PDB-5kos: Discovery of TAK-272: A Novel, Potent and Orally Active Renin In-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kos

タイトル

Discovery of TAK-272: A Novel, Potent and Orally Active Renin In-hibitor

要素

Renin

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / protein-inhibitor complex / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / response to immobilization stress / regulation of MAPK cascade / amyloid-beta metabolic process / response to cAMP ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Snell, G.P. / Behnke, C.A. / Okada, K. / Hideyuki, O. / Sang, B.-C. / Lane, W.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of TAK-272: A Novel, Potent, and Orally Active Renin Inhibitor.
著者: Imaeda, Y. / Tokuhara, H. / Fukase, Y. / Kanagawa, R. / Kajimoto, Y. / Kusumoto, K. / Kondo, M. / Snell, G. / Behnke, C.A. / Kuroita, T.

履歴

登録	2016年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kos.cif.gz	276 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kos.ent.gz	222.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kos_validation.pdf.gz	989.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kos_full_validation.pdf.gz	995.3 KB	表示
XML形式データ	5kos_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	5kos_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5kos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5kos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5koq 5kot
類似構造データ	3oad-1 1x9y-4 5ux4-2 5sz9-1 5ux4-1 2fs4-1 3oqf-2 1d3k-d 2v10-1 3oot-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Renin

B: Renin

ヘテロ分子

76.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Renin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Renin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Renin

B: Renin

ヘテロ分子

A: Renin

B: Renin

ヘテロ分子

A: Renin

B: Renin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
229 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.077, 137.077, 137.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Renin / Angiotensinogenase

分子量: 36939.594 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 70-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 224分子

#3: 化合物	ChemComp-6VS / 2-~{tert}-butyl-4-(3-methoxypropylamino)-~{N}-(2-methylpropyl)-~{N}-[(3~{S},5~{R})-5-morpholin-4-ylcarbonylpiperidin-3-yl]pyrimidine-5-carboxamide 分子量: 518.692 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆N₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 23% PEG600, 100 mM citrate, Buffer: 25 mM Tris pH 7.9, 150 mM NaCl, ligand was soaked for 18h at 5mM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月25日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 33502 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 1.014 / Net I/av σ(I): 15.918 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 203475

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.46	5.9	0.769	1	100
2.46-2.52	6.1	0.735	1	100
2.52-2.59	6.2	0.603	1	100
2.59-2.66	6.2	0.475	1	100
2.66-2.75	6.2	0.406	1	100
2.75-2.85	6.2	0.312	1	100
2.85-2.96	6.2	0.241	1	100
2.96-3.09	6.2	0.196	1	100
3.09-3.26	6.2	0.155	1	100
3.26-3.46	6.1	0.122	1	100
3.46-3.73	6	0.092	1	100
3.73-4.1	5.9	0.074	1	99.9
4.1-4.7	5.8	0.054	1	99.7
4.7-5.92	6	0.048	1	99.4
5.92-50	5.8	0.041	1	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.41→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 14.246 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.234
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2298	1694	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1847	-	-	-
obs	0.1869	31736	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.94 Å² / B_iso mean: 47.926 Å² / B_iso min: 26.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.41→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5079	0	163	209	5451
B_iso mean	-	-	56.83	49.03	-
残基数	-	-	-	-	663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	5381
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4919
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.282	1.975	7287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.86	3	11327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.005	5	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.639	24.055	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.211	15	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.741	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.302	3.157	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.299	3.156	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.168	4.728	3309

LS精密化シェル

解像度: 2.406→2.469 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	109	-
R_work	0.237	2333	-
all	-	2442	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7829	0.519	-0.3796	3.131	-1.1778	1.4645	-0.0184	0.0328	0.1993	-0.0559	0.1376	0.2175	-0.0614	-0.1395	-0.1192	0.0111	0.0174	-0.0124	0.0743	-0.0169	0.0667	9.8372	-39.6338	3.9356
2	2.7566	-0.741	-0.5202	2.0586	0.8966	2.2325	0.0971	0.2544	0.1423	-0.2212	0.0178	-0.0241	-0.2392	0.0338	-0.1149	0.0629	-0.0147	-0.0231	0.033	0.0246	0.0533	33.2486	-16.062	-12.4636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	79 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	92 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	155 - 248
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	249 - 265
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	266 - 280
7	X-RAY DIFFRACTION	1	A	281 - 298
8	X-RAY DIFFRACTION	1	A	299 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	1	A	303 - 312
10	X-RAY DIFFRACTION	1	A	313 - 340
11	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 78
12	X-RAY DIFFRACTION	2	B	79 - 91
13	X-RAY DIFFRACTION	2	B	92 - 154
14	X-RAY DIFFRACTION	2	B	155 - 248
15	X-RAY DIFFRACTION	2	B	249 - 265
16	X-RAY DIFFRACTION	2	B	266 - 280
17	X-RAY DIFFRACTION	2	B	281 - 298
18	X-RAY DIFFRACTION	2	B	299 - 302
19	X-RAY DIFFRACTION	2	B	303 - 312
20	X-RAY DIFFRACTION	2	B	313 - 340

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