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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ksi
タイトルCrystal structure of deoxygenated hemoglobin in complex with sphingosine phosphate and 2,3-Bisphosphoglycerate
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / Sphingosine-1-phosphate / Complex / ALLOSTERIC EFFECTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / platelet aggregation / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-diphosphoglyceric acid / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-S1P / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ahmed, M.H. / Safo, M.K. / Xia, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)MD009124 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA16059 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2017
タイトル: Structural and Functional Insight of Sphingosine 1-Phosphate-Mediated Pathogenic Metabolic Reprogramming in Sickle Cell Disease.
著者: Sun, K. / D'Alessandro, A. / Ahmed, M.H. / Zhang, Y. / Song, A. / Ko, T.P. / Nemkov, T. / Reisz, J.A. / Wu, H. / Adebiyi, M. / Peng, Z. / Gong, J. / Liu, H. / Huang, A. / Wen, Y.E. / Wen, A.Q. ...著者: Sun, K. / D'Alessandro, A. / Ahmed, M.H. / Zhang, Y. / Song, A. / Ko, T.P. / Nemkov, T. / Reisz, J.A. / Wu, H. / Adebiyi, M. / Peng, Z. / Gong, J. / Liu, H. / Huang, A. / Wen, Y.E. / Wen, A.Q. / Berka, V. / Bogdanov, M.V. / Abdulmalik, O. / Han, L. / Tsai, A.L. / Idowu, M. / Juneja, H.S. / Kellems, R.E. / Dowhan, W. / Hansen, K.C. / Safo, M.K. / Xia, Y.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,97615
ポリマ-62,0814
非ポリマー4,89511
14,124784
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13260 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.940, 98.080, 65.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

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非ポリマー , 4種, 795分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-S1P / (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / sphingosine 1-phosphate / りん酸(2S,3R)-2-アミノ-3-ヒドロキシ-4-オクタデセニル


分子量: 379.472 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C18H38NO5P
#5: 化合物 ChemComp-DG2 / (2R)-2,3-diphosphoglyceric acid / 2,3-Bisphosphoglyceric acid / 2,3-bisphosphoglycerate / 2,3-BPG / 2,3-diphosphoglyceric acid / 2,3-diphosphoglycerate / 2,3-DPG / (2~{R})-2,3-diphosphonooxypropanoic acid / 2,3-ジホスホグリセリン酸


分子量: 266.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O10P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5 and 30% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 54124 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.87 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX1.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DN2
解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0
詳細: Author provided the following evidence of direct S1P binding to hemoglobin: S1P beads successfully pulled down HbA from normal human erythrocyte lysates, while sphingosine or lysophosphatidic ...詳細: Author provided the following evidence of direct S1P binding to hemoglobin: S1P beads successfully pulled down HbA from normal human erythrocyte lysates, while sphingosine or lysophosphatidic acid beads failed to pull down Hb. In addition, co-binding of 2,3-DPG and S1P to hemoglobin (Hb) is required for S1P-induced decrease in Hb-O2 affinity. We measured Oxygen Equilibration Curves (OEC) of purified HbA in the presence of 2,3-DPG along with S1P. We found that S1P decreased HbA-O2 binding affinity with increased P50 in a dose-dependent manner. Thus, we provide biochemical and functional evidence that S1P binds directly to Hb but requires cobinding of 2,3-DPG to decrease the protein affinity for O2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 2764 4.8 %
Rwork0.1801 51359 -
obs-54123 93.8 %
溶媒の処理Bsol: 89.8946 Å2
原子変位パラメータBiso max: 74.53 Å2 / Biso mean: 22.7998 Å2 / Biso min: 7.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.667 Å20 Å20 Å2
2---4.465 Å20 Å2
3---2.798 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 286 784 5454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9872
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.762.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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