PDB-5kot: Discovery of TAK-272: A Novel, Potent and Orally Active Renin In-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kot

タイトル

Discovery of TAK-272: A Novel, Potent and Orally Active Renin In-hibitor

要素

Renin

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / protein-inhibitor complex / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / response to immobilization stress / regulation of MAPK cascade / amyloid-beta metabolic process / response to cAMP ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Snell, G.P. / Behnke, C.A. / Okada, K. / Hideyuki, O. / Sang, B.-C. / Lane, W.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Discovery of TAK-272: A Novel, Potent and Orally Active Renin Inhibitor
著者: Imaeda, Y. / Tokuhara, H. / Fukase, Y. / Kanagawa, R. / Kajimoto, Y. / Kusumoto, K. / Kondo, M. / Snell, G.P. / Behnke, C.A. / Kuroita, T.

履歴

登録	2016年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kot.cif.gz	279.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kot.ent.gz	225.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kot_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kot_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5kot_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	5kot_validation.cif.gz	44.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5kot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5kot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5koq 5kos
類似構造データ	3r5j-1 5t1p-4 5vrp-2 6obb-d 5p58-d 1smr-9 3vyf-1 2bdf-2 3uu1-3 5r2c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Renin

B: Renin

ヘテロ分子

77.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Renin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Renin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Renin

B: Renin

ヘテロ分子

A: Renin

B: Renin

ヘテロ分子

A: Renin

B: Renin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
231 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.317, 139.317, 139.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Renin / Angiotensinogenase

分子量: 36939.594 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 70-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 312分子

#3: 化合物	ChemComp-6VU / 1-(4-methoxybutyl)-~{N}-(2-methylpropyl)-~{N}-[(3~{S},5~{R})-5-morpholin-4-ylcarbonylpiperidin-3-yl]benzimidazole-2-carboxamide / N-イソブチル-1-(4-メトキシブチル)-N-[(3S,5R)-5-(モルホリン-4-イルカルボニル)-3-ピペリジ(以下略) 分子量: 499.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₁N₅O₄
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 23% PEG600, 100 mM citrate, Buffer: 25 mM Tris pH 7.9, 150 mM NaCl, Ligand was soaked for 18h at 2mM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月29日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 52521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 0.997 / Net I/av σ(I): 21.276 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 365276

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.15	6.3	0.765	1	100
2.15-2.2	6.6	0.661	1	100
2.2-2.26	6.7	0.53	1	100
2.26-2.33	6.7	0.445	1	100
2.33-2.4	6.8	0.383	1	100
2.4-2.49	6.9	0.332	1	100
2.49-2.59	6.9	0.26	1	100
2.59-2.71	7	0.199	1	100
2.71-2.85	7.2	0.16	1	100
2.85-3.03	7.3	0.12	1	100
3.03-3.26	7.3	0.096	1	100
3.26-3.59	7.1	0.072	1	100
3.59-4.11	7.2	0.056	1	100
4.11-5.18	7.2	0.043	1	100
5.18-50	7.1	0.032	1	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 7.688 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.146
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2027	2669	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1771	-	-	-
obs	0.1784	49705	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.33 Å² / B_iso mean: 44.13 Å² / B_iso min: 24.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5053	0	204	290	5547
B_iso mean	-	-	52.13	53.05	-
残基数	-	-	-	-	665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	5412
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.332	1.979	7328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.868	3	11355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.126	5	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.757	24.393	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.254	15	813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.067	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6020
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.949	2.664	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.944	2.663	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.515	3.989	3334

LS精密化シェル

解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	188	-
R_work	0.221	3633	-
all	-	3821	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.222	0.1036	0.0576	1.9961	0.7019	3.3252	0.0077	-0.0699	-0.1835	0.1083	-0.0189	-0.1077	0.3121	0.0231	0.0112	0.043	0.0038	0.019	0.0048	0.0152	0.0656	-21.441	-46.6255	-16.5997
2	2.2219	-2.1622	-1.8558	10.1704	6.0141	7.4812	-0.0595	-0.0928	-0.1001	0.2302	-0.304	0.6432	0.4795	-0.4919	0.3635	0.0684	-0.0077	0.0084	0.1213	0.0104	0.0861	-32.0981	-39.9884	-19.3412
3	2.0178	-0.5895	0.5675	4.5082	0.1359	2.8666	-0.0712	-0.3842	0.0527	0.419	0.0305	0.0843	0.0366	-0.2919	0.0407	0.0756	-0.0021	0.0088	0.1693	0.0111	0.0112	-25.5685	-36.2753	4.5955
4	6.3438	1.0578	0.9697	3.5373	-0.5278	4.137	-0.2966	0.218	0.7021	-0.1673	0.1275	0.0035	-0.7817	0.0856	0.1691	0.2756	0.0436	-0.0877	0.0877	-0.0011	0.1781	-20.0099	-16.2575	-1.9403
5	1.9218	2.4945	1.5596	6.196	-0.3568	5.9045	-0.1594	0.0541	-0.0439	-0.3734	0.1106	0.1419	0.1878	-0.1566	0.0488	0.155	0.0182	0.0045	0.2544	-0.01	0.2199	-38.419	-33.976	-5.6743
6	3.2032	-0.6077	-0.6067	2.8924	-1.0408	2.595	-0.0843	-0.2486	-0.0824	0.3743	0.1892	0.3427	-0.184	-0.4245	-0.1049	0.121	0.0819	0.0283	0.1882	-0.0016	0.0596	-12.5079	-24.5831	23.5488
7	9.3506	1.8925	-6.0293	0.9785	-1.1434	3.9984	0.1217	-0.2789	0.1134	0.4424	-0.1105	-0	-0.1892	0.0377	-0.0113	0.569	0.166	-0.0907	0.2277	-0.1162	0.1266	-8.3784	-14.8401	29.5149
8	2.5052	-0.107	-0.7577	4.5513	-1.633	2.6057	0.0241	0.1108	0.0119	-0.0521	-0.2108	-0.4823	-0.1274	0.2181	0.1867	0.052	0.0459	-0.0128	0.1256	0.0241	0.0985	9.5157	-24.6656	14.301
9	3.4804	0.2323	-0.1701	7.2979	-3.864	6.5346	0.1042	0.0948	0.3896	-0.3318	-0.0578	0.0956	-0.3	-0.2859	-0.0463	0.1769	0.0546	0.0212	0.2379	0.1242	0.2199	7.0678	-8.2198	-0.2815
10	2.0429	-1.6813	-2.1707	3.9162	-2.3954	9.2261	-0.1233	-0.1662	-0.058	0.3283	0.2293	0.1722	-0.227	-0.0201	-0.1059	0.2892	-0.0202	-0.0374	0.2517	-0.0138	0.254	8.7539	-13.2508	26.6849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	92 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	79 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	155 - 248
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	266 - 280
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	299 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	313 - 340
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	249 - 265
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	281 - 298
10	X-RAY DIFFRACTION	5	A	303 - 312
11	X-RAY DIFFRACTION	6	B	4 - 78
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	92 - 154
13	X-RAY DIFFRACTION	7	B	79 - 91
14	X-RAY DIFFRACTION	8	B	155 - 248
15	X-RAY DIFFRACTION	8	B	266 - 280
16	X-RAY DIFFRACTION	8	B	299 - 302
17	X-RAY DIFFRACTION	8	B	313 - 340
18	X-RAY DIFFRACTION	9	B	249 - 265
19	X-RAY DIFFRACTION	9	B	281 - 298
20	X-RAY DIFFRACTION	10	B	303 - 312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)