PDB-5klg: Structure of CavAb(W195Y) in complex with Br-dihydropyridine deri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5klg

タイトル

Structure of CavAb(W195Y) in complex with Br-dihydropyridine derivative UK-59811

要素

Ion transport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Voltage-gated Calcium Channel

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Tang, L. / Gamal EL-Din, T.M. / Swanson, T.M. / Pryde, D.C. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis for inhibition of a voltage-gated Ca(2+) channel by Ca(2+) antagonist drugs.
著者: Tang, L. / El-Din, T.M. / Swanson, T.M. / Pryde, D.C. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

履歴

登録	2016年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Atomic model / Database references
改定 1.2	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5klg.cif.gz	391.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5klg.ent.gz	320.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5klg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5klg_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5klg_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	5klg_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	5klg_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5klbC 5klsC 5kmdC 5kmfC 5kmhC 4ms2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kls-d 5kmh-d 5kmf-d 4mvz-d 6keb-d 3rvy-1 4mw8-d 4mw3-d 4mvs-d 4mtg-d 4mvu-d 4mvr-d 3rvz-1 5kmd-d 4ekw-2 4mvm-d 4mto-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

C: Ion transport protein

D: Ion transport protein

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.915, 126.030, 192.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 33088.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / プラスミド: pFASTBAC DUAL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 分子量: 677.933 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-6UC / O3-ethyl O5-methyl (4R)-4-(2-bromophenyl)-2-[2-(dimethylamino)ethoxymethyl]-6-methyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate 分子量: 481.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₉BrN₂O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate PH範囲: 4.7-5.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9199 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 46609 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 46652 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MS2

4ms2

解像度: 3.3→29.938 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.22 / 位相誤差: 32.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3029	4494	5.07 %
R_work	0.279	-	-
obs	0.2803	88694	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.938 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7192	0	205	3	7400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	7586
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.864	10312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.786	2620
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.139	1233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1209

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2997-3.3372	0.3796	146	0.3437	2755	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3372-3.3764	0.3967	146	0.3196	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3764-3.4175	0.3247	150	0.3122	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4175-3.4607	0.3535	112	0.3147	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4607-3.5062	0.2778	130	0.3077	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5062-3.5542	0.3665	140	0.3036	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5542-3.6048	0.3435	146	0.2899	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6048-3.6586	0.3055	146	0.298	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6586-3.7156	0.3099	132	0.2959	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7156-3.7764	0.3022	156	0.2911	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7764-3.8414	0.3753	136	0.2828	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8414-3.9111	0.3071	176	0.2501	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9111-3.9862	0.2462	176	0.2423	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9862-4.0674	0.2743	158	0.2563	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0674-4.1556	0.2672	167	0.2855	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1556-4.252	0.3516	142	0.2852	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
4.252-4.358	0.3671	135	0.2839	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.358-4.4755	0.2882	142	0.2774	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4755-4.6067	0.3252	166	0.2692	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6067-4.7548	0.2671	174	0.2736	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7548-4.924	0.2896	194	0.2629	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
4.924-5.1203	0.2487	134	0.2659	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1203-5.352	0.3252	132	0.2869	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
5.352-5.6325	0.3638	159	0.2907	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6325-5.9827	0.3401	123	0.2973	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9827-6.4404	0.3743	162	0.322	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4404-7.0808	0.3571	190	0.2933	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0808-8.0877	0.222	120	0.2575	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0877-10.1237	0.2132	168	0.2391	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
10.1237-29.9394	0.2927	136	0.2788	2789	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 187.5598 Å / Origin y: 31.259 Å / Origin z: 23.593 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.6891 Å²	-0.0861 Å²	0.0019 Å²	-	0.6275 Å²	-0.0274 Å²	-	-	0.3 Å²
L	1.9929 °²	-0.087 °²	-0.0104 °²	-	1.237 °²	-0.0957 °²	-	-	1.5605 °²
S	0.1669 Å °	-0.6604 Å °	0.0849 Å °	0.3626 Å °	0.0057 Å °	-0.0077 Å °	-0.1621 Å °	-0.0113 Å °	-0.0917 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)