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- PDB-5kke: Crystal Structure of a Domain-swapped Dimer of Yeast Iso-1-cytoch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kke
タイトルCrystal Structure of a Domain-swapped Dimer of Yeast Iso-1-cytochrome c with CYMAL5
要素Cytochrome c iso-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron Transport Apoptosis Lipid Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 単波長異常分散, 分子置換 / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Bowler, B.E. / Whitby, F.G.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Cytochrome c Can Form a Well-Defined Binding Pocket for Hydrocarbons.
著者: McClelland, L.J. / Steele, H.B. / Whitby, F.G. / Mou, T.C. / Holley, D. / Ross, J.B. / Sprang, S.R. / Bowler, B.E.
履歴
登録2016年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5258
ポリマ－12,0001
非ポリマー1,5257
水1,42379
1
A: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子

A: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,04916
ポリマ－23,9992
非ポリマー3,05014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area9370 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.740, 69.326, 72.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

21A-362-

HOH

31A-364-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 11999.667 Da / 分子数: 1 / 変異: K72A, C102S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00044

-
非ポリマー , 6種, 86分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservior solution: 77% Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris, pH 7.5 Protein Solution: 18 mg/mL in 75 % Ammonium Sulfate Detergent Solution: 2.5 mM CYMAL-5 in deionized water Mixed 2:2:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年2月18日 / 詳細: Varimax-HR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 26560 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 26.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.023 / Net I/av σ(I): 44.633 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 389670
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.7611.30.9326420.8290.2840.9740.91799.5
1.76-1.8314.20.58326290.950.1610.6050.962100
1.83-1.9114.60.38526870.9750.1040.3991.095100
1.91-2.0214.70.26926440.9870.0720.2781.082100
2.02-2.1414.90.18526620.9930.050.1911.05100
2.14-2.31150.13526620.9960.0360.1391.005100
2.31-2.5415.20.09126490.9980.0240.0940.982100
2.54-2.9115.40.06426720.9990.0170.0660.968100
2.91-3.6615.60.042264410.0110.0441.059100
3.66-4015.70.033266910.0090.0341.08299.9

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位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å26.98 Å
Translation3 Å26.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
CrystalClearデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.701→26.981 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 2654 9.99 %
Rwork0.1708 23901 -
obs0.1742 26555 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.72 Å2 / Biso mean: 38.6617 Å2 / Biso min: 16.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.701→26.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数843 0 134 79 1056
Biso mean--38.88 44.31 -
残基数----108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.041411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.742579
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7011-1.73210.40621340.34331236137098
1.7321-1.76540.27721340.25212531387100
1.7654-1.80140.25261320.216812661398100
1.8014-1.84050.28461540.220512351389100
1.8405-1.88340.24861230.196312661389100
1.8834-1.93040.22661460.184512911437100
1.9304-1.98260.21191500.173712381388100
1.9826-2.04090.20281300.1712491379100
2.0409-2.10680.21941330.159612561389100
2.1068-2.18210.19121650.16412441409100
2.1821-2.26940.21491330.164312621395100
2.2694-2.37260.18841380.167712851423100
2.3726-2.49760.22451380.166412421380100
2.4976-2.6540.19881330.164512831416100
2.654-2.85870.19531450.184112371382100
2.8587-3.1460.24141480.17712721420100
3.146-3.60030.2161370.170512431380100
3.6003-4.53250.17171390.142812771416100
4.5325-26.98470.17441420.170312661408100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1127-5.39413.66686.2593-4.89874.6570.44652.0866-0.5076-0.1378-0.8928-1.00750.20241.81360.47680.5614-0.09760.07890.887-0.14270.619325.370915.548485.2646
27.41645.13971.8093.7740.47843.5826-0.18520.05020.416-0.39610.03240.2728-0.68670.35630.10590.4122-0.076-0.00080.2183-0.01670.27058.67117.796385.0655
36.66870.736-0.28066.46830.20634.8196-0.0743-0.42360.35140.34550.03680.2373-0.30120.18730.05470.2137-0.0108-0.01010.1849-0.0420.20825.84927.029793.0004
42.19971.5092-0.34016.21-1.575.7446-0.1785-0.1651-0.12040.13730.0961-0.69050.42630.75270.01360.22680.0671-0.02990.31-0.01920.337110.9832-4.650991.2256
58.20211.61464.33045.0770.82518.4175-0.1978-0.0181-0.1011-0.20860.1616-0.60850.11490.81790.00290.22620.0240.050.4083-0.06420.312816.21861.596782.5339
64.0374-4.7637-3.95627.20533.33835.3901-0.0238-0.4833-0.12880.68020.4734-0.19040.77260.887-0.36630.49550.1448-0.06910.44-0.08530.410614.0212-11.732267.9637
76.2671-4.04324.63873.0278-3.37543.78950.0007-0.0179-0.17470.00860.2747-0.29350.31140.6314-0.33780.40980.13920.00690.3692-0.09440.309915.5162-15.113353.8999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID -4:1)A-4 - 1
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 2:15)A2 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 16:36)A16 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 37:54)A37 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 55:78)A55 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 79:91)A79 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 92:103)A92 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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