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- PDB-5kse: Flap endonuclease 1 (FEN1) R100A with 5'-flap substrate DNA and Sm3+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kse
タイトルFlap endonuclease 1 (FEN1) R100A with 5'-flap substrate DNA and Sm3+
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*T)-3')
  • Flap endonuclease 1
キーワードHYDROLASE/DNA / METALLOPROTEIN / REPLICATION / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / BASE EXCISION REPAIR / PROTEIN-DNA / NUCLEASE / FEN / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / telomere maintenance via semi-conservative replication / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / UV protection / DNA replication, removal of RNA primer / Removal of the Flap Intermediate / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand ...flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / telomere maintenance via semi-conservative replication / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / UV protection / DNA replication, removal of RNA primer / Removal of the Flap Intermediate / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / 5'-3' exonuclease activity / exonuclease activity / Early Phase of HIV Life Cycle / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / double-strand break repair via homologous recombination / memory / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease 1 / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap endonuclease 1 / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / 5'-nuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SAMARIUM (III) ION / DNA / DNA (> 10) / Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.105 Å
データ登録者Tsutakawa, S.E. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
資金援助 サウジアラビア, 米国, 2件
組織認可番号国
KAUST サウジアラビア
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)PO1CA92584 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Phosphate steering by Flap Endonuclease 1 promotes 5'-flap specificity and incision to prevent genome instability.
著者: Tsutakawa, S.E. / Thompson, M.J. / Arvai, A.S. / Neil, A.J. / Shaw, S.J. / Algasaier, S.I. / Kim, J.C. / Finger, L.D. / Jardine, E. / Gotham, V.J.B. / Sarker, A.H. / Her, M.Z. / Rashid, F. / ...著者: Tsutakawa, S.E. / Thompson, M.J. / Arvai, A.S. / Neil, A.J. / Shaw, S.J. / Algasaier, S.I. / Kim, J.C. / Finger, L.D. / Jardine, E. / Gotham, V.J.B. / Sarker, A.H. / Her, M.Z. / Rashid, F. / Hamdan, S.M. / Mirkin, S.M. / Grasby, J.A. / Tainer, J.A.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flap endonuclease 1
D: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,72810
ポリマ－50,9374
非ポリマー7916
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.235, 105.235, 104.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

HOH

21A-521-

HOH

31A-644-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Flap endonuclease 1 / FEN-1 / DNase IV / Flap structure-specific endonuclease 1 / Maturation factor 1 / hFEN-1


分子量: 38425.074 Da / 分子数: 1 / 変異: R100A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEN1, RAD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P39748, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 DEF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 5476.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*T)-3')


分子量: 4977.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 2058.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 179分子

#5: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.56 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% mPEG 2000, 20% saturated KCl, 5% ethylene glycol, 100 mM HEPES pH 7.5
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.997 Å / Num. obs: 73363 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 12.67
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible allCC1/2
2.1-2.157.8940.14170.9
2.15-2.216.8070.23199.1
2.21-2.284.9380.37199.90.117
2.28-2.353.2430.58199.90.219
2.35-2.422.1650.84199.90.345
2.42-2.511.5531.2199.90.495
2.51-2.61.0161.74199.90.667
2.6-2.710.6352.9511000.872
2.71-2.830.4274.211000.908
2.83-2.970.2616.4611000.972
2.97-3.130.15210.13199.80.985
3.13-3.320.08817.2199.90.995
3.32-3.550.06123.98199.90.997
3.55-3.830.04631.07199.90.998
3.83-4.20.03736.76199.70.999
4.2-4.690.03244.84199.90.999
4.69-5.420.02947.0211000.999
5.42-6.640.02845.9199.70.999
6.64-9.390.02254.69199.90.999
9.39-36.9970.01858.26197.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2383: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.105→36.997 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 32.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 3837 5.71 %
Rwork0.2075 --
obs0.2096 67226 89.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.105→36.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2693 813 6 173 3685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5225106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9381462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1046-2.13130.3838420.4698595X-RAY DIFFRACTION24
2.1313-2.15930.4246670.39341183X-RAY DIFFRACTION44
2.1593-2.18890.4184710.37111174X-RAY DIFFRACTION45
2.1889-2.22020.4077760.39041371X-RAY DIFFRACTION53
2.2202-2.25330.37561160.36371957X-RAY DIFFRACTION75
2.2533-2.28850.35131560.37062444X-RAY DIFFRACTION93
2.2885-2.3260.3831580.34462512X-RAY DIFFRACTION98
2.326-2.36610.33941500.33022587X-RAY DIFFRACTION99
2.3661-2.40910.33911600.32482609X-RAY DIFFRACTION100
2.4091-2.45550.32441620.32292597X-RAY DIFFRACTION100
2.4555-2.50560.31431600.32452639X-RAY DIFFRACTION100
2.5056-2.560.35391530.3432598X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.61960.35161440.30632581X-RAY DIFFRACTION100
2.6196-2.68510.29731550.27482633X-RAY DIFFRACTION100
2.6851-2.75760.33871560.26822616X-RAY DIFFRACTION100
2.7576-2.83870.32971620.25542605X-RAY DIFFRACTION100
2.8387-2.93030.30571640.2572596X-RAY DIFFRACTION100
2.9303-3.0350.2841600.2462613X-RAY DIFFRACTION100
3.035-3.15650.28791520.24492604X-RAY DIFFRACTION100
3.1565-3.30010.26161660.22872610X-RAY DIFFRACTION100
3.3001-3.47390.24381580.20792601X-RAY DIFFRACTION100
3.4739-3.69140.24241640.19042588X-RAY DIFFRACTION100
3.6914-3.97610.19011640.17852629X-RAY DIFFRACTION100
3.9761-4.37570.2061570.16022614X-RAY DIFFRACTION100
4.3757-5.00750.19521450.14842616X-RAY DIFFRACTION100
5.0075-6.30390.21171540.17972609X-RAY DIFFRACTION100
6.3039-37.00310.22221650.18352608X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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