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万見
- PDB-5ks6: Recognition and targeting mechanisms by chaperones in flagella as... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ks6
タイトルRecognition and targeting mechanisms by chaperones in flagella assembly and operation
要素Flagellar protein FliT
キーワードCHAPERONE / Flagella / chaperones / assembly factors
機能・相同性Flagellar protein FliT / Flagellar protein FliT / negative regulation of bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum organization / protein folding / identical protein binding / cytosol / Flagellar protein FliT
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Khanra, N.K. / Rossi, P. / Economou, A. / Kalodimos, C.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094623 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Recognition and targeting mechanisms by chaperones in flagellum assembly and operation.
著者: Khanra, N. / Rossi, P. / Economou, A. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Structure summary
改定 1.32016年9月14日Group: Database references
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年3月23日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.62023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.72024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar protein FliT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7161
ポリマ－13,7161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7250 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Flagellar protein FliT


分子量: 13715.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: fliT, STM1962 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A1N2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic23D HNCA
142isotropic23D 1H-15N NOESY
152isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
182isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
171isotropic13D HNCO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; U-99% 2H] FliT, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.5 mM EDTA, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2OU-[2H, 15N, 13C]triple labeled90% H2O/10% D2O
solution20.08 mM U-[2H,15N] 1H-13C-IVLMAT, 1H-13C-15N FY FliT, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.5 mM EDTA, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.05 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O2H, 15N, IVLMAT 1H-13C methyls, FY 1H, 13C, 15N2H, 15N_methyl_aromatic90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMFliT[U-99% 13C; U-99% 15N; U-99% 2H]1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
100 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.5 mMEDTAnatural abundance1
5 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
0.05 %sodium azidenatural abundance1
0.08 mMFliTU-[2H,15N] 1H-13C-IVLMAT, 1H-13C-15N FY2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
100 mMpotassium chloridenatural abundance2
0.5 mMEDTAnatural abundance2
5 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance2
0.05 mMsodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 120 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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