PDB-5ku7: Crystal structure of the TIR domain from the Muscadinia rotundifo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ku7

タイトル

Crystal structure of the TIR domain from the Muscadinia rotundifolia disease resistance protein RPV1

要素

TIR-NB-LRR type resistance protein RPV1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / TIR domain / plant NLR

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of programmed cell death / defense response to fungus / ADP binding / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vitis rotundifolia (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Williams, S.J. / Ericsson, D.J. / Kobe, B.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2016
タイトル: Structure and Function of the TIR Domain from the Grape NLR Protein RPV1.
著者: Williams, S.J. / Yin, L. / Foley, G. / Casey, L.W. / Outram, M.A. / Ericsson, D.J. / Lu, J. / Boden, M. / Dry, I.B. / Kobe, B.

履歴

登録	2016年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ku7.cif.gz	154.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ku7.ent.gz	123.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ku7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5ku7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5ku7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4csrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1q21-1 4ell-1 4ygi-1 4cnb-2 3q3x-d 5fzy-1 4qpd-2 2zu1-d 4qm6-d 2vb0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (8) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (3)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (8)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TIR-NB-LRR type resistance protein RPV1

B: TIR-NB-LRR type resistance protein RPV1

ヘテロ分子

41.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.855, 89.117, 113.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	TIR-NB-LRR type resistance protein RPV1 分子量: 20743.279 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis rotundifolia (植物) / 遺伝子: RPV1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V9M2S5
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 16% PEG3350, 0.1M Tris pH 8.5 and 2% Tacsimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→35.947 Å / Num. obs: 19672 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.5 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.784 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4csr

4csr

解像度: 2.3→35.947 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	1963	10 %
R_work	0.1799	-	-
obs	0.1853	19625	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2810	0	14	34	2858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2891
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.03	3894
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.837	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3575	0.2864	138	0.2428	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3575-2.4212	0.2962	137	0.2212	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4212-2.4925	0.291	138	0.2338	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4925-2.5729	0.2802	137	0.2309	1232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5729-2.6648	0.2718	138	0.2229	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6648-2.7715	0.2803	140	0.2125	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7715-2.8976	0.2864	138	0.2059	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8976-3.0503	0.2955	137	0.216	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0503-3.2413	0.2584	140	0.1937	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2413-3.4913	0.2444	142	0.1834	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4913-3.8423	0.2421	139	0.1758	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8423-4.3974	0.1941	142	0.1448	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3974-5.5371	0.178	144	0.1453	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5371-35.9514	0.2029	153	0.1601	1371	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0405	0.4064	-0.0601	4.4378	0.2331	2.5124	0.0184	-0.1348	0.0747	0.164	0.0101	-0.2717	-0.0009	0.3121	-0.0329	0.295	-0.0139	-0.0256	0.3993	-0.0258	0.376	43.7273	27.2291	59.3363
2	3.0534	0.7215	0.2578	4.8423	-0.2459	3.4993	-0.0274	-0.5727	-0.1767	0.4416	-0.0664	-0.2289	0.262	0.2692	0.0928	0.3232	0.045	0.0004	0.3909	0.0198	0.2742	42.2129	18.7294	69.5324
3	0.9729	0.3791	-1.2793	2.0921	-3.2166	6.6133	0.3483	-0.9255	-0.3027	0.4187	-0.1768	-1.2819	0.1841	1.1191	-0.0777	0.7029	0.1187	-0.137	0.7388	0.1763	0.7265	50.1474	9.8498	74.3709
4	5.2249	-4.2757	4.0412	4.6011	-4.9339	7.2166	-0.1087	-0.676	-0.5562	0.2545	0.31	0.6042	0.026	-0.4658	-0.202	0.3862	-0.0438	0.0693	0.4173	0.0394	0.3795	30.6726	20.5989	68.3136
5	4.602	3.9226	3.5299	8.5586	6.0587	4.8618	-0.065	-0.1554	0.1891	0.2763	-0.2264	0.2692	-0.2247	-0.591	0.2792	0.3227	0.0224	0.0267	0.2432	0.0323	0.3297	32.1689	37.139	69.0303
6	3.0454	1.1893	-0.6199	2.6503	0.6378	1.3123	-0.1125	-0.0788	0.1161	-0.1865	0.001	0.2292	0.0575	-0.3139	0.1355	0.2638	-0.0197	-0.0552	0.3858	-0.0204	0.347	17.2482	29.5048	43.9049
7	4.6855	-1.3374	0.159	6.2286	-0.9084	4.5314	0.0126	0.8127	0.0236	-0.4465	-0.1954	0.5242	0.1123	-0.3397	0.1031	0.3857	-0.0421	-0.0746	0.6282	-0.0993	0.4456	16.6483	23.2921	33.8062
8	2.1905	0.7138	0.3037	2.9603	0.9172	1.5415	-0.2446	0.9087	-0.4099	-0.6793	0.0882	0.1102	0.2898	-0.1948	-0.0911	0.5113	-0.0828	-0.0054	0.5584	-0.1778	0.3863	22.7892	17.8952	31.6441
9	6.9787	-5.2483	4.0801	9.6552	-5.0752	8.0593	0.4196	0.8426	0	-0.1186	-0.4544	-0.6451	0.2113	0.5573	-0.0194	0.2996	-0.0092	-0.0059	0.408	-0.0935	0.4567	36.8003	28.1465	45.302
10	8.1567	-0.0567	0.9671	6.3589	-0.1557	2.8771	-0.2757	1.2844	0.5596	-0.6613	0.2418	-0.4768	-0.6772	0.0613	-0.0843	0.3642	-0.0106	-0.035	0.3037	0.0334	0.3815	29.109	41.9267	37.2196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 22:68)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 69:141)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 142:149)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 150:171)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 172:192)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 22:83)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 84:109)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 110:165)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 166:178)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 179:188)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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