676 4895
Biso mean--31.74 33.06 -
残基数----546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8485934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005745
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9621586
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.4-1.41590.30141760.260332863462
1.4159-1.43260.32661910.24732573448
1.4326-1.450.28291860.230732663452
1.45-1.46840.26281860.218732473433
1.4684-1.48770.28172010.214132993500
1.4877-1.50810.24131680.210232743442
1.5081-1.52960.25641980.194132873485
1.5296-1.55240.23291880.194132653453
1.5524-1.57670.2531600.179532913451
1.5767-1.60250.22771800.170532843464
1.6025-1.63010.19211950.164632703465
1.6301-1.65980.23891660.164533073473
1.6598-1.69170.24241700.162633083478
1.6917-1.72620.21781830.162132563439
1.7262-1.76370.18581590.147633513510
1.7637-1.80470.20441620.141133243486
1.8047-1.84980.18132010.138832843485
1.8498-1.89980.20011460.136433163462
1.8998-1.95560.19011520.137333433495
1.9556-2.01870.19211910.136633153506
2.0187-2.09080.15831570.132433293486
2.0908-2.17440.14391560.133333223478
2.1744-2.27320.18061720.134333423514
2.2732-2.39280.18881990.144533363535
2.3928-2.54250.18091860.148533143500
2.5425-2.73830.19021920.154133673559
2.7383-3.0130.15061670.145133653532
3.013-3.4470.16071450.145734273572
3.447-4.33530.16131730.137234363609
4.3353-19.7450.16042190.166835223741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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