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万見
- PDB-5kp4: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas putid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kp4
タイトルCrystal Structure of Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas putida (pKSI) bound to 19-nortestosterone
要素Steroid Delta-isomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ketosteroid isomerase / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6VW / Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.706 Å
データ登録者Wu, Y. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM27738 and GM118044 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Critical Test of the Electrostatic Contribution to Catalysis with Noncanonical Amino Acids in Ketosteroid Isomerase.
著者: Wu, Y. / Boxer, S.G.
履歴
登録2016年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3053
ポリマ－30,0302
非ポリマー2741
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.851, 72.587, 94.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase


分子量: 15015.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-6VW / (8~{R},9~{S},10~{R},13~{S},14~{S},17~{S})-13-methyl-17-oxidanyl-2,6,7,8,9,10,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1~{H}-cyclop enta[a]phenanthren-3-one / 19-nortestosterone


分子量: 274.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H26O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細for the reference, 19-Nortestosterone binds to WT-KSI protein with Kd ~8uM as was previously ...for the reference, 19-Nortestosterone binds to WT-KSI protein with Kd ~8uM as was previously reported by Kim et al. Biochemistry 38 (1999) 13810-19

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.1-1.4M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate, 3-6% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.706→36.294 Å / Num. obs: 26203 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 9.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.706→36.294 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1306 5 %
Rwork0.2032 --
obs0.205 26144 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.56 Å2 / Biso mean: 30.7517 Å2 / Biso min: 13.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.706→36.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1963 0 20 138 2121
Biso mean--36.39 35.11 -
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8512792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8911228
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.706-1.77430.28831420.252927032845
1.7743-1.85510.24211410.234226892830
1.8551-1.95290.27371440.215727142858
1.9529-2.07520.27441430.221327342877
2.0752-2.23540.21981430.208927292872
2.2354-2.46040.22931440.209227492893
2.4604-2.81630.24251470.210127922939
2.8163-3.54770.20591470.204727882935
3.5477-36.30170.24781550.182829403095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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