PDB-5krs: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain in Complex with an Alloster...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5krs

タイトル

HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain in Complex with an Allosteric Inhibitor, 3-(1H-pyrrol-1-yl)-2-thiophenecarboxylic acid

要素

Integrase

キーワード

hydrolase / transferase/inhibitor / HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain / p75/LEDGF inhibitor / transferase-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Patel, D. / Bauman, J.D. / Arnold, E.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103368	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI110310	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI127282	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: A New Class of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors Identified by Crystallographic Fragment Screening of the Catalytic Core Domain.
著者: Patel, D. / Antwi, J. / Koneru, P.C. / Serrao, E. / Forli, S. / Kessl, J.J. / Feng, L. / Deng, N. / Levy, R.M. / Fuchs, J.R. / Olson, A.J. / Engelman, A.N. / Bauman, J.D. / Kvaratskhelia, M. / Arnold, E.

履歴

登録	2016年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月5日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5krs.cif.gz	99.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5krs.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5krs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5krs_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5krs_full_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示
XML形式データ	5krs_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	5krs_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/5krs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/5krs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5krtC 5krb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cc8-1 6u9n-1 2o42-1 6u9m-2 4hfl-d 6r4y-2 6u9k-1 6ceu-2 3hsj-d 6yyl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Integrase

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.908, 71.908, 67.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-445- HOH

#1: タンパク質	Integrase 分子量: 16982.039 Da / 分子数: 1 / 変異: F185K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76353, UniProt: P12497*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-6XI / 3-pyrrol-1-ylthiophene-2-carboxylic acid 分子量: 193.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇NO₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1 mM manganese chloride, 100 mM MES pH 6.7, 10% (w/v) PEG 8000, and 5 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.917 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→35.954 Å / Num. obs: 42447 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 16.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2-1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→35.954 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1856	3815	8.99 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1693	42443	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1150	0	30	136	1316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1211
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.185	1641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.27	694
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	179
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	205

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7002-1.7217	0.2944	141	0.258	1419	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7217-1.7444	0.2226	143	0.2497	1447	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7444-1.7683	0.3056	154	0.2413	1475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7683-1.7935	0.2746	135	0.2283	1436	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7935-1.8203	0.2492	146	0.2264	1447	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8203-1.8488	0.2684	142	0.2083	1431	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8488-1.8791	0.2243	140	0.202	1425	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8791-1.9115	0.1929	148	0.1957	1455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9115-1.9462	0.1828	146	0.1829	1479	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9462-1.9836	0.2115	144	0.1813	1404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9836-2.0241	0.1869	128	0.1728	1447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0241-2.0681	0.1775	136	0.1634	1453	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0681-2.1162	0.1604	146	0.1647	1451	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1162-2.1692	0.2033	142	0.1611	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1692-2.2278	0.1411	145	0.1555	1421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2278-2.2933	0.1671	152	0.1442	1450	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2933-2.3674	0.1516	142	0.1544	1403	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3674-2.4519	0.1782	138	0.1573	1443	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4519-2.5501	0.1797	128	0.1561	1454	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5501-2.6661	0.1633	143	0.15	1435	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6661-2.8066	0.1797	140	0.1572	1396	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8066-2.9824	0.1539	138	0.1625	1430	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9824-3.2125	0.1818	152	0.1575	1392	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2125-3.5356	0.202	137	0.1681	1435	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5356-4.0466	0.1711	142	0.1463	1400	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0466-5.0959	0.1726	133	0.151	1400	X-RAY DIFFRACTION	96
5.0959-35.962	0.1948	134	0.1857	1369	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6321	-1.0714	0.1454	1.8134	-0.1394	1.1169	-0.0506	0.1164	-0.0434	-0.2306	0.0221	0.0351	-0.0367	0.018	-0	0.1593	-0.0075	-0.01	0.1288	0.0079	0.1583	35.3357	130.7834	12.7451
2	1.3995	-0.5571	0.584	0.3577	-0.3409	0.5734	0.1543	0.0593	-0.246	-0.0834	-0.0111	0.1155	0.0592	-0.0547	0.0469	0.1383	0.0119	-0.0023	0.1602	-0.0082	0.1521	33.0079	132.8649	22.8717
3	0.6162	-0.3476	0.4793	0.5404	-0.2795	0.4394	-0.0345	0.1921	0.1345	-0.1275	-0.0521	-0.081	-0.1791	0.1258	-0.0001	0.1986	-0.0093	-0.0123	0.1736	0.02	0.1432	37.8684	141.4561	16.6216
4	0.5248	-0.1796	0.0903	0.3207	0.0786	0.5041	0.0142	0.4415	0.1161	-0.8747	-0.0313	0.1019	-0.0157	0.331	0.0038	0.4693	0.0479	-0.037	0.3176	0.007	0.2371	34.626	122.047	4.4766
5	1.0141	-0.2035	0.3403	0.2557	-0.1716	0.6594	0.2134	0.0459	-0.2336	-0.3729	-0.0282	0.339	0.2286	-0.0589	0.0618	0.1625	-0.0024	-0.0274	0.1101	0.0025	0.2011	33.8393	117.288	13.1044
6	0.2842	-0.1952	0.0995	0.5323	0.2061	1.5076	-0.0839	0.2079	-0.0505	-0.1101	0.2581	-0.6022	-0.0742	0.4771	-0.0095	0.1625	0.0301	0.028	0.2624	-0.0801	0.2975	51.5357	122.8248	14.065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 55 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 107 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 108 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 168 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 169 through 185 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 186 through 207 )

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