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- PDB-5klh: Crystal Structure of Trypanosoma brucei Procyclic Specific Surfac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5klh
タイトルCrystal Structure of Trypanosoma brucei Procyclic Specific Surface Antigen-2
要素Surface glycoprotein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Bi-lobed architecture / surface protein / putative sensor
機能・相同性membrane / Surface glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.646 Å
データ登録者Ramaswamy, R. / Parker, M.L. / Boulanger, M.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Structural characterization reveals a novel bilobed architecture for the ectodomains of insect stage expressed Trypanosoma brucei PSSA-2 and Trypanosoma congolense ISA.
著者: Ramaswamy, R. / Goomeshi Nobary, S. / Eyford, B.A. / Pearson, T.W. / Boulanger, M.J.
履歴
登録2016年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface glycoprotein
B: Surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8823
ポリマ－50,7862
非ポリマー961
水8,323462
1
A: Surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4892
ポリマ－25,3931
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Surface glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3931
ポリマ－25,3931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.820, 57.810, 61.240
Angle α, β, γ (deg.)73.550, 76.430, 89.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Surface glycoprotein


分子量: 25393.121 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 40-262 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
プラスミド: pET28(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q26806
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-tris pH 6.5, and 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.646→56.95 Å / Num. obs: 45400 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.646→47.122 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2141 2179 4.8 %
Rwork0.177 --
obs0.1788 45393 92.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.79 Å2 / Biso mean: 21.38 Å2 / Biso min: 6.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.646→47.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3399 0 5 462 3866
Biso mean--28.52 28.15 -
残基数----436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0684723
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6681301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.646-1.68180.2871410.24412676281791
1.6818-1.72090.29381310.23162670280192
1.7209-1.7640.30821340.23752731286592
1.764-1.81170.25611280.22622674280292
1.8117-1.8650.26731580.19512718287692
1.865-1.92520.23661210.1962685280693
1.9252-1.9940.23371330.19182787292093
1.994-2.07380.24521350.18062650278593
2.0738-2.16820.21391430.18142705284893
2.1682-2.28250.23691330.18372771290493
2.2825-2.42550.21721200.18242710283093
2.4255-2.61280.241230.18292729285293
2.6128-2.87570.22031530.18342719287292
2.8757-3.29170.19761690.17312615278491
3.2917-4.14680.1841220.14572511263385
4.1468-47.14140.1591350.15062863299898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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