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Yorodumi- PDB-5kuy: Influenza hemagglutinin H3 A/Hong Kong/1/1968 in complex with des... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kuy | |||||||||
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Title | Influenza hemagglutinin H3 A/Hong Kong/1/1968 in complex with designed inhibitor protein HSB.2A | |||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / Influenza / inhibitor / complex / design | |||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Influenza A virus synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.598 Å | |||||||||
Authors | Bernard, S.M. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat. Biotechnol. / Year: 2017 Title: Computational design of trimeric influenza-neutralizing proteins targeting the hemagglutinin receptor binding site. Authors: Strauch, E.M. / Bernard, S.M. / La, D. / Bohn, A.J. / Lee, P.S. / Anderson, C.E. / Nieusma, T. / Holstein, C.A. / Garcia, N.K. / Hooper, K.A. / Ravichandran, R. / Nelson, J.W. / Sheffler, W. ...Authors: Strauch, E.M. / Bernard, S.M. / La, D. / Bohn, A.J. / Lee, P.S. / Anderson, C.E. / Nieusma, T. / Holstein, C.A. / Garcia, N.K. / Hooper, K.A. / Ravichandran, R. / Nelson, J.W. / Sheffler, W. / Bloom, J.D. / Lee, K.K. / Ward, A.B. / Yager, P. / Fuller, D.H. / Wilson, I.A. / Baker, D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kuy.cif.gz | 686.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5kuy.ent.gz | 569.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kuy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5kuy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5kuy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5kuxC 4fnkS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Hemagglutinin ... , 2 types, 6 molecules ACEBDF
#1: Protein | Mass: 35506.949 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q91MA7 #2: Protein | Mass: 20284.391 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: R452G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q91MA7 |
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-Protein / Non-polymers , 2 types, 473 molecules GHI
#3: Protein | Mass: 10861.091 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Sugars , 3 types, 12 molecules
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.91 Å3/Da / Density % sol: 68.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 10% PEG 6000, 100 mM MES pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.033 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 18, 2015 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.598→48.134 Å / Num. obs: 95012 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.4 % / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.69 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.831 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FNK Resolution: 2.598→48.134 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.61 / Stereochemistry target values: ML Details: Density for the third HSB copy was clearly observable at the third RBS and a copy was manually placed by superimposing an HA-HSB complex from within the model. The position of the manually ...Details: Density for the third HSB copy was clearly observable at the third RBS and a copy was manually placed by superimposing an HA-HSB complex from within the model. The position of the manually placed copy was further optimized by rigid body fitting within the FO-FC map in COOT and rigid body refinement in Phenix. The model was refined through iterative rounds of model building in COOT and refinement in Phenix. Several regions of the third copy of HSB are poorly ordered. The final model contains regions of the protein with 2FO-FC density for backbone atoms at 1.0 sigma.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.598→48.134 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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