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- PDB-5kmf: Structure of CavAb in complex with nimodipine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kmf
タイトルStructure of CavAb in complex with nimodipine
要素Ion transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Voltage-gated Calcium Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
nimodipine / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tang, L. / Gamal EL-Din, T.M. / Swanson, T.M. / Pryde, D.C. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL112808 米国
National Research Service AwardT32GM008268 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis for inhibition of a voltage-gated Ca(2+) channel by Ca(2+) antagonist drugs.
著者: Tang, L. / El-Din, T.M. / Swanson, T.M. / Pryde, D.C. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2016年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,34621
ポリマ－132,3564
非ポリマー9,99017
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18250 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area44700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.280, 125.365, 191.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 33088.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア)
株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / プラスミド: pFASTBAC DUAL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物 ChemComp-6U9 / nimodipine / ~{O}3-(2-methoxyethyl) ~{O}5-propan-2-yl (4~{S})-2,6-dimethyl-4-(3-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate


分子量: 418.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N2O7 / コメント: チャネルブロッカー*YM
#3: 化合物
ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate,100uM nimodipine
PH範囲: 4.7-5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9199 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.502
11K, H, -L20.498
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 55285 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MS2

4ms2


解像度: 3.2→29.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 22.014 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.069 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25572 2456 4.9 %RANDOM
Rwork0.21715 ---
obs0.21906 47933 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 105.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2--21.29 Å20 Å2
3----21.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7192 0 189 12 7393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.027566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.97510275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.883317172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1065872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02821.781292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.397151240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0711540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021856
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.31910.8413500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.3213499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.7416.2474368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.7394369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.83610.5844065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.8354066
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.12715.8585907
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.69299.57731398
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.69299.57831398
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.35537565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.65758
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded44.41457385
LS精密化 シェル解像度: 3.198→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.522 185 -
Rwork0.422 3365 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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