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- PDB-5ksb: T15-DQ8.5-glia-gamma1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ksb
タイトルT15-DQ8.5-glia-gamma1 complex
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, DQ ...) x 2
  • DQ8.5-glia-gamma1 peptide
  • T15 TCR alpha TRAV20*02
  • T15 TCR beta TRBV9*01
キーワードIMMUNE SYSTEM / Celiac Disease T cell receptor peptide MHC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / immune system process ...nutrient reservoir activity / MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / immune system process / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / adaptive immune response / endosome membrane / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / : / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal ...Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / : / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 20 / T cell receptor beta variable 9 / MHC class II HLA-DQ-beta-1 / HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / Gamma-gliadin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Petersen, J. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Diverse T Cell Receptor Gene Usage in HLA-DQ8-Associated Celiac Disease Converges into a Consensus Binding Solution.
著者: Petersen, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / Loh, K.L. / Tran, M. / van Bergen, J. / Koning, F. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
E: T15 TCR alpha TRAV20*02
F: T15 TCR beta TRBV9*01
G: T15 TCR alpha TRAV20*02
H: T15 TCR beta TRBV9*01
I: DQ8.5-glia-gamma1 peptide
J: DQ8.5-glia-gamma1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,42616
ポリマ－197,69310
非ポリマー1,7346
水2,936163
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
G: T15 TCR alpha TRAV20*02
H: T15 TCR beta TRBV9*01
J: DQ8.5-glia-gamma1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7138
ポリマ－98,8465
非ポリマー8673
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14180 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area37490 Å2
手法PISA
2
C: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
E: T15 TCR alpha TRAV20*02
F: T15 TCR beta TRBV9*01
I: DQ8.5-glia-gamma1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7138
ポリマ－98,8465
非ポリマー8673
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14090 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area37450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.890, 125.050, 165.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, DQ ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1


分子量: 21501.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01909
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain


分子量: 25827.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19707, UniProt: P08079*PLUS

-
タンパク質 , 2種, 4分子 EGFH

#3: タンパク質 T15 TCR alpha TRAV20*02


分子量: 22878.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J274*PLUS
#4: タンパク質 T15 TCR beta TRBV9*01


分子量: 27421.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A580*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 165分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド DQ8.5-glia-gamma1 peptide


分子量: 1217.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08079*PLUS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 6分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% Tacsimate pH 7.5, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→85 Å / Num. obs: 53672 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 56.06 Å2 / Net I/σ(I): 8.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.9→85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 2.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.716 / SU Rfree Blow DPI: 0.356 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.364
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2710 5.05 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 53672 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.464 Å20 Å20 Å2
2--12.8039 Å20 Å2
3----20.2679 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12831 0 112 163 13106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00813301HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9918151HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5980SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes342HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1929HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13301HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1743SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14156SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 195 5.03 %
Rwork0.259 3679 -
all0.263 3874 -
obs--98.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01040.5769-0.59291.025-0.09942.60120.0811-0.5683-0.11040.4373-0.16990.24920.0353-0.06250.08880.0709-0.19230.09280.0176-0.0378-0.1299-62.5723-21.407830.9544
23.2980.8546-0.29622.0119-0.3931.5030.0751-0.085-0.01340.0747-0.04460.4271-0.1144-0.2862-0.0306-0.1629-0.04290.0862-0.2073-0.08770.1443-72.7309-17.063317.441
31.35490.4310.33412.1550.19841.62320.0498-0.47950.10330.4449-0.135-0.0814-0.05580.08850.0852-0.069-0.135-0.0387-0.103-0.00410.16131.377821.378731.0431
43.15840.20090.19561.669-0.08051.32310.0419-0.12770.05920.1045-0.0967-0.51830.07180.16950.0548-0.1782-0.0495-0.0785-0.24670.04220.218311.524317.080917.5132
53.20840.21141.86650.8377-0.35051.09050.12780.14710.1829-0.1705-0.13120.0223-0.0090.09010.0034-0.03760.14170.0114-0.1112-0.07480.1439-38.493113.4181-14.1787
62.11780.00140.68991.9154-0.22661.05820.1065-0.08480.15670.0257-0.11960.3528-0.17550.02280.0131-0.15350.00770.1089-0.2869-0.05170.1775-48.957110.79142.438
73.64980.2781-1.89990.86950.41930.80280.08890.2422-0.0875-0.1676-0.0894-0.06120.0637-0.11950.00050.04960.14820.0372-0.0320.0815-0.0231-22.7213-13.4687-14.0802
82.53810.1398-0.89461.51180.00861.22070.0798-0.214-0.00470.0134-0.1343-0.28680.25830.12410.0546-0.08820.0006-0.054-0.25570.02250.1162-12.2042-10.7382.5088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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