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- PDB-5kum: Crystal Structure of Inward Rectifier Kir2.2 K62W Mutant In Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kum
タイトルCrystal Structure of Inward Rectifier Kir2.2 K62W Mutant In Complex with PIP2
要素ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
キーワードMETAL TRANSPORT / Kir 2.2 K62W mutant structure
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization ...Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-PIO / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lee, S.-J. / Ren, F. / Heyman, S. / Yuan, P. / Nichols, C.G.
引用ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of control of inward rectifier Kir2 channel gating by bulk anionic phospholipids.
著者: Lee, S.J. / Ren, F. / Zangerl-Plessl, E.M. / Heyman, S. / Stary-Weinzinger, A. / Yuan, P. / Nichols, C.G.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,96111
ポリマ－39,4191
非ポリマー1,54210
水68538
1
A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子

A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子

A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子

A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,84344
ポリマ－157,6754
非ポリマー6,16840
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area30410 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area54460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.303, 81.303, 183.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

K

21A-403-

K

31A-404-

K

41A-405-

K

51A-406-

K

61A-407-

K

71A-408-

K

81A-409-

K

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要素

#1: タンパク質 ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12 / Inward rectifier K(+) channel Kir2.2 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 12


分子量: 39418.754 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38-369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: KCNJ12 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F1NHE9
#2: 化合物 ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Hepes, KCl, PEG 400 / PH範囲: 6.3-6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→91.95 Å / Num. obs: 14556 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.65
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / CC1/2: 0.769 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KUK

5kuk


解像度: 2.8→91.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 16.573 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25823 713 4.9 %RANDOM
Rwork0.19757 ---
obs0.20051 13843 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.37 Å20 Å20 Å2
2--4.37 Å20 Å2
3----8.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→91.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2612 0 58 38 2708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192725
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.9693703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75835930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1645325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12423.548124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.85915459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2031518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02639
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3097.2481303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2987.2461302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.69610.8661627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.69410.871628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2927.9191422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2927.921423
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.03511.7222077
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.19658.8023167
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.14758.8293162
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.797→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 55 -
Rwork0.352 1029 -
obs--98.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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