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- PDB-5kmx: Structure of Trypanosoma congolense Insect Stage Antigen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kmx
タイトルStructure of Trypanosoma congolense Insect Stage Antigen
要素(Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Bi-lobed architecture / surface protein / putative sensor
機能・相同性membrane / Uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma congolense (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.452 Å
Model detailsBi-lobed protein
データ登録者Ramaswamy, R. / Parker, M.L. / Boulanger, M.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Structural characterization reveals a novel bilobed architecture for the ectodomains of insect stage expressed Trypanosoma brucei PSSA-2 and Trypanosoma congolense ISA.
著者: Ramaswamy, R. / Goomeshi Nobary, S. / Eyford, B.A. / Pearson, T.W. / Boulanger, M.J.
履歴
登録2016年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
B: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
C: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
D: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
U: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,74315
ポリマ－105,7905
非ポリマー95310
水1,22568
1
A: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
U: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8317
ポリマ－27,3552
非ポリマー4765
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4294
ポリマ－26,1451
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3373
ポリマ－26,1451
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1451
ポリマ－26,1451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.810, 87.651, 98.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Monomer as determined by size exclusion chromatography.

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440


分子量: 26145.184 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 40-264 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma congolense (トリパノソーマ)
株: IL3000 / 遺伝子: TCIL3000_10_9440 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0UXP9
#2: タンパク質・ペプチド Putative uncharacterized protein TCIL3000_10_9440


分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma congolense (トリパノソーマ)
株: IL3000 / 遺伝子: TCIL3000_10_9440 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 3350 with 0.2 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月12日 / 詳細: Rh coated flat, toroidal focusing
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal monochromator, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→39.472 Å / Num. obs: 42706 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 64.65 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.452→2.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.821 / % possible all: 98.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KLH

5klh


解像度: 2.452→39.472 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2889 2140 5.01 %
Rwork0.2576 --
obs0.2592 42693 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.95 Å2 / Biso mean: 64.65 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.452→39.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6220 0 52 68 6340
Biso mean--72.31 51.86 -
残基数----778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7638637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03911
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2692393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.452-2.5090.35721370.34662696283398
2.509-2.57170.37891590.35062707286699
2.5717-2.64120.34761360.34932727286398
2.6412-2.71890.38991530.35742668282198
2.7189-2.80670.42471270.34012619274694
2.8067-2.9070.38031300.34362666279697
2.907-3.02330.33051390.31662726286599
3.0233-3.16090.3581460.31442735288199
3.1609-3.32740.3711490.29012715286499
3.3274-3.53580.36581440.272749289399
3.5358-3.80860.29391370.26122743288098
3.8086-4.19150.23881410.23392548268993
4.1915-4.79710.22451350.19512768290399
4.7971-6.04030.22431410.2152767290899
6.0403-39.47730.26991660.24762719288596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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